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- PDB-8che: TLT-1 binding Fab of the bispecific antibody HMB-001 in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8che
タイトルTLT-1 binding Fab of the bispecific antibody HMB-001 in complex with the TLT-1 stalk peptide
要素
  • Fab heavy chainFragment antigen-binding
  • Fab light chainFragment antigen-binding
  • Trem-like transcript 1 protein
キーワードBLOOD CLOTTING (凝固・線溶系) / TLT-1 / Fab / Bispecific Antibody (二重特異性モノクローナル抗体) / HMB-001
機能・相同性
機能・相同性情報


Α顆粒 / calcium-mediated signaling / 凝固・線溶系 / transmembrane signaling receptor activity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / nuclear speck / 自然免疫系 / ゴルジ体 / 細胞膜 / 生体膜 ...Α顆粒 / calcium-mediated signaling / 凝固・線溶系 / transmembrane signaling receptor activity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / nuclear speck / 自然免疫系 / ゴルジ体 / 細胞膜 / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Trem-like transcript 1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Johansson, E. / Schluckebier, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: HMB-001: A Novel Bispecific Antibody Accumulating and Targeting Endogenous FVIIa to Activated Platelets for Subcutaneous Prophylaxis in Multiple Bleeding Disorders Including Glanzmann Thrombasthenia.
著者: Gandhi, P.S. / Zivkovic, M. / Oestergaard, H. / Bonde, A.C. / Loevgreen, M.N. / Schluckebier, G. / Johansson, E. / Rea, C.J. / Soerensen, B. / Schutgens, R.E. / Urbanus, R.T. / Faber, J.H.
履歴
登録2023年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
A: Fab heavy chain
B: Fab light chain
C: Trem-like transcript 1 protein
D: Trem-like transcript 1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,0366
ポリマ－102,0366
非ポリマー00
水18,3211017
1
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
C: Trem-like transcript 1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0183
ポリマ－51,0183
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5040 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area19850 Å2
手法PISA
2
A: Fab heavy chain
B: Fab light chain
D: Trem-like transcript 1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0183
ポリマ－51,0183
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5050 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area19750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.234, 65.377, 67.145
Angle α, β, γ (deg.)91.880, 91.720, 92.890
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: 抗体 Fab heavy chain / Fragment antigen-binding


分子量: 22847.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab light chain / Fragment antigen-binding


分子量: 24213.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド Trem-like transcript 1 protein / TLT-1 / Triggering receptor expressed on myeloid cells-like protein 1


分子量: 3957.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q86YW5
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1017 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.17 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 1M lithium chloride, 20% (w/v) PEG 6000, 100 mM citric acid/NaOH, pH 4.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→28.46 Å / Num. obs: 140068 / % possible obs: 91.03 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 18.72 Å2 / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05225 / Rpim(I) all: 0.05222 / Rrim(I) all: 0.07387 / Net I/σ(I): 9.03
反射 シェル解像度: 1.49→1.543 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.5929 / Mean I/σ(I) obs: 1.37 / Num. unique obs: 25651 / CC1/2: 0.0678 / CC star: 0.356 / Rpim(I) all: 0.5928 / Rrim(I) all: 0.8384 / % possible all: 62.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.49→28.46 Å / SU ML: 0.1661 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 19.0085
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.174 1783 1.33 %
Rwork0.157 132575 -
obs0.1572 134358 91.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.49→28.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6814 0 0 1019 7833
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00877204
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95489850
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08141114
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00811283
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.15061023
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.49-1.530.3144890.30736773X-RAY DIFFRACTION60.54
1.53-1.580.28561200.24438293X-RAY DIFFRACTION74.18
1.58-1.630.19581390.203810412X-RAY DIFFRACTION93.04
1.63-1.680.23391390.183710521X-RAY DIFFRACTION93.85
1.68-1.750.17681570.172510492X-RAY DIFFRACTION93.81
1.75-1.830.22771370.166610544X-RAY DIFFRACTION93.96
1.83-1.930.18231510.167210626X-RAY DIFFRACTION94.88
1.93-2.050.17611320.150110713X-RAY DIFFRACTION95.44
2.05-2.210.15751460.145210715X-RAY DIFFRACTION95.83
2.21-2.430.19121380.1510819X-RAY DIFFRACTION96.19
2.43-2.780.18671420.152510758X-RAY DIFFRACTION96.23
2.78-3.50.16561500.150610938X-RAY DIFFRACTION97.71
3.5-28.460.14121430.147110971X-RAY DIFFRACTION97.86
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.35225873292 Å / Origin y: -12.2897337815 Å / Origin z: -32.8803688976 Å
111213212223313233
T0.152205416008 Å2-0.00453644742021 Å2-0.000724188355809 Å2-0.153335052736 Å20.00155378730192 Å2--0.144384449733 Å2
L0.152153645672 °2-0.0409103721056 °2-0.0124195155119 °2-0.208220003814 °20.0576974788263 °2--0.155494665376 °2
S0.0220194161803 Å °0.000771765239171 Å °0.0141790864102 Å °-0.00377899678831 Å °-0.00846743719577 Å °-0.0282186290621 Å °-0.0181236046915 Å °0.0145098863851 Å °-0.015463784782 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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