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- PDB-8cgy: Trypanosoma brucei IMP dehydrogenase (ori) crystallized in High F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cgy
タイトルTrypanosoma brucei IMP dehydrogenase (ori) crystallized in High Five cells reveals native ligands ATP, GDP and phosphate. Diffraction data collection at 100 K in cellulo; XDS processing
要素Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
キーワードTRANSFERASE / IMP dehydrogenase / purine biosynthetic enzyme / native cofactors
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosome / IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Boger, J. / Schoenherr, R. / Lahey-Rudolph, J.M. / Harms, M. / Kaiser, J. / Nachtschatt, S. / Wobbe, M. / Duden, R. / Bourenkov, G. / Schneider, T. / Redecke, L.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and Research05K18FLA, InCellSX ドイツ
Joachim Herz StiftungPhD scholarship ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC306 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A streamlined approach to structure elucidation using in cellulo crystallized recombinant proteins, InCellCryst.
著者: Schonherr, R. / Boger, J. / Lahey-Rudolph, J.M. / Harms, M. / Kaiser, J. / Nachtschatt, S. / Wobbe, M. / Duden, R. / Konig, P. / Bourenkov, G. / Schneider, T.R. / Redecke, L.
履歴
登録2023年2月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,6228
ポリマ－111,5312
非ポリマー2,0916
水362
1
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: PISA suggests a multimeric state of eight or a 4-mer, with two copies in the asymmetric unit. Isolation of the crystals for further experiments would result in potential washing out of ...根拠: PISA suggests a multimeric state of eight or a 4-mer, with two copies in the asymmetric unit. Isolation of the crystals for further experiments would result in potential washing out of ligands or hydrolysis, as with in cellulo crystallized but isolated IMPDH N-His of (pdb 6RFU)
  • 454 kDa, 8 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)454,48832
ポリマ－446,1258
非ポリマー8,36324
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_445-y-1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_545y+1/2,-x-1/2,z1
Buried area44090 Å2
ΔGint-245 kcal/mol
Surface area131430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)207.100, 207.100, 92.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Space group name HallP4ab2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z
#3: y+1/2,-x+1/2,z
#4: x+1/2,-y+1/2,-z
#5: -x+1/2,y+1/2,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z

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要素

#1: タンパク質 Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / IMPD / IMPDH


分子量: 55765.656 Da / 分子数: 2 / 変異: S488T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P50098, IMP dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.44 %
結晶化温度: 300 K / 手法: in cell
詳細: crystallized in Trichoplusia ni (High Five) cells infected with recombinant baculovirus encoding TbIMPDH ori in adhesion culture (MOI 1)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→92.62 Å / Num. obs: 40798 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 474 % / Biso Wilson estimate: 53.74 Å2 / CC1/2: 0.981 / Net I/σ(I): 20.37
反射 シェル解像度: 3→3.107 Å / Num. unique obs: 9383 / CC1/2: 0.87
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target解説: Micro mesh mount

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→92.62 Å / SU ML: 0.3636 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.5046
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2366 1598 3.92 %
Rwork0.1922 39189 -
obs0.194 40787 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→92.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6655 0 128 2 6785
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046945
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77459445
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04471099
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00531197
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.43362470
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.10.38061430.29463484X-RAY DIFFRACTION99.15
3.1-3.210.29381420.25913494X-RAY DIFFRACTION99.92
3.21-3.340.30551430.2343509X-RAY DIFFRACTION99.95
3.34-3.490.29221440.21493523X-RAY DIFFRACTION100
3.49-3.670.25911420.20813502X-RAY DIFFRACTION100
3.67-3.90.25831450.1893551X-RAY DIFFRACTION100
3.9-4.20.21671460.17463557X-RAY DIFFRACTION100
4.2-4.630.19851450.15393567X-RAY DIFFRACTION100
4.63-5.30.18481460.15533565X-RAY DIFFRACTION100
5.3-6.670.22981480.18683643X-RAY DIFFRACTION100
6.67-92.620.19881540.18733794X-RAY DIFFRACTION99.65
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.80854240796-0.467834820923-0.5889502013480.467199458650.1907920143050.882747295697-0.0624083265701-0.132877853791-0.01929673387690.2415240252714.15711256504E-50.0658643295132-0.111915015175-0.2152148203970.01407979011990.3764004671740.0415779795587-0.009821095911830.3851493603-0.1088071847410.295211306929-19.973909751-76.93219646416.4253133926
21.948538019870.301670360481-0.08489031598281.80465477331-0.6640958152734.51732732284-0.0393760417204-0.003124618927480.01605866363510.141336126263-0.1386135504390.1745883632330.125161201717-0.7401324677830.1825137188010.4539254027540.2339004395280.02158127464110.573569100483-0.08466419337720.415962838437-43.8648246969-55.996245967739.7111840378
30.304394044377-0.894988710916-0.2403689766073.247742377651.887371167981.67219288019-0.0224915363385-0.07374286846380.03435387661290.0789166584224-0.0723432207950.109489389589-0.145374721351-0.2441818634430.09764072454760.3628102445060.1065988706730.01034491400250.496028640671-0.07658055475680.33099308551-35.1845214047-73.543019017117.1227538451
49.23701479154-1.515881124041.391737467026.857361539850.3753866828310.425245090933-0.116712148665-0.344031171619-0.008194103340230.600855399587-0.322479932094-0.411275614627-0.04033793219950.1368298533230.3411119570130.254712500340.0202425931053-0.05599791389020.272883317368-0.0745886400290.215845601746-18.7903343495-92.55251528568.06087296892
52.335286900480.05723031497-1.233492989251.626134156250.2279001646071.82613267190.095705981442-0.33630238639-0.1116843614550.355790897953-0.1730702212040.0145854418578-0.04874254227560.2491205319730.07622914550880.336471031294-0.01309169897-0.08025366181240.327974758737-0.02495150213670.297383589323-12.3098460175-81.135000063819.4730972835
64.149150873230.2512559830510.7042866484282.30825148144-1.561640247143.59077889209-0.463218194287-0.4932492420550.161675850880.08163037375050.184032635418-0.0691483264321-0.246288718089-0.1064890695160.2042064069540.295451974381-0.0318139059502-0.06872678886220.226817509425-0.09967075669230.288510442069-17.6896534556-91.079693602774.7253908856
71.646047469810.0747457234602-0.00483775724912.009871807780.05232105285070.795767153887-0.1480312798820.1788688462560.222625459948-0.2728283504410.04983914243060.087729194213-0.316948755343-0.2260180985180.05311014751010.4412485950540.114215145022-0.09094617890870.3670435998290.007628952141340.319152039522-10.1734443994-62.898144280357.1348370014
85.28267859377-0.7223908765230.3919951066265.861475383362.381891399842.08919375733-0.2578258681610.3561365368490.4440209441770.110037877749-0.211758307215-0.349178571674-0.1745476175510.08453618028110.422966843120.6882830245360.115432950235-0.02139269474660.4734084452270.04227884601470.456723666989-13.8094495406-43.002046529340.6129159219
93.152462523260.187903050744-1.015337323252.014008803121.708219838814.73313144238-0.1756147790150.008327659764820.312928614422-0.130996613364-0.3632493069770.109862922073-0.959397147466-0.3279429308430.5084057362830.5352717180490.220951131743-0.1351740574960.490520994783-0.01698673259820.506976287181-24.9878802245-41.29119344.1750251039
101.46331306726-1.292769506891.343585596812.28565743806-1.318813328521.30691236582-0.1243211474640.06162046006590.2148370468850.212666161087-0.0551061665851-0.107048302375-0.420788099547-0.09014384594330.2023794800330.4179840602780.0487682343158-0.01334347019760.310564999221-0.02534205799070.305327414409-4.98190194278-62.566960220364.756760548
110.9791609836240.06050063969010.2058044145892.74601022656-1.489918925791.600784895120.0217015977750.242246181260.00571016728509-0.4308661427440.03219474694710.02803864932920.18493207517-0.00164292559665-0.02275119385360.3188837898570.0497408554563-0.06494242359820.309091211755-0.05126851764870.296396931148-12.903126008-81.468060762559.3921580162
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 116 )AA2 - 1161 - 115
22chain 'A' and (resid 117 through 187 )AA117 - 187116 - 186
33chain 'A' and (resid 188 through 317 )AA188 - 317187 - 316
44chain 'A' and (resid 318 through 351 )AA318 - 351317 - 342
55chain 'A' and (resid 352 through 493 )AA352 - 493343 - 446
66chain 'B' and (resid 2 through 41 )BD2 - 411 - 40
77chain 'B' and (resid 42 through 115 )BD42 - 11541 - 114
88chain 'B' and (resid 116 through 147 )BD116 - 147115 - 146
99chain 'B' and (resid 148 through 197 )BD148 - 197147 - 196
1010chain 'B' and (resid 198 through 351 )BD198 - 351197 - 340
1111chain 'B' and (resid 352 through 493 )BD352 - 493341 - 447

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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