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万見
- PDB-8cgx: structure of HEX-1 from N. crassa crystallized in cellulo, diffra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cgx
タイトルstructure of HEX-1 from N. crassa crystallized in cellulo, diffracted at 100K and resolved using XDS
要素Woronin body major protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / naturally crystallizing / Woronin body / self-assembly / HEX-1 / in vivo
機能・相同性
機能・相同性情報


Woronin body / positive regulation of translational termination / positive regulation of translational elongation / cell septum / translational elongation / translation elongation factor activity / ribosome binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Hex1, S1 domain / : / Translation initiation factor 5A-like, N-terminal / Translation elongation factor IF5A-like / Translation elongation factor, IF5A C-terminal / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold / Translation protein SH3-like domain superfamily / Ribosomal protein L2, domain 2 / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Woronin body major protein
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Boger, J. / Schoenherr, R. / Lahey-Rudolph, J.M. / Harms, M. / Kaiser, J. / Nachtschatt, S. / Wobbe, M. / Koenig, P. / Bourenkov, G. / Schneider, T. / Redecke, L.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and ResearchFoeKz 05K18FLA, InCellSX ドイツ
Joachim Herz StiftungPhD scholarship ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC306 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A streamlined approach to structure elucidation using in cellulo crystallized recombinant proteins, InCellCryst.
著者: Schonherr, R. / Boger, J. / Lahey-Rudolph, J.M. / Harms, M. / Kaiser, J. / Nachtschatt, S. / Wobbe, M. / Duden, R. / Konig, P. / Bourenkov, G. / Schneider, T.R. / Redecke, L.
履歴
登録2023年2月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Woronin body major protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1511
ポリマ－19,1511
非ポリマー00
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8490 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)57.240, 57.240, 198.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6

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要素

#1: タンパク質 Woronin body major protein


分子量: 19150.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neurospora crassa (菌類) / 遺伝子: hex-1, NCU08332 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P87252
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.74 %
結晶化温度: 300 K / 手法: in cell
詳細: baculovirus infected and grown in Trichoplusia ni (High Five) cells in adhesion culture (MOI 1)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→33.03 Å / Num. obs: 33344 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4639 % / Biso Wilson estimate: 31.25 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 35.15
反射 シェル解像度: 1.85→1.916 Å / Num. unique obs: 1639 / CC1/2: 0.939
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target解説: Micro mesh mount

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→33.03 Å / SU ML: 0.2677 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.5963
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2332 2257 6.77 %
Rwork0.204 31087 -
obs0.206 33344 99.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→33.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1114 0 0 78 1192
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00621145
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86461557
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0663185
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0068202
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.1181159
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.880.38281340.35971833X-RAY DIFFRACTION95.16
1.88-1.930.36931430.25711948X-RAY DIFFRACTION98.54
1.93-1.980.34021420.23191968X-RAY DIFFRACTION99.2
1.98-2.040.23341420.22881954X-RAY DIFFRACTION99.67
2.04-2.110.29691480.22461939X-RAY DIFFRACTION99.43
2.11-2.180.26351390.2281963X-RAY DIFFRACTION99.95
2.18-2.270.23671450.22951951X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.370.24681390.20071969X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.50.29211440.21131968X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.650.22031430.21811949X-RAY DIFFRACTION99.9
2.65-2.860.22051410.21551995X-RAY DIFFRACTION100
2.86-3.140.26951400.20431939X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.60.21311400.19391958X-RAY DIFFRACTION99.95
3.6-4.530.17381410.16241959X-RAY DIFFRACTION99.72
4.53-33.030.20991440.19371964X-RAY DIFFRACTION99.67
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.597062528120.7760178300180.9896934387441.008253398540.6263876883392.39607149203-0.135621740258-0.02646991354720.1472140580970.00524327937272-0.0141818852622-0.0266230420988-0.2707729929290.1213511163630.0001543414592270.309326796489-0.02308035059590.007124017026150.308366791160.01065650978370.28562881881833.202416742128.989213577239.7963477897
23.26095928547-1.981790821961.627130009893.411107494890.6036895214972.78829337369-0.115231836157-0.0776745077466-0.1712406697150.1101484014620.0742495129980.221034379150.119550131998-0.1503374705541.43672712527E-50.311361724744-0.005586392593510.03328136702980.3423004851350.01413754421010.3765947552127.8107508139527.192501435536.1434990593
30.8303344529620.07134108691470.5135294752851.086319628650.4012725144210.397296280424-0.288879648567-0.571767205522-0.1724066843830.7200548163820.1194976752180.132508369479-0.283324307992-0.5851918382890.06480658191440.5900183292650.1304972809930.07683530738850.616201543330.06435351705310.53690079820510.634069982927.108012438542.8324701756
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 28 through 103 )28 - 1031 - 76
22chain 'A' and (resid 104 through 161 )104 - 16177 - 134
33chain 'A' and (resid 162 through 175 )162 - 175135 - 148

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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