PDB-8cei: Succinyl-CoA Reductase from Clostridium kluyveri (SucD)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cei

タイトル

Succinyl-CoA Reductase from Clostridium kluyveri (SucD)

要素

Succinate-semialdehyde dehydrogenase (acetylating)

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / SSA /

succinic semialdehyde (コハク酸セミアルデヒド) /

NADPH (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) /

NADP+ (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) / SucD / ssr /

succinyl-CoA (スクシニルCoA) / mesaconyl-CoA / mesaconyl-C1-CoA / SucD_Ck / CkSucD

機能・相同性

コハク酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ (アセチル化) / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor /

Aldehyde dehydrogenase domain /

Aldehyde dehydrogenase family /

Aldehyde dehydrogenase, N-terminal /

Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / Succinate-semialdehyde dehydrogenase (acetylating)

機能・相同性情報

生物種

Clostridium kluyveri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Pfister, P. / Diehl, C. / Erb, T.J.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Enhancing the Substrate Specificity of Clostridium Succinyl-CoA Reductase for Synthetic Biology and Biocatalysis.
著者: Pfister, P. / Diehl, C. / Hammarlund, E. / Carrillo, M. / Erb, T.J.

履歴

登録	2023年2月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / refine Item: _pdbx_initial_refinement_model.type / _refine.pdbx_starting_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cei.cif.gz	692.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cei.ent.gz	575.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cei.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/8cei ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/8cei	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cejC 8cekC 3k9dS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (5) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (acetylating)

B: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (acetylating)

C: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (acetylating)

D: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (acetylating)

196 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (acetylating)

B: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (acetylating)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
98.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (acetylating)

D: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (acetylating)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
98.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	86.231, 89.339, 137.322
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.64, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Succinate-semialdehyde dehydrogenase (acetylating) 分子量: 49029.910 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium kluyveri (バクテリア) 遺伝子: sucD, CKL_3015 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P38947, コハク酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ (アセチル化)
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1024 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.86 %
結晶化	温度: 288.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25 % w/v Pentaerythritol Propoxylate (5/4 PO/OH) 100 mM MES; pH 6.5 50 mM Magnesium chloride PH範囲: 6.5-7.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→39.47 Å / Num. obs: 197254 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.4 % / CC_1/2: 0.995 / R_pim(I) all: 0.054 / R_rim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 7.3
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / % possible obs: 96 % / 冗長度: 4.4 % / Num. measured all: 62718 / Num. unique obs: 14359 / CC_1/2: 0.945 / R_pim(I) all: 0.22 / R_rim(I) all: 0.468 / Net I/σ(I) obs: 2.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1-4487	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3K9D

3k9d

解像度: 2.2→39.47 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 33.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.267	3860	1.96 %
R_work	0.2424	-	-
obs	0.2429	197254	97.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13576	0	0	1024	14600

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.001	13804
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.392	18668
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.886	5144
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	2132
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2408

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.22	0.3428	115	0.3119	5694	X-RAY DIFFRACTION	80
2.22-2.25	0.2998	123	0.2963	6969	X-RAY DIFFRACTION	99
2.25-2.28	0.2875	141	0.2875	7060	X-RAY DIFFRACTION	99
2.28-2.31	0.2918	141	0.2918	6891	X-RAY DIFFRACTION	98
2.31-2.35	0.3127	141	0.2863	7035	X-RAY DIFFRACTION	99
2.35-2.38	0.3619	147	0.2927	6927	X-RAY DIFFRACTION	99
2.38-2.42	0.3301	154	0.2793	6939	X-RAY DIFFRACTION	98
2.42-2.46	0.3374	136	0.2753	6998	X-RAY DIFFRACTION	98
2.46-2.5	0.3073	118	0.2671	6866	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5-2.54	0.2983	146	0.2653	6958	X-RAY DIFFRACTION	97
2.54-2.59	0.2458	131	0.2458	6799	X-RAY DIFFRACTION	96
2.59-2.65	0.2751	154	0.2644	6903	X-RAY DIFFRACTION	98
2.65-2.7	0.3087	136	0.2611	6979	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7-2.77	0.3152	152	0.251	6955	X-RAY DIFFRACTION	99
2.77-2.84	0.3056	123	0.2548	6939	X-RAY DIFFRACTION	98
2.84-2.91	0.2187	136	0.2187	7050	X-RAY DIFFRACTION	99
2.91-3	0.2829	141	0.2707	6963	X-RAY DIFFRACTION	99
3-3.1	0.3155	142	0.2562	7064	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1-3.21	0.2668	147	0.2517	6956	X-RAY DIFFRACTION	99
3.21-3.33	0.3202	131	0.2452	6771	X-RAY DIFFRACTION	96
3.33-3.49	0.2264	140	0.2264	6877	X-RAY DIFFRACTION	97
3.49-3.67	0.2843	138	0.2248	7050	X-RAY DIFFRACTION	99
3.67-3.9	0.2561	134	0.216	7087	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9-4.2	0.2383	151	0.2076	6955	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2-4.62	0.2061	124	0.2043	6988	X-RAY DIFFRACTION	99
4.62-5.29	0.196	143	0.196	6861	X-RAY DIFFRACTION	97
5.29-6.66	0.2861	133	0.2354	7051	X-RAY DIFFRACTION	100
6.66-10	0.2239	142	0.2029	6809	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 1.1918 Å / Origin y: -0.932 Å / Origin z: 89.664 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.201 Å²	-0.0072 Å²	-0.0219 Å²	-	0.2114 Å²	-0.0133 Å²	-	-	0.2194 Å²
L	0.0641 °²	-0.024 °²	0.1482 °²	-	0.069 °²	-0.0761 °²	-	-	0.1055 °²
S	-0.0016 Å °	0.0017 Å °	-0.0017 Å °	0.0112 Å °	-0.0084 Å °	-0.0134 Å °	-0.008 Å °	0.0078 Å °	0.0083 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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