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- PDB-8cej: Succinyl-CoA Reductase from Clostridium kluyveri (SucD) with Mesa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cej
タイトルSuccinyl-CoA Reductase from Clostridium kluyveri (SucD) with Mesaconyl-C1-CoA
要素Succinate-semialdehyde dehydrogenase (acetylating)
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / SSA / succinic semialdehyde (コハク酸セミアルデヒド) / NADPH (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) / NADP+ (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) / SucD / ssr / succinyl-CoA (スクシニルCoA) / mesaconyl-CoA / mesaconyl-C1-CoA / SucD_Ck / CkSucD / CETCH / Clostridium (クロストリジウム属) / succinate (コハク酸) / mesaconyl-cystein
機能・相同性
機能・相同性情報


コハク酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ (アセチル化) / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor
類似検索 - 分子機能
Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
(2E)-2-METHYLBUT-2-ENEDIOIC ACID / Mesaconyl Coenzme A / Succinate-semialdehyde dehydrogenase (acetylating)
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium kluyveri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Pfister, P. / Diehl, C. / Erb, T.J.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Enhancing the Substrate Specificity of Clostridium Succinyl-CoA Reductase for Synthetic Biology and Biocatalysis.
著者: Pfister, P. / Diehl, C. / Hammarlund, E. / Carrillo, M. / Erb, T.J.
履歴
登録2023年2月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_initial_refinement_model.accession_code / _pdbx_initial_refinement_model.source_name / _pdbx_initial_refinement_model.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (acetylating)
B: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (acetylating)
C: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (acetylating)
D: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (acetylating)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,3908
ポリマ－196,1204
非ポリマー1,2704
水25,0051388
1
A: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (acetylating)
ヘテロ分子

A: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (acetylating)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,3204
ポリマ－98,0602
非ポリマー2602
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-11
Buried area7100 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area32820 Å2
手法PISA
2
B: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (acetylating)
ヘテロ分子

C: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (acetylating)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,0704
ポリマ－98,0602
非ポリマー1,0102
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_344-x-3/2,y-1/2,-z-1/21
Buried area6680 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area32610 Å2
手法PISA
3
D: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (acetylating)
ヘテロ分子

D: Succinate-semialdehyde dehydrogenase (acetylating)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,3204
ポリマ－98,0602
非ポリマー2602
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z1
Buried area7130 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area32650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.890, 190.650, 190.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-759-

HOH

21A-864-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Succinate-semialdehyde dehydrogenase (acetylating)


分子量: 49029.910 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium kluyveri (バクテリア)
遺伝子: sucD, CKL_3015 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P38947, コハク酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ (アセチル化)
#2: 化合物 ChemComp-MEZ / (2E)-2-METHYLBUT-2-ENEDIOIC ACID / MESACONIC ACID / MESACONATE / メサコン酸 / メサコン酸


分子量: 130.099 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-OA9 / Mesaconyl Coenzme A / (~{E})-4-[2-[3-[[(2~{R})-4-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethylsulfanyl]-3-methyl-4-oxidanylidene-but-2-enoic acid / Mesaconyl-CoA / 2-methylfumaroyl-CoA / メサコニルCoA


分子量: 879.618 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H40N7O19P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.18 %
結晶化温度: 288.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM magnesium acetate, 100 mM MOPS pH 7.5, 5 mM mesaconyl-CoA 12% PEG 8000
PH範囲: 6.5 - 7.8

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→25 Å / Num. obs: 149464 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rrim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 12.21
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
2.1-2.150.643109760.9270.6951
2.15-2.210.549107270.9430.5931
2.21-2.280.457104140.9590.4941
2.28-2.350.388101030.9670.4211
2.35-2.420.32598320.9720.3541
2.42-2.510.29794600.9770.3231
2.51-2.60.25291700.9840.2721
2.6-2.710.20988520.9880.2261
2.71-2.830.17984710.9880.1941
2.83-2.970.14981270.9910.1621
2.97-3.130.12776980.9910.1391
3.13-3.320.10573300.9930.1141
3.32-3.550.0968930.9950.0971
3.55-3.830.07964300.9960.0851
3.83-4.20.0759010.9960.0761
4.2-4.70.06553580.9960.0721
4.7-5.420.06347970.9970.0691
5.42-6.640.0640320.9970.0651
6.64-9.390.05531730.9970.061
9.39-250.04917200.9980.0541

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
SCALAデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→25 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 37.16 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2422 2014 1.35 %
Rwork0.2113 --
obs0.2218 149464 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13712 0 0 1388 15100
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00213942
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48718867
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.5955191
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0422149
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032435
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.150.27071410.295210465X-RAY DIFFRACTION99
2.15-2.210.32981440.282510460X-RAY DIFFRACTION99
2.21-2.280.29821420.265410442X-RAY DIFFRACTION99
2.28-2.350.25871410.266810453X-RAY DIFFRACTION99
2.35-2.430.28911420.257110438X-RAY DIFFRACTION99
2.43-2.530.27671420.261210495X-RAY DIFFRACTION99
2.53-2.650.26731430.251310482X-RAY DIFFRACTION99
2.65-2.780.27951430.245710496X-RAY DIFFRACTION99
2.78-2.960.24991430.236110500X-RAY DIFFRACTION99
2.96-3.190.27521430.228110531X-RAY DIFFRACTION99
3.19-3.510.25741440.223310538X-RAY DIFFRACTION99
3.51-4.010.23781450.200410615X-RAY DIFFRACTION99
4.01-5.050.21261480.17110634X-RAY DIFFRACTION99
5.05-250.20691500.185610904X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -88.7433 Å / Origin y: -39.9712 Å / Origin z: -47.3632 Å
111213212223313233
T0.1633 Å2-0.0005 Å2-0.0018 Å2-0.1278 Å20.0006 Å2--0.3425 Å2
L0.1409 °20.0153 °20.019 °2-0.0618 °2-0.0074 °2--0.1094 °2
S-0.0051 Å °0.0035 Å °0.0024 Å °0.0156 Å °0.0011 Å °-0.0056 Å °-0.0091 Å °-0.0023 Å °0.0041 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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