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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cdm | ||||||
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タイトル | Plasmodium falciparum Myosin A full-length, post-rigor state complexed to the inhibitor KNX-002 | ||||||
要素 |
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キーワード | MOTOR PROTEIN (モータータンパク質) / Malaria (マラリア) / Plasmodium falciparum / Myosin A / KNX-002 / antimalarial treatment / molecular motors (分子モーター) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pellicle / glideosome / inner membrane pellicle complex / mitotic actomyosin contractile ring assembly / vesicle transport along actin filament / myosin complex / myosin II complex / microfilament motor activity / myosin heavy chain binding / cytoskeletal motor activity ...pellicle / glideosome / inner membrane pellicle complex / mitotic actomyosin contractile ring assembly / vesicle transport along actin filament / myosin complex / myosin II complex / microfilament motor activity / myosin heavy chain binding / cytoskeletal motor activity / actin filament organization / actin filament binding / マイクロフィラメント / actin binding / vesicle / calcium ion binding / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Moussaoui, D. / Robblee, J.P. / Robert-Paganin, J. / Auguin, D. / Fisher, F. / Fagnant, P.M. / MacFarlane, J.E. / Mueller-Dieckmann, C. / Baum, J. / Trybus, K.M. / Houdusse, A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Plasmodium falciparum Myosin A full-length, post-rigor state complexed to the inhibitor KNX-002 著者: Moussaoui, D. / Robblee, J.P. / Robert-Paganin, J. / Auguin, D. / Fisher, F. / Fagnant, P.M. / MacFarlane, J.E. / Schaletzky, J. / Wehri, E. / Mueller-Dieckmann, C. / Baum, J. / Trybus, K.M. / Houdusse, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8cdm.cif.gz | 538.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8cdm.ent.gz | 365.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8cdm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/8cdm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/8cdm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6ycyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 ABE
#1: タンパク質 | 分子量: 92474.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: MyoA, PF13_0233, PF3D7_1342600 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q8IDR3 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 23510.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: PF3D7_1246400 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q8I4W8 |
#3: タンパク質 | 分子量: 15692.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: CK202_4702 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A0A2I0BQX1 |
-非ポリマー , 4種, 360分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-KQ0 / | #6: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.79 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.1M sodium HEPES pH 7,5, 4% PEG400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 1.0722 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0722 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→94.97 Å / Num. obs: 55344 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 55.25 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.53 Å / Rmerge(I) obs: 1.672 / Num. unique obs: 2767 / CC1/2: 0.578 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6YCY 解像度: 2.35→46.44 Å / SU ML: 0.2676 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.1792 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.72 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→46.44 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 2.97217217614 Å / Origin y: 0.433284134512 Å / Origin z: 37.62087237 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |