PDB-8ccg: The Fk1 domain of FKBP51 in complex with (2R,5S,12S)-12-(thiophen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ccg

タイトル

The Fk1 domain of FKBP51 in complex with (2R,5S,12S)-12-(thiophen-2-yl)-2-[2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethyl]-15,15-dimethyl-3,19-dioxa-10,13,16-triazatricyclo[18.3.1.0^5,^10]tetracosa-1(24),20,22-triene-4,11,14,17-tetrone

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP51 / SAFit / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / chaperone-mediated protein folding / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / response to bacterium / protein folding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Meyners, C. / Knaup, F.H. / Walz, C.M. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structure-Based Discovery of a New Selectivity-Enabling Motif for the FK506-Binding Protein 51.
著者: Knaup, F.H. / Meyners, C. / Sugiarto, W.O. / Wedel, S. / Springer, M. / Walz, C. / Geiger, T.M. / Schmidt, M. / Sisignano, M. / Hausch, F.

履歴

登録	2023年1月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ccg.cif.gz	151.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ccg.ent.gz	90.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ccg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ccg_validation.pdf.gz	775.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ccg_full_validation.pdf.gz	776.9 KB	表示
XML形式データ	8ccg_validation.xml.gz	9.3 KB	表示
CIF形式データ	8ccg_validation.cif.gz	12.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/8ccg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/8ccg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ccaC 8ccbC 8cccC 8ccdC 8cceC 8ccfC 8cchC 4tw7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

14.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.821, 48.073, 58.549
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 1 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-UBK / (2~{R},5~{S},12~{S})-2-[2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethyl]-15,15-dimethyl-12-thiophen-2-yl-3,19-dioxa-10,13,16-triazatricyclo[18.3.1.0^{5,10}]tetracosa-1(24),20,22-triene-4,11,14,17-tetrone 分子量: 663.780 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₅H₄₁N₃O₈S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 32% PEG3350, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M ammonium acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.3→48.07 Å / Num. obs: 33862 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.034 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 18

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
7.12-48.07	5.5	0.014	258	1	0.009	0.017
1.3-1.32	6.5	1.519	1616	0.678	0.955	1.801

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4TW7

4tw7

解像度: 1.3→33.926 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 2.992 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.05 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1998	1751	5.18 %
R_work	0.1665	32055	-
all	0.168	-	-
obs	-	33806	99.82 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.858 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.484 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.122 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.362 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→33.926 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	942	0	47	160	1149

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	1023
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	959
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.877	1.711	1387
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.709	1.643	2212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.005	5	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.265	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.724	10	151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	18.621	10	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.023	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	1163
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	216
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	164
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	895
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	519
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	492
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.108	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.163	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.892	2.185	515
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.891	2.185	515
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.355	3.947	642
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.354	3.945	643
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.912	2.322	508
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.91	2.321	509
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.541	4.181	745
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.54	4.179	746
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.519	25.988	1156
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.234	22.73	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.233	3	1982

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.3-1.334	0.295	130	0.289	2325	0.289	2460	0.971	0.973	99.7967	0.284
1.334-1.37	0.264	127	0.266	2259	0.266	2390	0.978	0.977	99.8326	0.253
1.37-1.41	0.272	109	0.247	2223	0.248	2335	0.961	0.977	99.8715	0.229
1.41-1.453	0.257	137	0.214	2139	0.217	2279	0.969	0.983	99.8684	0.191
1.453-1.501	0.269	118	0.195	2079	0.199	2199	0.973	0.985	99.909	0.168
1.501-1.553	0.217	131	0.167	1997	0.17	2131	0.97	0.99	99.8592	0.139
1.553-1.612	0.193	111	0.145	1967	0.148	2079	0.986	0.991	99.9519	0.12
1.612-1.677	0.227	102	0.142	1865	0.146	1971	0.974	0.991	99.7971	0.12
1.677-1.752	0.198	81	0.137	1839	0.14	1920	0.98	0.991	100	0.117
1.752-1.837	0.179	96	0.13	1739	0.133	1838	0.986	0.992	99.8368	0.113
1.837-1.936	0.198	107	0.128	1646	0.132	1754	0.977	0.991	99.943	0.116
1.936-2.053	0.181	67	0.155	1586	0.157	1654	0.967	0.985	99.9395	0.144
2.053-2.194	0.194	47	0.145	1504	0.146	1556	0.974	0.989	99.6787	0.141
2.194-2.369	0.174	99	0.135	1367	0.137	1469	0.981	0.99	99.7958	0.13
2.369-2.594	0.167	68	0.148	1275	0.149	1344	0.983	0.986	99.9256	0.149
2.594-2.898	0.18	78	0.165	1159	0.166	1242	0.975	0.982	99.5974	0.17
2.898-3.343	0.218	46	0.167	1029	0.169	1082	0.961	0.983	99.3531	0.178
3.343-4.084	0.233	43	0.171	910	0.174	953	0.964	0.983	100	0.191
4.084-5.734	0.16	34	0.163	711	0.163	747	0.985	0.986	99.7323	0.194
5.734-33.926	0.23	20	0.243	436	0.242	462	0.968	0.965	98.7013	0.282

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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