PDB-8ccf: The Fk1 domain of FKBP51 in complex with 2-(3-((R)-1-(((S)-1-((S)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ccf

タイトル

The Fk1 domain of FKBP51 in complex with 2-(3-((R)-1-(((S)-1-((S)-2-(5-chlorothiophen-2-yl)pent-4-enoyl)piperidine-2-carbonyl)oxy)-3-(3,4-dimethoxyphenyl)propyl)phenoxy)acetic acid

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP51 / SAFit / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

response to alcohol / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / ESR-mediated signaling / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Meyners, C. / Knaup, F.H. / Walz, C.M. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structure-Based Discovery of a New Selectivity-Enabling Motif for the FK506-Binding Protein 51.
著者: Knaup, F.H. / Meyners, C. / Sugiarto, W.O. / Wedel, S. / Springer, M. / Walz, C. / Geiger, T.M. / Schmidt, M. / Sisignano, M. / Hausch, F.

履歴

登録	2023年1月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ccf.cif.gz	141.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ccf.ent.gz	85.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ccf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ccf_validation.pdf.gz	767.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ccf_full_validation.pdf.gz	768.1 KB	表示
XML形式データ	8ccf_validation.xml.gz	7.7 KB	表示
CIF形式データ	8ccf_validation.cif.gz	9.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/8ccf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/8ccf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ccaC 8ccbC 8cccC 8ccdC 8cceC 8ccgC 8cchC 4tw7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

14.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.295, 48.302, 57.238
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 1 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-UC0 / 2-[3-[(1~{R})-1-[(2~{S})-1-[(2~{S})-2-(5-chloranylthiophen-2-yl)pent-4-enoyl]piperidin-2-yl]carbonyloxy-3-(3,4-dimethoxyphenyl)propyl]phenoxy]ethanoic acid 分子量: 656.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₈ClNO₈S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20% PEG3350, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M ammonium acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→48.3 Å / Num. obs: 9295 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.044 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 21.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.94-48.3	5.5	0.023	135	0.999	0.013	0.027
2-2.05	7.3	0.473	679	0.941	0.275	0.549

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4TW7

4tw7

解像度: 2→36.486 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 15.062 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.169 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2463	436	4.708 %
R_work	0.2089	8825	-
all	0.211	-	-
obs	-	9261	99.602 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.877 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.421 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-4.017 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.404 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→36.486 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	934	0	45	22	1001

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	1009
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	929
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.656	1.702	1370
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.626	1.64	2140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.52	5	129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	2.882	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.838	10	148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.969	10	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.748	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1160
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	213
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	186
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	866
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	512
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	515
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.093	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.176	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.1	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.09	3.351	519
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.094	3.353	516
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.548	6.022	647
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.553	6.032	646
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.909	3.415	490
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.906	3.416	491
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.347	6.227	723
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.344	6.227	724
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.89	31.92	1106
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.887	31.91	1105

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.301	35	0.293	642	0.294	678	0.882	0.882	99.8525	0.253
2.052-2.108	0.292	16	0.267	628	0.268	644	0.873	0.901	100	0.231
2.108-2.169	0.227	25	0.242	609	0.241	634	0.947	0.911	100	0.205
2.169-2.235	0.285	22	0.243	585	0.245	607	0.932	0.929	100	0.213
2.235-2.308	0.303	27	0.244	576	0.246	608	0.926	0.932	99.1776	0.209
2.308-2.389	0.234	33	0.215	557	0.216	591	0.944	0.951	99.8308	0.173
2.389-2.479	0.313	33	0.214	529	0.219	565	0.927	0.965	99.469	0.19
2.479-2.579	0.225	36	0.223	505	0.223	541	0.961	0.967	100	0.199
2.579-2.693	0.215	26	0.211	501	0.212	527	0.963	0.966	100	0.194
2.693-2.824	0.33	35	0.23	463	0.238	498	0.905	0.964	100	0.217
2.824-2.976	0.295	18	0.218	455	0.22	478	0.943	0.968	98.954	0.207
2.976-3.155	0.244	24	0.217	424	0.219	453	0.959	0.97	98.8962	0.209
3.155-3.371	0.279	28	0.218	410	0.223	439	0.951	0.969	99.7722	0.219
3.371-3.639	0.268	12	0.211	384	0.212	397	0.934	0.975	99.7481	0.214
3.639-3.982	0.221	18	0.194	353	0.196	373	0.979	0.978	99.4638	0.211
3.982-4.446	0.21	14	0.174	328	0.176	344	0.964	0.982	99.4186	0.201
4.446-5.121	0.153	7	0.146	290	0.147	299	0.984	0.987	99.3311	0.181
5.121-6.241	0.214	11	0.2	259	0.201	271	0.983	0.973	99.631	0.229
6.241-8.699	0.22	12	0.234	196	0.233	210	0.967	0.967	99.0476	0.282
8.699-36.486	0.233	4	0.218	131	0.219	140	0.948	0.949	96.4286	0.281

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 6.0296 Å / Origin y: -2.2451 Å / Origin z: -14.647 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0806 Å²	0.0047 Å²	-0.0121 Å²	-	0.0281 Å²	0.0126 Å²	-	-	0.029 Å²
L	3.9436 °²	0.0485 °²	-0.5628 °²	-	5.0913 °²	-0.4717 °²	-	-	5.604 °²
S	-0.0085 Å °	-0.1394 Å °	-0.3249 Å °	0.2116 Å °	0.0018 Å °	-0.0267 Å °	0.3668 Å °	0.3223 Å °	0.0067 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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