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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4tw7 | ||||||
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タイトル | The Fk1 domain of FKBP51 in complex with iFit4 | ||||||
要素 | Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / Fk-506 binding domain / Hsp90 cochaperone / immunophiline / peptidyl-prolyl isomerase (プロリルイソメラーゼ) / ligand selectivity | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 FK506 binding / chaperone-mediated protein folding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / response to bacterium / フォールディング ...FK506 binding / chaperone-mediated protein folding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / response to bacterium / フォールディング / extracellular exosome / 核質 / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å | ||||||
データ登録者 | Gaali, S. / Kirschner, A. / Cuboni, S. / Hartmann, J. / Kozany, C. / Balsevich, G. / Namendorf, C. / Fernandez-Vizarra, P. / Almeida, O.F.X. / Ruehter, G. ...Gaali, S. / Kirschner, A. / Cuboni, S. / Hartmann, J. / Kozany, C. / Balsevich, G. / Namendorf, C. / Fernandez-Vizarra, P. / Almeida, O.F.X. / Ruehter, G. / Uhr, M. / Schmidt, M.V. / Touma, C. / Bracher, A. / Hausch, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2015 タイトル: Selective inhibitors of the FK506-binding protein 51 by induced fit. 著者: Gaali, S. / Kirschner, A. / Cuboni, S. / Hartmann, J. / Kozany, C. / Balsevich, G. / Namendorf, C. / Fernandez-Vizarra, P. / Sippel, C. / Zannas, A.S. / Draenert, R. / Binder, E.B. / Almeida, ...著者: Gaali, S. / Kirschner, A. / Cuboni, S. / Hartmann, J. / Kozany, C. / Balsevich, G. / Namendorf, C. / Fernandez-Vizarra, P. / Sippel, C. / Zannas, A.S. / Draenert, R. / Binder, E.B. / Almeida, O.F. / Ruhter, G. / Uhr, M. / Schmidt, M.V. / Touma, C. / Bracher, A. / Hausch, F. #1: ジャーナル: Acta Cryst. Sect. D / 年: 2011 タイトル: Structural characterization of the PPIase domain of FKBP51, a cochaperone of human Hsp90 著者: Bracher, A. / Kozany, C. / Thost, A.-K. / Hausch, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4tw7.cif.gz | 80.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4tw7.ent.gz | 57.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4tw7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/4tw7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/4tw7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | biological unit is the same as asym. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14026.077 Da / 分子数: 1 / 変異: A19T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 / プラスミド: pProEx-HtB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): codon plus RIL / 参照: UniProt: Q13451, プロリルイソメラーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-37K / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 28 % PEG-3350, 0.2 M NH4-acetate and 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月12日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.25→38.32 Å / Num. all: 29892 / Num. obs: 29892 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 8.392 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.053 / Rsym value: 0.046 / Net I/av σ(I): 11.667 / Net I/σ(I): 15.8 / Num. measured all: 104481 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4TW6 解像度: 1.25→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / WRfactor Rfree: 0.1723 / WRfactor Rwork: 0.1261 / FOM work R set: 0.9088 / SU B: 1.522 / SU ML: 0.03 / SU R Cruickshank DPI: 0.0465 / SU Rfree: 0.0485 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 92.82 Å2 / Biso mean: 13.462 Å2 / Biso min: 2.99 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.25→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.25→1.282 Å / Total num. of bins used: 20
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