PDB-8cce: The Fk1 domain of FKBP51 in complex with 2-(3-((R)-1-(((S)-1-((S)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cce

タイトル

The Fk1 domain of FKBP51 in complex with 2-(3-((R)-1-(((S)-1-((S)-2-(5-chlorothiophen-2-yl)butanoyl)piperidine-2-carbonyl)oxy)-3-(3,4-dimethoxyphenyl)propyl)phenoxy)acetic acid

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP51 / SAFit / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / response to alcohol / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / ESR-mediated signaling / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / response to cocaine / response to bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Meyners, C. / Knaup, F.H. / Walz, C.M. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structure-Based Discovery of a New Selectivity-Enabling Motif for the FK506-Binding Protein 51.
著者: Knaup, F.H. / Meyners, C. / Sugiarto, W.O. / Wedel, S. / Springer, M. / Walz, C. / Geiger, T.M. / Schmidt, M. / Sisignano, M. / Hausch, F.

履歴

登録	2023年1月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cce.cif.gz	142.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cce.ent.gz	84.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cce.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8cce_validation.pdf.gz	774 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cce_full_validation.pdf.gz	774.3 KB	表示
XML形式データ	8cce_validation.xml.gz	8.3 KB	表示
CIF形式データ	8cce_validation.cif.gz	11.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/8cce ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/8cce	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ccaC 8ccbC 8cccC 8ccdC 8ccfC 8ccgC 8cchC 4tw7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

14.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.392, 48.342, 57.276
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 1 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-UCF / 2-[3-[(1~{R})-1-[(2~{S})-1-[(2~{S})-2-(5-chloranylthiophen-2-yl)butanoyl]piperidin-2-yl]carbonyloxy-3-(3,4-dimethoxyphenyl)propyl]phenoxy]ethanoic acid 分子量: 644.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₃₈ClNO₈S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 22% PEG3350, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M ammonium acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→46.39 Å / Num. obs: 25513 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.049 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 16.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
7.67-46.39	5.4	0.017	200	1	0.01	0.02
1.4-1.42	6.2	1.461	1218	0.736	0.948	1.75

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4TW7

4tw7

解像度: 1.4→36.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 5.337 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.07 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2337	1276	5.01 %
R_work	0.1977	24193	-
all	0.199	-	-
obs	-	25469	97.928 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.432 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.652 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.895 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.757 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→36.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	923	0	50	97	1070

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	992
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	955
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.001	1.705	1334
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.737	1.642	2207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.032	5	120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.246	5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.999	10	159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	19.188	10	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	146
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.692	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	1093
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	202
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	167
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	912
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	506
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	538
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.132	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.131	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.313	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.371	1.209	492
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.371	1.209	492
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.023	2.15	608
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.021	2.149	609
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.079	1.381	500
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.078	1.383	501
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.158	2.439	726
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.156	2.441	727
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.086	14.061	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.028	13.297	1105

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.4-1.436	0.37	92	0.361	1723	0.362	1879	0.717	0.767	96.5939	0.338
1.436-1.476	0.357	93	0.331	1685	0.332	1839	0.758	0.785	96.683	0.298
1.476-1.518	0.301	96	0.313	1644	0.312	1790	0.846	0.809	97.2067	0.279
1.518-1.565	0.269	80	0.288	1629	0.287	1751	0.889	0.847	97.6014	0.25
1.565-1.616	0.29	70	0.271	1572	0.272	1679	0.856	0.853	97.7963	0.232
1.616-1.673	0.334	76	0.27	1543	0.273	1649	0.851	0.864	98.1807	0.225
1.673-1.736	0.237	94	0.248	1432	0.248	1587	0.906	0.907	96.1563	0.21
1.736-1.807	0.251	66	0.22	1418	0.222	1517	0.93	0.934	97.8247	0.187
1.807-1.887	0.208	71	0.188	1370	0.189	1466	0.962	0.967	98.2947	0.164
1.887-1.978	0.197	75	0.165	1323	0.167	1419	0.972	0.98	98.5201	0.148
1.978-2.085	0.171	50	0.155	1269	0.156	1333	0.976	0.983	98.9497	0.141
2.085-2.211	0.213	74	0.159	1201	0.162	1295	0.969	0.983	98.4556	0.146
2.211-2.363	0.253	72	0.174	1097	0.179	1180	0.956	0.98	99.0678	0.164
2.363-2.552	0.246	56	0.174	1070	0.178	1135	0.969	0.98	99.207	0.163
2.552-2.794	0.228	55	0.193	972	0.195	1036	0.966	0.975	99.1313	0.185
2.794-3.122	0.186	46	0.195	880	0.194	945	0.975	0.975	97.9894	0.195
3.122-3.6	0.245	32	0.193	805	0.195	846	0.968	0.977	98.9362	0.199
3.6-4.399	0.193	31	0.164	696	0.165	730	0.977	0.984	99.589	0.178
4.399-6.177	0.201	27	0.171	534	0.172	577	0.984	0.985	97.227	0.198
6.177-36.97	0.321	20	0.216	330	0.221	355	0.888	0.965	98.5915	0.25

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -5.4298 Å / Origin y: -1.9631 Å / Origin z: 14.2348 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0063 Å²	0.0043 Å²	-0.0055 Å²	-	0.1073 Å²	-0.004 Å²	-	-	0.0884 Å²
L	1.6813 °²	-0.1766 °²	-0.6232 °²	-	2.76 °²	-0.2708 °²	-	-	2.0801 °²
S	-0.026 Å °	0.0265 Å °	-0.1213 Å °	-0.1187 Å °	0.0045 Å °	0.1102 Å °	0.0362 Å °	-0.0976 Å °	0.0214 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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