PDB-8ccd: The Fk1 domain of FKBP51 in complex with 2-(3-((R)-1-(((S)-1-((S)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ccd

タイトル

The Fk1 domain of FKBP51 in complex with 2-(3-((R)-1-(((S)-1-((S)-2-(5-chlorothiophen-2-yl)-2-(3,4,5-trimethoxyphenyl)acetyl)piperidine-2-carbonyl)oxy)-3-(3,4-dimethoxyphenyl)propyl)phenoxy)acetic acid

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP51 / SAFit / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

response to alcohol / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Meyners, C. / Knaup, F.H. / Walz, C.M. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structure-Based Discovery of a New Selectivity-Enabling Motif for the FK506-Binding Protein 51.
著者: Knaup, F.H. / Meyners, C. / Sugiarto, W.O. / Wedel, S. / Springer, M. / Walz, C. / Geiger, T.M. / Schmidt, M. / Sisignano, M. / Hausch, F.

履歴

登録	2023年1月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ccd.cif.gz	140.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ccd.ent.gz	84.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ccd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/8ccd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/8ccd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ccaC 8ccbC 8cccC 8cceC 8ccfC 8ccgC 8cchC 4tw7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

14.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.556, 48.123, 57.156
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 1 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-UCO / 2-[3-[(1~{R})-1-[(2~{S})-1-[(2~{S})-2-(5-chloranylthiophen-2-yl)-2-(3,4,5-trimethoxyphenyl)ethanoyl]piperidin-2-yl]carbonyloxy-3-(3,4-dimethoxyphenyl)propyl]phenoxy]ethanoic acid 分子量: 782.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₄₄ClNO₁₁S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20% PEG3350, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M ammonium acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→45.56 Å / Num. obs: 7751 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 12.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.91-45.56	4.8	0.022	131	1	0.014	0.027
2.1-2.16	6.5	0.74	624	0.871	0.462	0.875

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4TW7

4tw7

解像度: 2.1→33.105 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 25.442 / SU ML: 0.263 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.261 / ESU R Free: 0.214 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2722	384	4.974 %
R_work	0.2253	7336	-
all	0.228	-	-
obs	-	7720	99.78 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.756 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.634 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-3.437 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.197 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→33.105 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	929	0	54	7	990

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	1007
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.016	915
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.825	1.718	1369
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.889	1.649	2103
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.912	5	127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.86	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.037	10	140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	18.498	10	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.524	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	208
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	217
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.207	0.2	991
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.191	0.2	518
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	525
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.093	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.163	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.103	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.08	3.381	514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.082	3.381	513
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.699	6.055	639
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.695	6.053	640
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.921	3.51	493
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.918	3.51	494
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.456	6.409	730
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.453	6.407	731
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.205	33.519	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.203	33.516	1140

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.1-2.154	0.339	23	0.376	526	0.374	550	0.855	0.8	99.8182	0.354
2.154-2.213	0.382	37	0.346	506	0.348	544	0.883	0.833	99.8162	0.318
2.213-2.277	0.319	30	0.339	506	0.338	537	0.835	0.876	99.8138	0.321
2.277-2.347	0.297	23	0.3	475	0.3	498	0.927	0.907	100	0.275
2.347-2.423	0.548	13	0.302	499	0.306	514	0.815	0.898	99.6109	0.279
2.423-2.508	0.339	19	0.285	462	0.287	482	0.916	0.907	99.7925	0.251
2.508-2.602	0.366	14	0.3	448	0.302	463	0.809	0.908	99.784	0.269
2.602-2.707	0.362	15	0.278	437	0.28	453	0.906	0.928	99.7793	0.255
2.707-2.827	0.387	23	0.26	416	0.266	439	0.863	0.954	100	0.238
2.827-2.964	0.384	25	0.248	377	0.257	403	0.859	0.95	99.7519	0.229
2.964-3.123	0.262	22	0.232	386	0.233	408	0.951	0.96	100	0.214
3.123-3.31	0.251	19	0.195	355	0.198	375	0.956	0.975	99.7333	0.19
3.31-3.536	0.146	13	0.163	350	0.163	363	0.987	0.983	100	0.159
3.536-3.816	0.218	22	0.18	315	0.183	338	0.967	0.975	99.7041	0.177
3.816-4.175	0.23	24	0.187	286	0.191	311	0.972	0.979	99.6785	0.192
4.175-4.658	0.216	19	0.162	261	0.165	282	0.969	0.983	99.2908	0.17
4.658-5.361	0.37	8	0.159	247	0.164	256	0.894	0.985	99.6094	0.171
5.361-6.524	0.362	11	0.249	211	0.253	222	0.936	0.972	100	0.254
6.524-9.052	0.219	13	0.21	166	0.211	179	0.965	0.977	100	0.223
9.052-33.105	0.247	11	0.23	107	0.231	118	0.971	0.965	100	0.254

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 5.7978 Å / Origin y: -2.1308 Å / Origin z: -14.8303 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0693 Å²	0.0083 Å²	-0.0009 Å²	-	0.012 Å²	-0.0016 Å²	-	-	0.1086 Å²
L	3.7749 °²	-0.5872 °²	-0.5937 °²	-	4.5938 °²	0.3259 °²	-	-	3.5746 °²
S	-0.0435 Å °	-0.0016 Å °	-0.0908 Å °	0.2063 Å °	0.0923 Å °	-0.1923 Å °	0.2874 Å °	0.1682 Å °	-0.0488 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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