PDB-8ccc: The Fk1 domain of FKBP51 in complex with 2-(3-((R)-1-(((S)-1-((S)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ccc

タイトル

The Fk1 domain of FKBP51 in complex with 2-(3-((R)-1-(((S)-1-((S)-2-(5-chlorothiophen-2-yl)propanoyl)piperidine-2-carbonyl)oxy)-3-(3,4-dimethoxyphenyl)propyl)phenoxy)acetic acid

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP51 / SAFit / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

response to alcohol / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Meyners, C. / Knaup, F.H. / Walz, C.M. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structure-Based Discovery of a New Selectivity-Enabling Motif for the FK506-Binding Protein 51.
著者: Knaup, F.H. / Meyners, C. / Sugiarto, W.O. / Wedel, S. / Springer, M. / Walz, C. / Geiger, T.M. / Schmidt, M. / Sisignano, M. / Hausch, F.

履歴

登録	2023年1月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ccc.cif.gz	142.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ccc.ent.gz	85.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ccc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/8ccc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/8ccc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ccaC 8ccbC 8ccdC 8cceC 8ccfC 8ccgC 8cchC 4tw7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.651, 50.882, 58.103
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 1 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-UCT / 2-[3-[(1~{R})-1-[(2~{S})-1-[(2~{S})-2-(5-chloranylthiophen-2-yl)propanoyl]piperidin-2-yl]carbonyloxy-3-(3,4-dimethoxyphenyl)propyl]phenoxy]ethanoic acid 分子量: 630.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₃₆ClNO₈S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 22% PEG3350, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M ammonium acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→48.65 Å / Num. obs: 21573 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.054 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 18.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.49-48.65	9.1	0.033	161	0.998	0.015	0.037
1.55-1.58	10	1.218	1056	0.809	0.581	1.353

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4TW7

4tw7

解像度: 1.55→38.308 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 8.26 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.086 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2389	1064	4.969 %
R_work	0.2161	20348	-
all	0.217	-	-
obs	-	21412	99.364 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.336 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.935 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	5.595 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→38.308 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	939	0	43	84	1066

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	935
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.727	1.703	1362
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.593	1.639	2155
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.545	5	127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.202	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.475	10	152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.062	10	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.761	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1143
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	208
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	184
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	833
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	512
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	502
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.082	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.146	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.031	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.678	2.066	514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.678	2.066	514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.527	3.712	639
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.525	3.711	640
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.196	2.226	491
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.194	2.227	492
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.492	3.995	723
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.491	3.996	724
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.036	20.696	1120
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.987	20.415	1105

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.55-1.59	0.383	73	0.354	1477	0.355	1551	0.774	0.775	99.9355	0.322
1.59-1.634	0.341	72	0.334	1471	0.334	1544	0.779	0.778	99.9352	0.3
1.634-1.681	0.354	68	0.31	1416	0.312	1484	0.795	0.82	100	0.276
1.681-1.733	0.254	71	0.296	1343	0.294	1415	0.897	0.837	99.9293	0.26
1.733-1.789	0.275	53	0.3	1355	0.299	1408	0.933	0.863	100	0.26
1.789-1.852	0.272	69	0.255	1301	0.256	1370	0.902	0.914	100	0.229
1.852-1.922	0.266	65	0.307	1209	0.305	1299	0.832	0.851	98.0754	0.269
1.922-2	0.372	63	0.302	1179	0.305	1275	0.867	0.873	97.4118	0.268
2-2.089	0.257	57	0.218	1154	0.22	1212	0.964	0.963	99.9175	0.203
2.089-2.19	0.206	48	0.205	1105	0.205	1153	0.962	0.969	100	0.194
2.19-2.308	0.277	50	0.245	1036	0.246	1135	0.915	0.946	95.6828	0.224
2.308-2.448	0.173	43	0.175	997	0.175	1043	0.973	0.979	99.7124	0.172
2.448-2.616	0.221	63	0.174	935	0.177	998	0.976	0.981	100	0.174
2.616-2.825	0.246	62	0.211	872	0.213	934	0.959	0.972	100	0.213
2.825-3.092	0.206	48	0.206	804	0.206	852	0.965	0.973	100	0.215
3.092-3.455	0.24	36	0.215	746	0.216	785	0.965	0.974	99.6178	0.23
3.455-3.984	0.266	53	0.199	640	0.204	704	0.963	0.977	98.4375	0.223
3.984-4.866	0.193	25	0.154	581	0.156	608	0.97	0.985	99.6711	0.19
4.866-6.826	0.187	34	0.191	440	0.191	476	0.98	0.982	99.5798	0.233
6.826-38.308	0.227	11	0.232	287	0.232	303	0.984	0.961	98.3498	0.283

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 10.1509 Å / Origin y: 6.5202 Å / Origin z: 0.7216 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0356 Å²	-0.009 Å²	0.0049 Å²	-	0.0194 Å²	-0.0136 Å²	-	-	0.1095 Å²
L	3.92 °²	-0.1783 °²	0.7556 °²	-	3.4312 °²	0.6885 °²	-	-	3.9468 °²
S	-0.0381 Å °	-0.1599 Å °	0.1277 Å °	0.1435 Å °	-0.0639 Å °	0.1813 Å °	0.1006 Å °	-0.2452 Å °	0.102 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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