PDB-8ccb: The Fk1 domain of FKBP51 in complex with 2-(3-((1R)-1-(((2S)-1-(2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ccb

タイトル

The Fk1 domain of FKBP51 in complex with 2-(3-((1R)-1-(((2S)-1-(2-(5-chlorothiophen-2-yl)-2-cyclohexylacetyl)piperidine-2-carbonyl)oxy)-3-(3,4-dimethoxyphenyl)propyl)phenoxy)acetic acid

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP51 / SAFit / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

response to alcohol / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / ESR-mediated signaling / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Meyners, C. / Knaup, F.H. / Walz, C.M. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structure-Based Discovery of a New Selectivity-Enabling Motif for the FK506-Binding Protein 51.
著者: Knaup, F.H. / Meyners, C. / Sugiarto, W.O. / Wedel, S. / Springer, M. / Walz, C. / Geiger, T.M. / Schmidt, M. / Sisignano, M. / Hausch, F.

履歴

登録	2023年1月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_starting_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ccb.cif.gz	141.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ccb.ent.gz	84.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ccb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ccb_validation.pdf.gz	815.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ccb_full_validation.pdf.gz	817.7 KB	表示
XML形式データ	8ccb_validation.xml.gz	9.2 KB	表示
CIF形式データ	8ccb_validation.cif.gz	12.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/8ccb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/8ccb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ccaC 8cccC 8ccdC 8cceC 8ccfC 8ccgC 8cchC 4tw7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

14.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.328, 54.115, 57.158
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 1 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-U83 / 2-[3-[(1~{R})-1-[(2~{S})-1-[(2~{S})-2-(5-chloranylthiophen-2-yl)-2-cyclohexyl-ethanoyl]piperidin-2-yl]carbonyloxy-3-(3,4-dimethoxyphenyl)propyl]phenoxy]ethanoic acid 分子量: 698.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₇H₄₄ClNO₈S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 16% PEG3350, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M ammonium acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→39.3 Å / Num. obs: 17720 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.053 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 15.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9-39.3	5.2	0.031	150	0.999	0.019	0.037
1.7-1.73	6.5	0.567	934	0.884	0.358	0.673

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4TW7

4tw7

解像度: 1.7→30.993 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 5.197 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.104 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2358	791	4.476 %
R_work	0.2092	16880	-
all	0.21	-	-
obs	-	17671	99.617 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.522 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.426 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	4.35 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.924 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→30.993 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	925	0	48	129	1102

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	997
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.016	912
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.781	1.708	1355
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.053	1.653	2100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.351	5	127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.774	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.347	10	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.501	10	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.688	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1137
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	206
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	169
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	843
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	508
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	536
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.339	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.111	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.119	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.556	1.336	514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.557	1.337	513
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.562	2.395	639
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.56	2.393	640
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.595	1.353	483
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.594	1.353	484
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.589	2.45	716
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.588	2.448	717
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.57	15.455	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.504	14.193	1095

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.7-1.744	0.314	56	0.276	1217	0.278	1275	0.919	0.934	99.8431	0.264
1.744-1.792	0.201	49	0.251	1207	0.249	1260	0.958	0.95	99.6825	0.236
1.792-1.843	0.205	53	0.237	1151	0.235	1208	0.972	0.957	99.6689	0.219
1.843-1.9	0.297	44	0.222	1141	0.225	1185	0.94	0.968	100	0.208
1.9-1.962	0.227	53	0.219	1089	0.219	1145	0.973	0.971	99.738	0.205
1.962-2.031	0.259	51	0.217	1077	0.219	1129	0.954	0.972	99.9114	0.201
2.031-2.107	0.251	51	0.202	1016	0.204	1068	0.959	0.977	99.9064	0.188
2.107-2.193	0.214	49	0.187	992	0.189	1044	0.977	0.977	99.7126	0.176
2.193-2.289	0.222	49	0.204	951	0.205	1004	0.958	0.973	99.6016	0.191
2.289-2.401	0.257	50	0.203	909	0.205	961	0.955	0.974	99.7919	0.19
2.401-2.53	0.245	43	0.194	864	0.196	908	0.956	0.976	99.8899	0.186
2.53-2.682	0.259	28	0.194	825	0.196	855	0.951	0.976	99.7661	0.188
2.682-2.866	0.264	39	0.219	786	0.221	828	0.96	0.97	99.6377	0.218
2.866-3.093	0.401	16	0.206	749	0.21	768	0.889	0.971	99.6094	0.209
3.093-3.385	0.259	22	0.213	684	0.215	718	0.927	0.97	98.3287	0.222
3.385-3.779	0.225	45	0.223	596	0.223	646	0.971	0.972	99.226	0.242
3.779-4.352	0.197	57	0.185	516	0.186	577	0.976	0.979	99.3068	0.213
4.352-5.305	0.155	11	0.165	487	0.165	500	0.986	0.984	99.6	0.197
5.305-7.394	0.3	19	0.25	377	0.252	404	0.964	0.965	98.0198	0.283
7.394-30.993	0.263	6	0.245	246	0.246	253	0.98	0.95	99.6047	0.281

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 11.7319 Å / Origin y: 7.1068 Å / Origin z: 0.1575 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1498 Å²	0.0078 Å²	0.0141 Å²	-	0.0101 Å²	-0.0007 Å²	-	-	0.11 Å²
L	3.185 °²	-0.1069 °²	0.1884 °²	-	2.8275 °²	-0.0528 °²	-	-	2.9458 °²
S	0.03 Å °	-0.1034 Å °	0.023 Å °	0.0913 Å °	-0.0851 Å °	0.1199 Å °	0.0773 Å °	-0.0893 Å °	0.0551 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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