PDB-8cc3: Vibrio cholerae GbpA (LPMO domain)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cc3

タイトル

Vibrio cholerae GbpA (LPMO domain)

要素

GlcNAc-binding protein A

キーワード

CELL ADHESION (細胞接着) / Adhesin / LPMO / redox enzyme / colonization factor

機能・相同性

機能・相同性情報

chitin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.128 Å

データ登録者

Montserrat-Canals, M. / Sorensen, H.V. / Cordara, G. / Krengel, U.

資金援助

ノルウェー, 2件

引用

ジャーナル: Acs Omega / 年: 2023
タイトル: Perdeuterated GbpA Enables Neutron Scattering Experiments of a Lytic Polysaccharide Monooxygenase.
著者: Sorensen, H.V. / Montserrat-Canals, M. / Loose, J.S.M. / Fisher, S.Z. / Moulin, M. / Blakeley, M.P. / Cordara, G. / Bjerregaard-Andersen, K. / Krengel, U.

履歴

登録	2023年1月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cc3.cif.gz	237.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cc3.ent.gz	144.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cc3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/8cc3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/8cc3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cc5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GlcNAc-binding protein A

B: GlcNAc-binding protein A

ヘテロ分子

40.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GlcNAc-binding protein A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
20.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: GlcNAc-binding protein A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.911, 89.103, 47.135
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-305- ZN

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	GlcNAc-binding protein A 分子量: 19820.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌) 遺伝子: gbpA, VCA0811 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A6XA54

-
非ポリマー , 5種, 264分子

#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Zinc Acetate 0.1 M Sodium Cacodylate pH 6.5 18% w/v PEG 8K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97626 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.128→47.14 Å / Num. obs: 221328 / % possible obs: 98.74 % / 冗長度: 2.2 % / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 6.13
反射シェル	解像度: 1.13→1.17 Å / Num. unique obs: 11391 / CC_1/2: 0.219

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.128→47.135 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / WR_factor R_free: 0.206 / WR_factor R_work: 0.176 / SU B: 1.332 / SU ML: 0.028 / Average fsc free: 0 / Average fsc work: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.041 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2007	5893	5.017 %
R_work	0.1735	111562	-
all	0.175	-	-
obs	-	117455	98.558 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.934 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.256 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.578 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.834 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.128→47.135 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2798	0	18	252	3068

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	3386
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3005
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.504	1.651	4674
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.508	1.575	6963
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.69	5	447
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.286	5	17
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.27	10	500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.038	10	170
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	474
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	4264
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	816
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	679
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.213	0.2	2814
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	1544
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	1613
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	206
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.086	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.432	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.242	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.296	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.052	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.075	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.105	1.164	1703
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.07	1.162	1700
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.471	2.091	2177
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.471	2.093	2178
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.277	1.305	1683
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.276	1.305	1684
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.69	2.326	2497
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.689	2.326	2498
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.37	14.373	3836
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.267	13.821	3790
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.639	3	6391

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.128-1.157	0.283	414	0.279	7638	0.279	8738	92.1492	0.254
1.157-1.189	0.288	407	0.253	7893	0.255	8495	97.7045	0.224
1.189-1.224	0.262	380	0.239	7697	0.24	8243	97.9862	0.211
1.224-1.261	0.255	420	0.222	7448	0.224	8025	98.0436	0.194
1.261-1.303	0.249	409	0.208	7297	0.21	7808	98.6936	0.18
1.303-1.348	0.212	385	0.188	7092	0.189	7565	98.8367	0.161
1.348-1.399	0.218	362	0.184	6824	0.185	7273	98.8038	0.158
1.399-1.456	0.2	381	0.164	6578	0.166	7017	99.1734	0.144
1.456-1.521	0.204	352	0.16	6363	0.162	6747	99.5257	0.141
1.521-1.595	0.175	311	0.16	6110	0.161	6456	99.4579	0.145
1.595-1.681	0.193	313	0.154	5822	0.156	6158	99.6265	0.144
1.681-1.783	0.199	278	0.152	5521	0.154	5817	99.6906	0.147
1.783-1.906	0.192	267	0.156	5207	0.158	5498	99.5635	0.158
1.906-2.058	0.184	236	0.155	4888	0.156	5134	99.8052	0.163
2.058-2.254	0.171	220	0.152	4499	0.153	4720	99.9788	0.169
2.254-2.52	0.183	214	0.164	4089	0.165	4303	100	0.191
2.52-2.908	0.216	187	0.175	3610	0.177	3818	99.45	0.207
2.908-3.558	0.179	158	0.166	3113	0.167	3271	100	0.201
3.558-5.018	0.156	132	0.144	2436	0.145	2571	99.8833	0.185
5.018-47.135	0.244	67	0.211	1437	0.213	1516	99.2084	0.27

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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