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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cc3 | |||||||||
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タイトル | Vibrio cholerae GbpA (LPMO domain) | |||||||||
![]() | GlcNAc-binding protein A | |||||||||
![]() | CELL ADHESION / Adhesin / LPMO / redox enzyme / colonization factor | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Montserrat-Canals, M. / Sorensen, H.V. / Cordara, G. / Krengel, U. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Perdeuterated GbpA Enables Neutron Scattering Experiments of a Lytic Polysaccharide Monooxygenase. 著者: Sorensen, H.V. / Montserrat-Canals, M. / Loose, J.S.M. / Fisher, S.Z. / Moulin, M. / Blakeley, M.P. / Cordara, G. / Bjerregaard-Andersen, K. / Krengel, U. #1: ![]() タイトル: Human 2'-Deoxynucleoside 5'-Phosphate N -Hydrolase 1: Mechanism of 2'-Deoxyuridine 5'-Monophosphate Hydrolysis. 著者: Devi, S. / Carberry, A.E. / Zickuhr, G.M. / Dickson, A.L. / Harrison, D.J. / da Silva, R.G. #2: ![]() タイトル: Perdeuterated GbpA Enables Neutron Scattering Experiments of a Lytic Polysaccharide Monooxygenase. 著者: Sorensen, H.V. / Montserrat-Canals, M. / Loose, J.S.M. / Fisher, S.Z. / Moulin, M. / Blakeley, M.P. / Cordara, G. / Bjerregaard-Andersen, K. / Krengel, U. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 237.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 144.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8cc5C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 19820.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: gbpA, VCA0811 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 264分子 ![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ZN / #5: 化合物 | ChemComp-NA / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.01 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Zinc Acetate 0.1 M Sodium Cacodylate pH 6.5 18% w/v PEG 8K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97626 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.128→47.14 Å / Num. obs: 221328 / % possible obs: 98.74 % / 冗長度: 2.2 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 6.13 |
反射 シェル | 解像度: 1.13→1.17 Å / Num. unique obs: 11391 / CC1/2: 0.219 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.934 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.128→47.135 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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