PDB-8cav: Discovery of the lanthipeptide Curvocidin and structural insights...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cav

タイトル

Discovery of the lanthipeptide Curvocidin and structural insights into its trifunctional synthetase CuvL

要素

CuvA
Serine/threonine protein kinase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / lanthipeptide

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide modification / carbohydrate metabolic process / protein phosphorylation / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermomonospora curvata (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.87 Å

データ登録者

Sigurdsson, A. / Martins, B.M. / Duettmann, S.A. / Jasyk, M. / Dimos-Roehl, B. / Schoepf, F. / Gemannter, M. / Knittel, C.H. / Schnegotyzki, R. / Schmid, B. ...

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: Discovery of the Lanthipeptide Curvocidin and Structural Insights into its Trifunctional Synthetase CuvL.
著者: Sigurdsson, A. / Martins, B.M. / Duttmann, S.A. / Jasyk, M. / Dimos-Rohl, B. / Schopf, F. / Gemander, M. / Knittel, C.H. / Schnegotzki, R. / Schmid, B. / Kosol, S. / Pommerening, L. / ...

履歴

登録	2023年1月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cav.cif.gz	944.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cav.ent.gz	798.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cav.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8cav_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cav_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8cav_validation.xml.gz	63.7 KB	表示
CIF形式データ	8cav_validation.cif.gz	85 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/8cav ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/8cav	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8carC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#74 - 2006年2月
α-アミラーゼ (alpha-Amylase)
類似性 (1)
#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine/threonine protein kinase

B: Serine/threonine protein kinase

D: CuvA

G: CuvA

ヘテロ分子

198 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.370, 116.130, 97.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.25, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABDG

#1: タンパク質	Serine/threonine protein kinase 分子量: 92965.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermomonospora curvata (バクテリア) 遺伝子: Tcur_0376 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1A2F7
#2: タンパク質	CuvA 分子量: 5485.151 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermomonospora curvata (バクテリア) 遺伝子: Tcur_0378 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1A2F9

-
非ポリマー , 4種, 24分子

#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: elongated paralelipiped
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5 詳細: 0.1 M CAPS pH 10.5, 40% MPD (condition E5 from JCSG screen, Molecular Dimensions, UK)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.87→49.33 Å / Num. obs: 40774 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.88 % / CC_1/2: 0.983 / R_merge(I) obs: 0.2 / R_rim(I) all: 0.286 / Net I/av σ(I): 6.15 / Net I/σ(I): 6.15
反射シェル	解像度: 2.87→3.04 Å / R_merge(I) obs: 0.148 / Mean I/σ(I) obs: 0.92 / Num. unique obs: 6499 / CC_1/2: 0.436 / R_rim(I) all: 0.166

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
autoXDS	V1.0	データ収集
PHENIX	1.17.1	位相決定
PHENIX	1.17.1	精密化
Coot	0.9.6	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.87→46.76 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.53 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2934	2037	5 %
R_work	0.2371	-	-
obs	0.2399	40742	98.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.87→46.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13122	0	96	16	13234

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.872
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.097	4949
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	2046
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	2481

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.87-2.93	0.3935	131	0.3639	2487	X-RAY DIFFRACTION	96
2.93-3.01	0.3536	136	0.3412	2578	X-RAY DIFFRACTION	99
3.01-3.09	0.3816	135	0.3171	2572	X-RAY DIFFRACTION	98
3.09-3.18	0.3107	136	0.3059	2577	X-RAY DIFFRACTION	99
3.18-3.28	0.3348	136	0.2891	2591	X-RAY DIFFRACTION	99
3.28-3.4	0.3181	137	0.2711	2594	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4-3.53	0.3303	137	0.2567	2600	X-RAY DIFFRACTION	99
3.53-3.69	0.299	132	0.2475	2510	X-RAY DIFFRACTION	96
3.69-3.89	0.2817	137	0.2326	2606	X-RAY DIFFRACTION	99
3.89-4.13	0.2958	136	0.2193	2585	X-RAY DIFFRACTION	99
4.13-4.45	0.256	138	0.1992	2627	X-RAY DIFFRACTION	99
4.45-4.9	0.2753	136	0.1916	2587	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9-5.61	0.2475	135	0.2241	2550	X-RAY DIFFRACTION	97
5.61-7.06	0.3134	138	0.2466	2632	X-RAY DIFFRACTION	99
7.06-46.76	0.2598	137	0.1922	2609	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9181	-0.2465	0.8051	0.2273	-0.2116	0.6196	-0.1064	-0.7273	-0.2896	-0.2358	0.1635	-0.0135	0.0867	-0.1002	0.015	0.3606	-0.0084	0.0193	0.494	0.1019	0.3827	-30.1931	0.4541	29.8687
2	0.0527	0.7098	0.1243	0.9218	0.475	0.5591	-0.1506	-0.0899	0.2085	-0.1519	0.0702	0.0044	0.238	0.0047	-0.0005	0.3412	0.0201	0.0086	0.3616	0.0352	0.4968	-41.3567	14.4887	-0.2059
3	0.5169	0.0272	0.1859	0.3759	-0.2432	0.5769	-0.0337	-0.0956	0.0637	0.1085	-0.0222	0.0579	0.0122	0.0856	0.0001	0.294	0.0204	0.0358	0.2264	0.0173	0.3033	-14.5768	26.489	12.5668
4	0.8761	-0.3351	0.3588	1.2578	-0.1429	0.3633	-0.0582	0.1594	-0.0708	-0.0494	-0.088	0.1276	-0.0302	0.0532	-0.0007	0.2482	-0.0224	-0.0034	0.3209	0.0689	0.2772	-3.2118	24.172	-0.581
5	0.401	-0.8164	-0.306	1.2924	-0.5164	0.7731	0.233	0.0298	0.1261	-0.0051	-0.0888	-0.0904	0.1444	-0.0136	0.0017	0.4137	0.0829	-0.0441	0.4097	-0.0485	0.3867	8.1401	-13.7404	27.3164
6	0.0948	0.0158	0.037	1.3907	0.103	0.6856	-0.0437	0.1064	-0.204	0.2816	0.0297	0.1549	0.2648	0.0789	-0.0015	0.4651	0.1555	0.0308	0.5551	0.0452	0.4823	22.2612	-17.8985	59.4123
7	0.7217	-0.2003	-0.1821	0.551	0.2662	-0.0276	0.1143	0.2949	0.031	-0.2191	0.0888	-0.523	-0.3366	0.0931	0.0002	0.4096	0.0727	-0.0125	0.6226	-0.0347	0.5215	32.2313	1.3073	60.14
8	0.7007	-0.4319	0.0198	0.2437	0.3234	1.2565	-0.2192	-0.1302	-0.0534	0.047	0.1189	0.0355	-0.0251	0.0059	-0.0089	0.3187	0.0692	-0.0093	0.2852	0.0299	0.2337	-1.2205	16.4511	56.4306
9	0.1191	-0.0831	-0.036	0.0643	0.0274	0.0113	0.1876	-0.0246	0.0642	0.0644	-0.0038	0.2419	-0.0073	-0.1596	0	0.4374	-0.0611	0.147	0.3746	0.1574	0.5287	-57.2892	8.4473	9.5959
10	0.0708	-0.071	-0.0189	0.0684	0.0129	0.0006	0.0495	0.0196	-0.0031	0.0552	-0.024	0.008	0.1349	-0.0919	0.0111	0.6889	-0.5909	-0.1375	0.6267	0.2214	0.2099	-50.8554	-3.4312	7.8862
11	0.8839	-0.4	0.1878	1.119	-0.3878	0.1375	0.0963	-0.0025	-0.1128	-0.1184	0.079	0.2207	0.0029	0.0469	0.1425	1.223	0.1972	-0.2492	-0.044	0.0291	0.1805	-37.1561	-4.9491	7.3417
12	0.1414	-0.1836	-0.0284	0.4749	-0.0229	0.0199	0.0384	-0.0441	-0.1211	0.1498	0.0511	-0.0271	0.1476	0.0576	-0.0645	0.8654	0.3236	-0.237	0.4596	-0.156	0.4859	-28.8114	4.5714	1.4683
13	0.7547	0.1226	-0.6851	0.1909	-0.4256	1.1318	-0.5628	0.1809	-0.4001	0.326	-0.6439	0.3271	-0.0517	0.0259	-0.0824	0.5934	-0.009	-0.0567	0.5986	-0.0966	1.4301	19.8183	-32.2653	46.774

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 200 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 201 through 363 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 364 through 645 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 646 through 865 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 6 through 200 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 201 through 363 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 364 through 482 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 483 through 863 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 1 through 5 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 6 through 10 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 11 through 15 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 16 through 20 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'G' and (resid 113 through 123 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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