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- PDB-8car: Discovery of the lanthipeptide Curvocidin and structural insights... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8car
タイトルDiscovery of the lanthipeptide Curvocidin and structural insights into its trifunctional synthetase CuvL
要素Serine/threonine protein kinase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / lanthipeptide
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide modification / carbohydrate metabolic process / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lanthionine synthetase C-like protein / Lanthionine synthetase C-like protein / Lanthionine synthetase C-like / Glycosyltransferase - #10 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. ...Lanthionine synthetase C-like protein / Lanthionine synthetase C-like protein / Lanthionine synthetase C-like / Glycosyltransferase - #10 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / PHOSPHATE ION / Serine/threonine protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermomonospora curvata (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Martins, B.M. / Sigurdsson, A. / Duettmann, A.A. / Jasyk, M. / Dimos-Roehl, B. / Schoepf, F. / Gemander, M. / Knittel, C.H. / Schegotzki, R. / Schmid, B. ...Martins, B.M. / Sigurdsson, A. / Duettmann, A.A. / Jasyk, M. / Dimos-Roehl, B. / Schoepf, F. / Gemander, M. / Knittel, C.H. / Schegotzki, R. / Schmid, B. / Kosol, S. / Pommerening, L. / Gonzalez-Viegas, M. / Seidel, M. / Huegelland, M. / Leimkuehler, S. / Dobbek, H. / Mainz, A. / Suessmuth, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)EXC 2008 390540038 ドイツ
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: Discovery of the Lanthipeptide Curvocidin and Structural Insights into its Trifunctional Synthetase CuvL.
著者: Sigurdsson, A. / Martins, B.M. / Duttmann, S.A. / Jasyk, M. / Dimos-Rohl, B. / Schopf, F. / Gemander, M. / Knittel, C.H. / Schnegotzki, R. / Schmid, B. / Kosol, S. / Pommerening, L. / ...著者: Sigurdsson, A. / Martins, B.M. / Duttmann, S.A. / Jasyk, M. / Dimos-Rohl, B. / Schopf, F. / Gemander, M. / Knittel, C.H. / Schnegotzki, R. / Schmid, B. / Kosol, S. / Pommerening, L. / Gonzales-Viegaz, M. / Seidel, M. / Hugelland, M. / Leimkuhler, S. / Dobbek, H. / Mainz, A. / Sussmuth, R.D.
履歴
登録2023年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id
改定 2.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,5913
ポリマ－93,4341
非ポリマー1572
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area440 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area36830 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)135.651, 135.651, 335.436
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine protein kinase


分子量: 93433.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: PO4 and NO3 are ligands from crystallization buffer. PDB must have only one chain for the PDB extract server. Therefore, per default, PO4 and NO3 are labeled chain A but with higher residue number.
由来: (組換発現) Thermomonospora curvata (バクテリア)
遺伝子: Tcur_0376 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1A2F7
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 74 % / 解説: hexagonal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M NPS, 0.1 M buffer system 3 pH 8.5, 30% precipitant mixture 1 (condition C9 from Morpheus screen, Molecular Dimensions, UK)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.979568 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月20日
放射モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979568 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→117.433 Å / Num. obs: 96250 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 80 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 0.1407 / Rrim(I) all: 0.227 / Net I/av σ(I): 13.68 / Net I/σ(I): 13.68
反射 シェル解像度: 2.68→2.85 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.48 / Num. unique obs: 15322 / CC1/2: 0.201 / Rrim(I) all: 0.672 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.20.1_4487精密化
autoXDSv2.0data processing
SHELXv2019位相決定
Cootv0.96モデル構築
XDSv2.0データ削減
XSCALEv2.0データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.68→48.11 Å / SU ML: 0.4547 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.656
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3366 1130 2.18 %
Rwork0.2968 50618 -
obs0.2977 51748 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 122.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→48.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6293 0 9 1 6303
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00446472
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72628829
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0385971
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00721185
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.25142375
LS精密化 シェル解像度: 2.68→2.81 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3835 136 -
Rwork0.3674 6098 -
obs--98.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8675735379981.288818001340.1152758738086.766837071493.725752901813.410266660120.200499494355-0.3109075310190.2939198225590.411712008993-0.3734679721550.576421546756-0.130516538367-0.3239294416930.1668387955240.7240863675140.05602200943520.02806496910870.727123178293-0.1889982116390.79279997028813.056159831691.759637585839.0402230301
23.16204756586-1.38914341333-1.031480126942.103692519310.5110803459792.174327262310.5717595548570.06562773905530.639063763062-1.34021989144-0.112975336591-0.194338529748-1.231350865330.0365969586631-0.2126987851371.95757987988-0.2394593146350.4127690282520.802062714724-0.1915465048681.090121699435.209505159112.70709674621.6488301102
31.964038481940.540508219459-0.4329545130153.379331716920.4508518696061.576411798260.295492805683-0.1135328487940.0918943069091-0.4517275499210.143144452711-0.730867846588-0.4328480773420.477702388026-0.1517387700170.84195206563-0.151902049250.3124756158670.760347163234-0.147187608480.75864812698243.038184896381.580318025119.4048323552
43.412948042721.54472847477-0.4559823805051.684036192920.224585638783.496118714570.1813133892320.6175098436910.236889169486-0.6808551034110.0704275052888-0.0753800125638-0.419420918956-0.239894597546-0.08184235502450.8102845201930.1226245732740.2071294966190.685625078765-0.02827080676680.6351223328534.597798957275.60724654431.16763067598
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 201 )1 - 2011 - 201
22chain 'A' and (resid 202 through 400 )202 - 400202 - 369
33chain 'A' and (resid 401 through 594 )401 - 594370 - 563
44chain 'A' and (resid 595 through 861 )595 - 861564 - 830

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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