PDB-8c9j: Crystal structure of human NQO1 by serial femtosecond crystallography

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8c9j

タイトル

Crystal structure of human NQO1 by serial femtosecond crystallography

要素

NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NQO1 / flavoprotein / cancer / serial femtosecond crystallography / microcrystals / XFEL / Droplet injection

機能・相同性

機能・相同性情報

ubiquinone metabolic process / vitamin E metabolic process / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / NADPH dehydrogenase (quinone) activity / cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H / vitamin K metabolic process / NADH dehydrogenase (quinone) (non-electrogenic) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / synaptic transmission, cholinergic / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Martin-Garcia, J.M. / Grieco, A. / Ruiz-Fresneda, M.A. / Pacheco-Garcia, J.L. / Pey, A. / Botha, S. / Ros, A.

資金援助

スペイン, 2件

引用

ジャーナル: Lab Chip / 年: 2023
タイトル: Modular droplet injector for sample conservation providing new structural insight for the conformational heterogeneity in the disease-associated NQO1 enzyme.
著者: Doppler, D. / Sonker, M. / Egatz-Gomez, A. / Grieco, A. / Zaare, S. / Jernigan, R. / Meza-Aguilar, J.D. / Rabbani, M.T. / Manna, A. / Alvarez, R.C. / Karpos, K. / Cruz Villarreal, J. / ...

履歴

登録	2023年1月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8c9j.cif.gz	242 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8c9j.ent.gz	189 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8c9j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/8c9j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/8c9j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8fwaC 1dxqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

B: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

C: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

D: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

ヘテロ分子

127 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

B: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
63.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

D: NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.400, 107.600, 198.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	3 - 272
2	1	1	1	A	3 - 272
3	2	2	1	A	3 - 272
4	2	2	1	A	3 - 272
5	3	3	1	A	3 - 273
6	3	3	1	A	3 - 273
7	4	4	1	A	2 - 273
8	4	4	1	A	2 - 273
9	5	5	1	A	3 - 272
10	5	5	1	A	3 - 272
11	6	6	1	A	3 - 272
12	6	6	1	A	3 - 272

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Global NCS restraints between domains: 1 2
2	Global NCS restraints between domains: 3 4
3	Global NCS restraints between domains: 5 6
4	Global NCS restraints between domains: 7 8
5	Global NCS restraints between domains: 9 10
6	Global NCS restraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1 / Azoreductase / DT-diaphorase / DTD / Menadione reductase / NAD(P)H:quinone oxidoreductase 1 / ...Azoreductase / DT-diaphorase / DTD / Menadione reductase / NAD(P)H:quinone oxidoreductase 1 / Phylloquinone reductase / Quinone reductase 1 / QR1 分子量: 30907.611 Da / 分子数: 4 / 変異: None / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NQO1, DIA4, NMOR1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P15559, NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.52 % / 解説: Needles
結晶化	温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M sodium acetate, 20% polyethylene glycol (PEG) 3350, 20 um FAD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: MFX / 波長: 1.2848 Å
検出器	タイプ: SLAC ePix10k / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2848 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→24 Å / Num. obs: 36928 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 46 % / CC_1/2: 0.9668 / CC star: 0.9234 / Net I/σ(I): 1.9
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / Num. unique obs: 3619 / CC_1/2: 0.458 / CC star: 0.5202 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery	解説: Modular Droplet Injector / 手法: injection
Serial crystallography sample delivery injection	Carrier solvent: Crystals in mother liquor encapsulated into oil droplets Crystal conc.: 1000 / 解説: Modular Droplet Injector / Flow rate: 5 µL/min / Injector temperature: 298 K
Serial crystallography data reduction	XFEL pulse events: 40

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
CrystFEL		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DXQ

1dxq

解像度: 2.7→23.922 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.918 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.878 / SU B: 28.385 / SU ML: 0.508 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.377 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2687	1822	4.946 %	0.1
R_work	0.225	35013	-	-
all	0.227	-	-	-
obs	-	36835	99.724 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.992 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.363 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.054 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.417 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→23.922 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8646	0	228	163	9037

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	9213
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	8643
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.162	1.643	12500
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.381	1.573	19944
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.698	5	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.131	5	37
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.324	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.632	10	1548
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.859	10	403
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.05	0.2	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	10489
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2143
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	1547
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	7489
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	4418
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	4581
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	152
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.279	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.274	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.242	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.491	4.511	4379
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.49	4.509	4377
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.172	8.101	5474
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.172	8.102	5475
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.714	4.862	4834
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.714	4.863	4835
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.699	8.765	7026
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.699	8.765	7027
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.232	44.921	10345
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.232	44.924	10346

Refine LS restraints NCS

Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight positional; tight thermal / Weight B_iso : 0.866 / Weight position: 0.0866

Ens-ID	Dom-ID	Rms dev B_iso (Å²)	Rms dev position (Å)
1	1	3.83354	0.19954
1	2	3.83354	0.19954
2	3	6.8101	0.18503
2	4	6.8101	0.18503
3	5	8.22575	0.20487
3	6	8.22575	0.20487
4	7	6.76887	0.26021
4	8	6.76887	0.26021
5	9	7.81776	0.19006
5	10	7.81776	0.19006
6	11	6.43691	0.19857
6	12	6.43691	0.19857

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.7-2.769	0.396	129	0.384	2528	0.385	2659	0.66	0.683	99.9248	0.393
2.769-2.844	0.359	123	0.361	2454	0.361	2579	0.882	0.885	99.9224	0.369
2.844-2.925	0.366	120	0.356	2408	0.356	2532	0.886	0.891	99.842	0.364
2.925-3.014	0.353	141	0.35	2288	0.35	2430	0.88	0.902	99.9588	0.357
3.014-3.111	0.304	122	0.325	2255	0.324	2380	0.926	0.909	99.8739	0.335
3.111-3.218	0.304	109	0.281	2193	0.282	2303	0.935	0.939	99.9566	0.288
3.218-3.338	0.282	128	0.259	2105	0.261	2233	0.94	0.949	100	0.266
3.338-3.471	0.314	111	0.252	2051	0.255	2163	0.927	0.952	99.9538	0.259
3.471-3.622	0.265	108	0.213	1966	0.216	2075	0.948	0.968	99.9518	0.22
3.622-3.794	0.234	103	0.195	1862	0.197	1965	0.963	0.973	100	0.201
3.794-3.994	0.277	100	0.191	1802	0.196	1903	0.95	0.973	99.9474	0.199
3.994-4.229	0.263	86	0.179	1705	0.183	1791	0.952	0.977	100	0.189
4.229-4.511	0.189	90	0.15	1624	0.152	1714	0.974	0.984	100	0.156
4.511-4.858	0.195	73	0.156	1509	0.158	1582	0.976	0.983	100	0.162
4.858-5.3	0.192	57	0.146	1421	0.148	1478	0.974	0.985	100	0.155
5.3-5.889	0.248	48	0.168	1303	0.17	1351	0.957	0.981	100	0.175
5.889-6.733	0.256	59	0.171	1162	0.174	1221	0.96	0.979	100	0.178
6.733-8.087	0.218	44	0.175	1006	0.177	1050	0.975	0.978	100	0.186
8.087-10.835	0.215	45	0.149	820	0.153	865	0.969	0.984	100	0.164
10.835-23.922	0.305	26	0.321	551	0.321	588	0.951	0.94	98.1293	0.46

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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