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- PDB-8c9f: Priestia megaterium inactive HIGH motif mutant of type1 isoleucyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c9f
タイトルPriestia megaterium inactive HIGH motif mutant of type1 isoleucyl-tRNA synthetase complexed with an isoleucyl-adenylate analogue.
要素Isoleucine--tRNA ligase
キーワードRNA BINDING PROTEIN / antibiotic / mupirocin-sensitive / IleRS1
機能・相同性
機能・相同性情報


isoleucine-tRNA ligase / isoleucine-tRNA ligase activity / isoleucyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA editing activity / tRNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isoleucine-tRNA ligase, type 1 / Isoleucyl tRNA synthetase type 1, anticodon-binding domain / Isoleucine-tRNA ligase / Zinc finger, FPG/IleRS-type / Zinc finger found in FPG and IleRS / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia / tRNA synthetases class I (I, L, M and V) / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain / Methionyl/Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, anticodon-binding / Anticodon-binding domain of tRNA ligase ...Isoleucine-tRNA ligase, type 1 / Isoleucyl tRNA synthetase type 1, anticodon-binding domain / Isoleucine-tRNA ligase / Zinc finger, FPG/IleRS-type / Zinc finger found in FPG and IleRS / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia / tRNA synthetases class I (I, L, M and V) / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain / Methionyl/Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, anticodon-binding / Anticodon-binding domain of tRNA ligase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
N-[ISOLEUCINYL]-N'-[ADENOSYL]-DIAMINOSUFONE / : / Isoleucine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Priestia megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Brkic, A. / Leibundgut, M. / Jablonska, J. / Zanki, V. / Car, Z. / Petrovic Perokovic, V. / Ban, N. / Gruic-Sovulj, I.
資金援助 クロアチア, スイス, European Union, 3件
組織認可番号国
Croatian Science Foundation180567 クロアチア
Swiss National Science Foundation180567 スイス
European Regional Development FundKK.01.1.1.02.0016European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Antibiotic hyper-resistance in a class I aminoacyl-tRNA synthetase with altered active site signature motif.
著者: Brkic, A. / Leibundgut, M. / Jablonska, J. / Zanki, V. / Car, Z. / Petrovic Perokovic, V. / Marsavelski, A. / Ban, N. / Gruic-Sovulj, I.
履歴
登録2023年1月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoleucine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,99321
ポリマ－105,0911
非ポリマー1,90220
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, The nonhydrolyzable isoleucyl-adenylate analogue is known to bind close homologs of the studied enzymes.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3740 Å2
ΔGint-156 kcal/mol
Surface area40290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.040, 127.040, 163.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Isoleucine--tRNA ligase / Isoleucyl-tRNA synthetase / IleRS


分子量: 105090.719 Da / 分子数: 1 / 変異: H64G, G66H / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Gram-positive bacterium
由来: (組換発現) Priestia megaterium (バクテリア)
株: DSM-32 / Cell: bacterial / 遺伝子: ileS, BG04_1180 / Variant: de Bary 1884 / プラスミド: pET28b(+) / 詳細 (発現宿主): EMD Biosciences, Cat: 69865-3 / Cell (発現宿主): bacterial / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): B / Variant (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0B6A6A8, isoleucine-tRNA ligase

-
非ポリマー , 6種, 20分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ILA / N-[ISOLEUCINYL]-N'-[ADENOSYL]-DIAMINOSUFONE


分子量: 458.493 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H26N8O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン


分子量: 6.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#7: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.04 %
解説: Single tetragonal crystals. Susceptible to cracking upon temperature change.
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 5 mM Ile-AMS and 20 mg/ml mut-GMHH-PmIleRS1 were mixed in 1:1 ratio with the well solution containing: 300 mM lithium sulfate, 150 mM sodium sulfate, and 15 - 25 % PEG3350, 25 mM Hepes-KOH ...詳細: 5 mM Ile-AMS and 20 mg/ml mut-GMHH-PmIleRS1 were mixed in 1:1 ratio with the well solution containing: 300 mM lithium sulfate, 150 mM sodium sulfate, and 15 - 25 % PEG3350, 25 mM Hepes-KOH pH=7.5 at 20 oC, 50 mM NaCl. The drop volume of 2 microliters, was equilibrated towards 300 microliters of the well solution at 4 degrees.
PH範囲: 6.8-8.2
Temp details: Crystal suscteptible to breaking upon temperature change.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0000305674359 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0000305674359 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→48.81 Å / Num. obs: 28199 / % possible obs: 90.83 % / 冗長度: 20.7 % / Biso Wilson estimate: 110.31 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1224 / Rpim(I) all: 0.02748 / Rrim(I) all: 0.1255 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 3.1→3.211 Å / 冗長度: 21.8 % / Rmerge(I) obs: 3.731 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1927 / CC1/2: 0.586 / CC star: 0.859 / Rpim(I) all: 0.8137 / Rrim(I) all: 3.82 / % possible all: 90.83

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDS20190806データ削減
XSCALE20190806データスケーリング
PHASERCCP4Interface 7.0.077位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→48.81 Å / SU ML: 0.4745 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 33.0033
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2763 1830 7.14 %
Rwork0.2391 23800 -
obs0.2418 25630 90.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 153.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→48.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7401 0 108 0 7509
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00197680
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.429810431
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04031128
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00341335
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.90982819
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.180.43011150.38881363X-RAY DIFFRACTION68.84
3.18-3.280.41061090.36821484X-RAY DIFFRACTION74.72
3.28-3.380.44961240.35471596X-RAY DIFFRACTION81.25
3.38-3.50.36251320.31911703X-RAY DIFFRACTION85.47
3.5-3.640.32871420.29591797X-RAY DIFFRACTION90.02
3.64-3.810.32251430.26841869X-RAY DIFFRACTION93.71
3.81-4.010.29361450.26631890X-RAY DIFFRACTION94.56
4.01-4.260.24791420.24881934X-RAY DIFFRACTION96.51
4.26-4.590.23951540.21561965X-RAY DIFFRACTION97.47
4.59-5.050.28911530.22081994X-RAY DIFFRACTION98.89
5.05-5.780.24521590.24732017X-RAY DIFFRACTION99.41
5.78-7.280.32031590.26022032X-RAY DIFFRACTION99.46
7.28-48.810.22131530.18722156X-RAY DIFFRACTION99.53
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6098290775930.0962201489943-0.1286052697530.4382258235010.6520346305992.05469568082-0.262576599856-0.306031069835-0.1374165158650.791597529425-0.410531365863-0.9714815725480.319937859311-0.0829692863382-0.8225317565380.4527980397920.0112561518048-0.5944644522220.5166476562660.1512240681571.01356179373-46.4850151665-23.3132007737-8.86233066393
20.66886076077-0.0185802039301-0.4270156142320.8572953704070.07978654277590.2972833481010.09526175215060.557080046507-0.115861807883-0.758924552822-0.09011633532870.2255833560920.154100516352-0.0180149345255-1.6793594302E-51.024840603840.075636263972-0.1800776385981.26272225723-0.03763919278150.721245768606-83.6458262399-24.1827172347-39.9227183301
30.947380927719-0.111806071972-0.1131607380180.6563735384720.1326512319520.30227780502-0.021725815087-0.3350485894360.09600144239460.789456040329-0.0530106975664-0.0598830966425-0.0734826006-0.245808130946-1.82161721769E-50.892679945525-0.0519102646056-0.03722217688130.912016513574-0.046304402330.575496009821-69.6748311049-23.8559965506-6.97272043384
40.6060431524620.2384479479290.06265308874010.5122334399760.1741081327981.30231971165-0.0536974603879-0.4340784747230.1057547980260.581603739174-0.144141043386-1.43647458132-0.1088786180350.569925257872-0.9032459085470.708557793169-0.323641297068-1.079093229060.7684584098510.1445569552752.52919955914-25.10089431832.93801810546-8.79446261321
50.0055490658681-0.0340315800677-0.004718651541070.117815152422-0.06346237231720.03451412785550.2456190266220.6366195542560.1038900906640.0872534861030.201352734339-0.691037169003-0.5277172009730.7308012214450.000329631730291.31810673202-0.0897304568262-0.4048552017921.647811383380.2897192923472.41529562771-17.76491454423.7473736763-23.5667461742
60.006788463009610.0182167651139-0.00539599685990.0193732396058-0.006182202668390.006320936333690.0468232578455-0.07739039186560.5421015800410.373307307044-0.187725239985-0.4018236439240.02905194264540.0321147728295-8.29541027176E-51.52942655809-0.411576933006-0.5859102718731.522811858490.424999668462.778751345732.5537433163815.0672714821-10.2297230612
70.0346250852874-0.0250429415698-0.04317161065290.105925856385-0.07506733455340.1158021053120.2497475540410.342518610867-0.0317935357644-0.6960376899-0.30702749602-0.395352385222-0.302599637859-0.2944760194146.6286501191E-50.745050607884-0.00311978989848-0.07106848222540.7853003572470.07182452278211.19519471465-41.869215387-14.3398537422-25.3017163694
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 20 through 155)20 - 15520 - 155
22chain 'A' and (resid 181 through 409 )181 - 409181 - 409
33chain 'A' and ((resid 410 through 584 ) or (resid 156 through 180))156 - 584156 - 584
44chain 'A' and ((resid 633 through 791 ) or (resid 1 through 19))1 - 7911 - 791
55chain 'A' and (resid 792 through 881 )792 - 881792 - 881
66chain 'A' and (resid 882 through 921 )882 - 921882 - 921
77chain 'A' and (resid 585 through 632 )585 - 632585 - 632

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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