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- PDB-8c3m: Crystal structure of ferredoxin/flavodoxin NADP+ oxidoreductase 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c3m
タイトルCrystal structure of ferredoxin/flavodoxin NADP+ oxidoreductase 1 (FNR1) V329H mutant from Bacillus cereus
要素Ferredoxin--NADP reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / FERREDOXIN/FLAVODOXIN REDUCTASE / ELECTRON TRANSFER / FAD / FLAVOPROTEIN / MUTANT
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin-NADP+ reductase / ferredoxin-NADP+ reductase activity / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin--NADP reductase, type 2 / : / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / OXAMIC ACID / Ferredoxin--NADP reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Dahlen, S.A.B. / Hammerstad, M. / Hersleth, H.-P.
資金援助 ノルウェー, 2件
組織認可番号国
Research Council of Norway231669 ノルウェー
Research Council of Norway301584 ノルウェー
引用ジャーナル: Antioxidants / 年: 2023
タイトル: Functional Diversity of Homologous Oxidoreductases-Tuning of Substrate Specificity by a FAD-Stacking Residue for Iron Acquisition and Flavodoxin Reduction.
著者: Hammerstad, M. / Rugtveit, A.K. / Dahlen, S. / Andersen, H.K. / Hersleth, H.P.
履歴
登録2022年12月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月2日Group: Refinement description / カテゴリ: struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferredoxin--NADP reductase
B: Ferredoxin--NADP reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,3327
ポリマ－77,5242
非ポリマー1,8085
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8780 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area29960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.612, 56.935, 94.388
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-530-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 4 through 39 or resid 41...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 4 through 39 or resid 41...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11GLUGLUPROPROAA4 - 394 - 39
d_12LEULEUPROPROAA41 - 6141 - 61
d_13THRTHRILEILEAA63 - 9263 - 92
d_14ASNASNGLUGLUAA94 - 32594 - 325
d_15GLYGLYLYSLYSAA327 - 349327 - 349
d_16FADFADFADFADAC401
d_21GLUGLUPROPROBB4 - 394 - 39
d_22LEULEUPROPROBB41 - 6141 - 61
d_23THRTHRILEILEBB63 - 9263 - 92
d_24ASNASNGLUGLUBB94 - 32594 - 325
d_25GLYGLYLYSLYSBB327 - 349327 - 349
d_26FADFADFADFADBE401

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.996803490373, 0.0770279274114, -0.0212014145551), (0.0774139282122, -0.996835994484, 0.0180300809783), (-0.0197455133936, -0.0196137324352, -0.999612633074) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.996803490373, 0.0770279274114, -0.0212014145551), (0.0774139282122, -0.996835994484, 0.0180300809783), (-0.0197455133936, -0.0196137324352, -0.999612633074)
ベクター: -2.69248081016, 56.9910526665, -46.8187576612)

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要素

#1: タンパク質 Ferredoxin--NADP reductase / FNR / Fd-NADP(+) reductase


分子量: 38761.805 Da / 分子数: 2 / 変異: V329H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア)
遺伝子: BC_0385 / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q81IK1, ferredoxin-NADP+ reductase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-OXM / OXAMIC ACID / オキサミド酸


分子量: 89.050 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3NO3
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 42 mg/mL protein (1:1) 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M trisodium citrate, 0.02 M sodium potassium l-tartrate, 0. ...詳細: 42 mg/mL protein (1:1) 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M trisodium citrate, 0.02 M sodium potassium l-tartrate, 0.02 M sodium oxamate, 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976254 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976254 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→53.81 Å / Num. obs: 26835 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 55.76 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.1 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.498 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3269 / CC1/2: 0.848 / Rpim(I) all: 0.281 / Rrim(I) all: 0.575 / Χ2: 1.02 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
REFMAC5.8.0352精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GAR

6gar


解像度: 2.6→53.81 Å / SU ML: 0.3286 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.5434
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2381 1343 5.02 %
Rwork0.1878 25425 -
obs0.1903 26768 95.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 80.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→53.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5402 0 122 59 5583
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00845677
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98097690
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0598851
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065982
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.30912061
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.700431487902 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.690.32331280.29562527X-RAY DIFFRACTION96.86
2.69-2.80.31231480.26342541X-RAY DIFFRACTION98.07
2.8-2.930.28271350.2472547X-RAY DIFFRACTION97.56
2.93-3.080.29561450.24362558X-RAY DIFFRACTION96.95
3.08-3.280.28891300.23752541X-RAY DIFFRACTION96.18
3.28-3.530.27851320.19462537X-RAY DIFFRACTION95.22
3.53-3.880.20771280.16772559X-RAY DIFFRACTION96.24
3.88-4.450.22441260.15112541X-RAY DIFFRACTION94.41
4.45-5.60.19761490.1562491X-RAY DIFFRACTION92.89
5.6-53.810.20821220.17222583X-RAY DIFFRACTION89.75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.30456339983-1.040983084240.5991212738733.14307357489-0.2847516179652.87773943769-0.109397389596-0.344014003945-0.3743893667290.2437600878720.1763128085460.3786523332780.334189957254-0.320259410219-0.08242903736240.405881998367-0.04763074089330.0661774981610.4064500522910.03528299204090.503223949643-20.420148983815.9762696614-11.2048073177
24.44637819672-4.07769616281-1.142878097194.892245150761.695551709864.1890287415-0.457457476874-0.799496195477-0.07693499470541.222551938980.1591364461410.718786350527-0.278592075267-0.5977925276890.2089665686620.8681436877950.038631786090.2088653198860.877467094917-0.1203741411450.86697016151-33.66478673338.1884512997.35915143801
34.854812260490.3287597048571.810999238632.631787490080.4994460207793.76563345304-0.101960864308-0.0420539396126-0.139712788739-0.176772076476-0.026607949930.1189178866620.290197968303-0.124448706550.09506866033380.3756765844460.009135224019920.08037823032350.3313703482690.0471518924820.495035907557-14.752684584618.2433885562-19.7899848944
42.53353398220.2492668822780.3848007304263.292506524750.04351054060721.78992454425-0.1514276529990.2900114064210.421749508346-0.434728137359-0.001752646022170.18345422162-0.30127592467-0.1356000317280.1673957545880.424360582510.0438574910787-0.08805534194830.4062845085310.04546735630980.543511995237-22.880080320937.3580675986-38.505704195
53.152606193783.087782073430.2333765765026.27682838333-0.07360911161538.923581450120.08682038864210.27866614881-0.337939680211-0.2229245331450.46593373295-0.1629555939710.05524774330750.144060336528-0.4904730249020.571783084210.0379079549384-0.1904247946720.574208020357-0.1357467846160.704589888132-35.940249317815.3364695729-48.4979359292
67.923327920190.351222060277-1.877190076648.84204891133-0.9179796183986.2023704358-0.4356884930011.38663965589-0.678204637799-1.075837816560.074955773871-0.1152937736890.4032872457480.2272689977480.3260695097361.03114556321-0.0443619592113-0.1573355492140.819491040755-0.2411605015170.757682692085-34.115602783111.5050988011-58.7998397568
73.859183363371.202872346981.694616055452.412571629480.7999664797581.92299661403-0.1514702626140.46882366099-0.0404439281084-0.3440461830240.06730329454960.0475343725743-0.2043100085550.1780388005860.06333652308580.4275319744060.00873140040401-0.0007953123151420.408942963130.01844165311240.461185490571-13.714431379531.4409971568-37.8479120189
89.132804133413.05851662887-0.3864525932376.2536551537-0.4445566973785.509105504940.00598185755595-1.828849655451.084725127560.176017750356-0.2683505331740.816488664472-0.863552194162-0.9102037169360.2000011727610.7135287494740.212297543393-0.1387868008910.770548724031-0.2272670129370.725404225791-28.826031223442.8457718566-15.4951293029
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 4 through 116 )AA4 - 1161 - 113
22chain 'A' and (resid 117 through 253 )AA117 - 253114 - 250
33chain 'A' and (resid 254 through 349 )AA254 - 349251 - 346
44chain 'B' and (resid 4 through 138 )BD4 - 1381 - 135
55chain 'B' and (resid 139 through 183 )BD139 - 183136 - 180
66chain 'B' and (resid 184 through 237 )BD184 - 237181 - 234
77chain 'B' and (resid 238 through 319 )BD238 - 319235 - 316
88chain 'B' and (resid 320 through 349 )BD320 - 349317 - 346

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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