PDB-8c12: Identification of an intermediate activation state of PAK5 reveal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8c12

タイトル

Identification of an intermediate activation state of PAK5 reveals a novel mechanism of kinase inhibition.

要素

PAK5-Af17
Serine/threonine-protein kinase PAK 5

キーワード

TRANSFERASE / Kinase / PAK5 / Affimer / Urothelial cancer.

機能・相同性

機能・相同性情報

RHOD GTPase cycle / Activation of RAC1 / regulation of MAPK cascade / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / cytoskeleton organization / RAC1 GTPase cycle / learning / locomotory behavior / regulation of cell growth ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.549 Å

データ登録者

Martin, H.L. / Turner, A.L. / Trinh, C.H. / Bayliss, R.W. / Tomlinson, D.C.

資金援助

英国, 3件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Affimer-mediated locking of p21-activated kinase 5 in an intermediate activation state results in kinase inhibition.
著者: Martin, H.L. / Turner, A.L. / Higgins, J. / Tang, A.A. / Tiede, C. / Taylor, T. / Siripanthong, S. / Adams, T.L. / Manfield, I.W. / Bell, S.M. / Morrison, E.E. / Bond, J. / Trinh, C.H. / ...

履歴

登録	2022年12月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8c12.cif.gz	298.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8c12.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8c12.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8c12_validation.pdf.gz	430.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8c12_full_validation.pdf.gz	432.6 KB	表示
XML形式データ	8c12_validation.xml.gz	16.9 KB	表示
CIF形式データ	8c12_validation.cif.gz	23.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/8c12 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/8c12	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (3) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Serine/threonine-protein kinase PAK 5

BBB: PAK5-Af17

46.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.355, 58.313, 129.472
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase PAK 5 / p21-activated kinase 5 / PAK-5 / p21-activated kinase 7 / PAK-7 分子量: 33700.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Modified residue SEP (Phosphoserine SER) / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAK5, KIAA1264, PAK7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9P286, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質	PAK5-Af17 分子量: 12355.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.11 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.12 M Alcohols (0.2 M 1,6-Hexanediol, 0.2 M 1-Butanol, 0.2 M 1,2_Propanediol, 0.2 M 2-Propanol, 0.2 M 1,4-Butanediol, 0.2 M 1,3-Propanediol), 0.1 M Buffer System 2 (1.0 M Sodium HEPES, MOPS) ...詳細: 0.12 M Alcohols (0.2 M 1,6-Hexanediol, 0.2 M 1-Butanol, 0.2 M 1,2_Propanediol, 0.2 M 2-Propanol, 0.2 M 1,4-Butanediol, 0.2 M 1,3-Propanediol), 0.1 M Buffer System 2 (1.0 M Sodium HEPES, MOPS) pH 7.5, 37.5% precipitant (M1K3350)

結晶

マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.11 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.12 M Alcohols (0.2 M 1,6-Hexanediol, 0.2 M 1-Butanol, 0.2 M 1,2_Propanediol, 0.2 M 2-Propanol, 0.2 M 1,4-Butanediol, 0.2 M 1,3-Propanediol), 0.1 M Buffer System 2 (1.0 M Sodium HEPES, MOPS) ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.549→53.17 Å / Num. obs: 64001 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / B_iso Wilson estimate: 28.7 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.016 / R_rim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 13.4 % / R_merge(I) obs: 2.812 / Num. unique obs: 3075 / CC_1/2: 0.577 / R_pim(I) all: 0.783 / R_rim(I) all: 2.922 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DIALS	3.8.1	データ削減
PHASER	2.8.3	位相決定
REFMAC	5.8.0258	精密化
Coot	0.8.9.2	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.549→53.169 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 7.318 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.085 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2341	3170	4.96 %
R_work	0.1972	60741	-
all	0.199	-	-
obs	-	63911	99.872 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.435 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.668 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.318 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.549→53.169 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3047	0	0	195	3242

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	3126
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2957
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.208	1.641	4233
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.165	1.575	6855
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.109	5	381
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.716	21.707	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.153	15	560
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.029	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	393
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3446
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	651
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.179	0.2	557
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.171	0.2	2713
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.149	0.2	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	1323
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	173
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.055	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.132	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.178	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.483	2.532	1527
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.482	2.531	1526
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.997	3.801	1907
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.997	3.802	1908
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.569	2.753	1599
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.569	2.752	1599
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.043	4.048	2326
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.043	4.048	2326
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.945	30.121	3408
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.812	29.772	3378
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.664	3	6083

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.549-1.589	0.395	218	0.402	4373	0.401	4662	0.711	0.722	98.4771	0.413
1.589-1.632	0.389	192	0.376	4332	0.376	4526	0.739	0.791	99.9558	0.385
1.632-1.68	0.353	189	0.349	4247	0.349	4437	0.788	0.789	99.9775	0.355
1.68-1.731	0.337	215	0.306	4097	0.308	4313	0.783	0.851	99.9768	0.307
1.731-1.788	0.272	200	0.267	3956	0.267	4158	0.883	0.896	99.9519	0.258
1.788-1.851	0.253	201	0.222	3846	0.223	4048	0.917	0.931	99.9753	0.201
1.851-1.92	0.227	207	0.198	3704	0.2	3912	0.913	0.936	99.9744	0.167
1.92-1.999	0.238	187	0.178	3589	0.181	3778	0.929	0.957	99.9471	0.144
1.999-2.087	0.209	212	0.166	3409	0.168	3621	0.95	0.964	100	0.134
2.087-2.189	0.215	188	0.168	3261	0.17	3449	0.949	0.96	100	0.138
2.189-2.307	0.247	179	0.162	3116	0.167	3295	0.95	0.965	100	0.134
2.307-2.447	0.232	183	0.169	2958	0.173	3141	0.949	0.962	100	0.142
2.447-2.616	0.203	130	0.175	2824	0.176	2954	0.957	0.962	100	0.151
2.616-2.825	0.24	150	0.189	2612	0.192	2762	0.936	0.948	100	0.167
2.825-3.093	0.251	123	0.201	2413	0.203	2536	0.929	0.953	100	0.186
3.093-3.457	0.238	106	0.201	2227	0.202	2333	0.926	0.946	100	0.197
3.457-3.989	0.208	110	0.187	1930	0.189	2040	0.953	0.958	100	0.196
3.989-4.879	0.198	89	0.174	1698	0.175	1787	0.961	0.969	100	0.198
4.879-6.87	0.255	61	0.217	1333	0.219	1394	0.956	0.96	100	0.248
6.87-53.169	0.265	30	0.207	815	0.209	845	0.939	0.952	100	0.263

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0405	-0.3487	0.2592	1.9101	-0.3164	1.4176	-0.0947	0.0953	0	0.0573	0.0174	0.0446	0.0087	0.0118	0.0773	0.1418	0.0011	0.0259	0.0108	0.0026	0.0384	-4.8184	-19.3728	15.7955
2	1.0128	-0.2359	-1.8225	0.2719	1.1671	6.1274	-0.0727	0.1404	-0.1003	-0.07	0.0354	-0.0058	0.097	0.1602	0.0373	0.3421	0.0004	-0.0161	0.3297	-0.0102	0.2624	-4.1996	-29.7914	-18.6884

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	425 - 717
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	5 - 92

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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