PDB-8c0u: 1,6-anhydro-n-actetylmuramic acid kinase (AnmK) in complex with t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8c0u

タイトル

1,6-anhydro-n-actetylmuramic acid kinase (AnmK) in complex with their natural substrates and products

要素

Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase

キーワード

TRANSFERASE / Anhydro-sugar kinase Phosphotransferase ATP binding

機能・相同性

機能・相同性情報

anhydro-N-acetylmuramic acid kinase / 1,6-anhydro-N-acetyl-beta-muramic acid catabolic process / amino sugar metabolic process / phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor / peptidoglycan turnover / kinase activity / response to antibiotic / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.112 Å

データ登録者

Jimenez-Faraco, E. / Hermoso, J.A.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Catalytic process of anhydro-N-acetylmuramic acid kinase from Pseudomonas aeruginosa.
著者: El-Araby, A.M. / Jimenez-Faraco, E. / Feltzer, R. / Martin-Garcia, J.M. / Karri, B.R. / Ramachandran, B. / Kim, C. / Fisher, J.F. / Hermoso, J.A. / Mobashery, S.

履歴

登録	2022年12月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8c0u.cif.gz	371.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8c0u.ent.gz	226.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8c0u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8c0u_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8c0u_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	8c0u_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	8c0u_validation.cif.gz	24.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/8c0u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/8c0u	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8breC 8cp9C 8cpbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase

B: Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase

ヘテロ分子

80.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.583, 90.583, 174.478
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase / AnhMurNAc kinase 分子量: 39473.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: tag GAGAG in N-terminal. These 5 residues are not observed in the structure, but are present in the used sample. They have to be included in the sequence between numbers -4 to 0. 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: anmK, PA0666 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9I5Q5, anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-AH0 / 2-(2-ACETYLAMINO-4-HYDROXY-6,8-DIOXA-BICYCLO[3.2.1]OCT-3-YLOXY)-PROPIONIC ACID / 1,6-anhydro-N-acetylmuramic acid 分子量: 275.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₁H₁₇NO₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-VW0 / (2~{R})-2-[(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-3-acetamido-2,5-bis(oxidanyl)-6-(phosphonooxymethyl)oxan-4-yl]oxypropanoic acid 分子量: 373.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₀NO₁₁P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.38 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 20% PEG 3350, Bis-Tris 0.1 M, pH 6.0, Li2SO4 0.2 M

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月22日
放射	モノクロメーター: SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.11→46.764 Å / Num. obs: 42080 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 24.8 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.142 / R_pim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 18.41
反射シェル	解像度: 2.11→2.19 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.555 / Num. unique obs: 2106 / CC_1/2: 0.518 / R_pim(I) all: 0.785 / % possible all: 64

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS	2022	データ削減
STARANISO	v3.347 1-Sep-2022	データスケーリング
PHASER	7.1.016	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.112→46.764 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / WR_factor R_free: 0.248 / WR_factor R_work: 0.215 / SU B: 15.792 / SU ML: 0.2 / Average fsc free: 0.9406 / Average fsc work: 0.9563 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.299 / ESU R Free: 0.226 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2681	2057	4.891 %	RANDOM
R_work	0.2303	40004	-	-
all	0.232	-	-	-
obs	-	42061	90.69 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.191 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.136 Å²	-0.068 Å²	0 Å²
2-	-	-0.136 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.112→46.764 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5502	0	97	174	5773

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.012	5734
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5362
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.849	1.641	7818
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.289	1.565	12316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.894	5	724
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.25	5	54
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.487	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.715	10	866
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	12.609	10	254
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.042	0.2	864
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	6874
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1318
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	5064
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	2774
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	2927
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	243
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.139	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.153	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.105	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.79	4.713	2904
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.79	4.713	2904
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.941	8.478	3625
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.941	8.478	3626
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.66	4.947	2830
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.653	4.946	2825
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.771	9.002	4193
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.77	9.001	4194
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.739	44.191	6313
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.68	43.991	6273

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.112-2.167	0.349	39	0.347	1023	0.347	3414	0.934	0.926	31.1072	0.338
2.167-2.226	0.381	123	0.351	2304	0.353	3309	0.912	0.921	73.3454	0.347
2.226-2.291	0.383	128	0.324	2752	0.327	3243	0.904	0.931	88.8067	0.302
2.291-2.361	0.34	139	0.303	2923	0.305	3129	0.925	0.938	97.8587	0.279
2.361-2.438	0.329	184	0.272	2897	0.276	3082	0.921	0.951	99.9676	0.246
2.438-2.524	0.351	160	0.264	2788	0.269	2948	0.928	0.956	100	0.236
2.524-2.619	0.318	137	0.259	2707	0.262	2844	0.936	0.958	100	0.231
2.619-2.725	0.305	120	0.252	2128	0.255	2743	0.943	0.959	81.9541	0.224
2.725-2.846	0.266	134	0.24	2497	0.242	2631	0.956	0.962	100	0.22
2.846-2.984	0.284	111	0.245	2383	0.247	2494	0.942	0.961	100	0.224
2.984-3.145	0.25	120	0.232	2295	0.233	2415	0.959	0.966	100	0.216
3.145-3.335	0.253	118	0.242	2154	0.243	2273	0.959	0.963	99.956	0.226
3.335-3.564	0.267	106	0.222	2012	0.225	2118	0.955	0.97	100	0.215
3.564-3.848	0.309	78	0.227	1916	0.23	1994	0.927	0.968	100	0.222
3.848-4.212	0.267	73	0.219	1611	0.221	1805	0.955	0.969	93.2964	0.216
4.212-4.704	0.202	88	0.188	1577	0.188	1666	0.974	0.976	99.94	0.188
4.704-5.423	0.227	71	0.188	1393	0.19	1464	0.972	0.978	100	0.187
5.423-6.619	0.205	71	0.22	1171	0.219	1244	0.973	0.974	99.8392	0.22
6.619-9.269	0.279	31	0.196	942	0.198	978	0.955	0.976	99.4888	0.205
9.269-46.764	0.243	26	0.214	531	0.215	565	0.963	0.968	98.5841	0.229

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1829	-0.0321	0.0223	0.0686	0.0204	0.1745	0.003	-0.0329	0.0016	0.0102	-0.0163	0.0263	-0.002	0.0103	0.0133	0.0096	-0.0041	0.0122	0.0162	-0.0073	0.0195	-22.5261	2.1954	1.6415
2	0.118	-0.029	0.0677	0.1821	-0.117	0.1541	0.0045	0.0142	-0.0147	-0.0506	-0.0259	-0.0238	0.0262	0.0094	0.0213	0.0189	0.0033	0.013	0.0124	-0.008	0.0192	-32.2096	7.7487	-37.9837

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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