PDB-8cpb: 1,6-anhydro-n-actetylmuramic acid kinase (AnmK) in complex with A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cpb

タイトル

1,6-anhydro-n-actetylmuramic acid kinase (AnmK) in complex with AMPPNP, and AnhMurNAc at 1.7 Angstroms resolution.

要素

Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase

キーワード

TRANSFERASE / Anhydro-sugar kinase Phosphotransferase ATP binding

機能・相同性

機能・相同性情報

anhydro-N-acetylmuramic acid kinase / 1,6-anhydro-N-acetyl-beta-muramic acid catabolic process / amino sugar metabolic process / phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor / peptidoglycan turnover / kinase activity / response to antibiotic / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Jimenez-Faraco, E. / Hermoso, J.A.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Catalytic process of anhydro-N-acetylmuramic acid kinase from Pseudomonas aeruginosa.
著者: El-Araby, A.M. / Jimenez-Faraco, E. / Feltzer, R. / Martin-Garcia, J.M. / Karri, B.R. / Ramachandran, B. / Kim, C. / Fisher, J.F. / Hermoso, J.A. / Mobashery, S.

履歴

登録	2023年3月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cpb.cif.gz	378.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cpb.ent.gz	233 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cpb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8cpb_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cpb_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	8cpb_validation.xml.gz	29.1 KB	表示
CIF形式データ	8cpb_validation.cif.gz	41.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/8cpb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/8cpb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8breC 8c0uC 8cp9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)
#228 - 2018年12月
酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase

B: Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase

ヘテロ分子

81 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation, sedimentation velocity analytical ultracentrifugation (SV-AUC)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.670, 90.670, 171.686
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase / AnhMurNAc kinase 分子量: 39473.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: GAGAG tag in N-terminal (unobserved, disordered) These residues should be renumbered from -4 to 0 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: anmK, PA0666 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9I5Q5, anhydro-N-acetylmuramic acid kinase

#1: タンパク質

Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase / AnhMurNAc kinase

分子量: 39473.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: GAGAG tag in N-terminal (unobserved, disordered) These residues should be renumbered from -4 to 0
由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: anmK, PA0666 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9I5Q5, anhydro-N-acetylmuramic acid kinase

-
非ポリマー , 5種, 269分子

#2: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER 分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-AH0 / 2-(2-ACETYLAMINO-4-HYDROXY-6,8-DIOXA-BICYCLO[3.2.1]OCT-3-YLOXY)-PROPIONIC ACID / 1,6-anhydro-N-acetylmuramic acid 分子量: 275.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₇NO₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID 分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.33 % / 解説: hexagonal crystals
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, Na/K tartrate 0.2M

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALBA

/ ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97926 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.5214
pseudo-merohedral	2	2	-K, -H, -L	2	0.4786

反射

解像度: 1.7→46.25 Å / Num. obs: 87575 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.7 % / CC_1/2: 0.99 / R_pim(I) all: 0.24 / Net I/σ(I): 17.4

反射シェル

解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 20.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4470 / CC_1/2: 0.81 / R_pim(I) all: 0.398 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0352	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→46.249 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 2.658 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.02 / ESU R Free: 0.02 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2046	4235	4.839 %
R_work	0.1689	83286	-
all	0.171	-	-
obs	-	87521	99.979 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.328 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.196 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	5.196 Å²	0 Å²
3-	-	-	-10.392 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→46.249 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5494	0	132	261	5887

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	5807
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.017	0.016	5199
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.071	1.621	7925
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.707	1.559	12101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.385	5	727
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.396	5	53
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.747	10	867
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.12	10	255
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	871
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.141	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6727
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1132
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	1186
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	4809
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	2800
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	2920
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	273
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.203	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.249	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.285	2.538	2909
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.284	2.538	2909
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.964	3.807	3632
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.964	3.807	3633
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.515	2.745	2898
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.515	2.745	2897
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.296	4.047	4292
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.296	4.047	4292
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.591	33.763	6402
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.553	33.578	6369

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.744	0.514	294	0.478	6198	X-RAY DIFFRACTION	99.7848
1.744-1.792	0.405	316	0.368	5911	X-RAY DIFFRACTION	99.9839
1.792-1.844	0.355	300	0.289	5837	X-RAY DIFFRACTION	100
1.844-1.9	0.272	274	0.255	5651	X-RAY DIFFRACTION	99.9831
1.9-1.962	0.27	243	0.208	5549	X-RAY DIFFRACTION	99.9827
1.962-2.031	0.216	303	0.178	5238	X-RAY DIFFRACTION	100
2.031-2.108	0.212	303	0.18	5113	X-RAY DIFFRACTION	100
2.108-2.194	0.201	238	0.168	4908	X-RAY DIFFRACTION	100
2.194-2.291	0.224	244	0.159	4739	X-RAY DIFFRACTION	99.9799
2.291-2.402	0.215	214	0.162	4537	X-RAY DIFFRACTION	100
2.402-2.532	0.216	223	0.159	4298	X-RAY DIFFRACTION	100
2.532-2.685	0.192	202	0.155	4058	X-RAY DIFFRACTION	100
2.685-2.87	0.188	194	0.162	3835	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-3.099	0.202	172	0.159	3576	X-RAY DIFFRACTION	100
3.099-3.393	0.166	177	0.153	3272	X-RAY DIFFRACTION	100
3.393-3.791	0.173	154	0.151	2977	X-RAY DIFFRACTION	100
3.791-4.373	0.171	156	0.133	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
4.373-5.343	0.179	85	0.129	2271	X-RAY DIFFRACTION	100
5.343-7.507	0.198	106	0.165	1711	X-RAY DIFFRACTION	100
7.507-46.249	0.128	37	0.151	1002	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1782	0.0022	0.1548	0.1191	0.0243	0.3642	0.0587	0.0685	-0.0054	0.0058	-0.0235	-0.0046	0.021	0.0273	-0.0352	0.0287	0.0126	0.0052	0.0605	-0.0038	0.0061	22.626	1.7436	-1.2983
2	0.1064	0.0556	0.0853	0.2186	0.2111	0.4156	0.0435	0.0192	0.0029	0.0959	0.0001	-0.0115	0.0668	-0.0069	-0.0436	0.062	-0.0107	-0.004	0.0283	0.0118	0.0102	32.5221	7.5541	37.9136

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|1-363 }	A	1 - 363
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|2-363 }	B	2 - 363

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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