PDB-8c0s: Crystal structure of S. aureus BlaR1 sensor domain in complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8c0s

タイトル

Crystal structure of S. aureus BlaR1 sensor domain in complex with an imidazole inhibitor

要素

Regulatory protein BlaR1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Antibiotic resistance / b-lactam sensor / MRSA

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Miguel-Ruano, V. / Hermoso, J.A.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: Restoring susceptibility to beta-lactam antibiotics in methicillin-resistant Staphylococcus aureus.
著者: Nguyen, V.T. / Birhanu, B.T. / Miguel-Ruano, V. / Kim, C. / Batuecas, M. / Yang, J. / El-Araby, A.M. / Jimenez-Faraco, E. / Schroeder, V.A. / Alba, A. / Rana, N. / Sader, S. / Thomas, C.A. / ...

履歴

登録	2022年12月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8c0s.cif.gz	286.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8c0s.ent.gz	178.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8c0s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/8c0s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/8c0s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8c0pC 8cf3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Regulatory protein BlaR1

B: Regulatory protein BlaR1

ヘテロ分子

60.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Regulatory protein BlaR1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Regulatory protein BlaR1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.027, 107.943, 56.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.454, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 1 / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 333 - 582 / Label seq-ID: 2 - 251

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Regulatory protein BlaR1 分子量: 29770.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Triple mutant K369A K370A K372A 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: blaR1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P18357
#2: 化合物	ChemComp-SYU / 3-[[2,4-bis(trifluoromethyl)phenyl]methyl]-5-(hydroxymethyl)-1~{H}-imidazole-2-thione 分子量: 356.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₀F₆N₂OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.33 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: Sodium Cacodylate 0.085M pH 6.0 + PEG 8K 21% + Glycerol 15%

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→47.7 Å / Num. obs: 35815 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.05 / R_pim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 15.4
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 1.758 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2645 / CC_1/2: 0.589 / R_pim(I) all: 0.767 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0349	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→47.698 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / WR_factor R_free: 0.232 / WR_factor R_work: 0.185 / SU B: 12.7 / SU ML: 0.154 / Average fsc free: 0.9467 / Average fsc work: 0.9614 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.168 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2323	1797	5.022 %
R_work	0.1876	33988	-
all	0.19	-	-
obs	-	35785	99.891 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.404 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.009 Å²	0 Å²	0.008 Å²
2-	-	-0.011 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.012 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→47.698 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4156	0	33	69	4258

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	4333
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.016	3782
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.288	1.645	5843
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.467	1.57	8871
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.573	5	509
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.611	10	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.034	10	790
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.345	10	222
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	581
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4854
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	890
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	835
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	3474
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	2076
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	2160
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.127	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.193	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.09	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.292	4.956	2030
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.283	4.956	2030
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.901	7.401	2541
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.9	7.403	2542
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.746	5.515	2303
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.745	5.515	2304
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.985	8.07	3302
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.142	8.068	3303
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.394	66.77	4965
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.393	66.775	4960
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.074	0.05	8801

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07437	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07437	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.372	125	0.364	2512	0.364	2638	0.873	0.889	99.9621	0.328
2.052-2.108	0.364	114	0.346	2443	0.347	2560	0.879	0.911	99.8828	0.301
2.108-2.169	0.359	120	0.303	2405	0.305	2530	0.915	0.935	99.8024	0.258
2.169-2.236	0.286	124	0.262	2291	0.263	2418	0.946	0.952	99.8759	0.214
2.236-2.309	0.323	117	0.249	2223	0.252	2343	0.933	0.96	99.872	0.203
2.309-2.39	0.243	126	0.229	2143	0.23	2269	0.962	0.968	100	0.191
2.39-2.48	0.268	103	0.206	2123	0.209	2226	0.953	0.975	100	0.169
2.48-2.581	0.251	117	0.202	1978	0.205	2096	0.961	0.977	99.9523	0.166
2.581-2.695	0.229	126	0.186	1908	0.189	2034	0.968	0.981	100	0.161
2.695-2.826	0.27	94	0.19	1838	0.194	1932	0.958	0.979	100	0.173
2.826-2.978	0.22	79	0.18	1784	0.182	1864	0.965	0.981	99.9464	0.166
2.978-3.158	0.264	107	0.205	1652	0.209	1760	0.962	0.974	99.9432	0.196
3.158-3.375	0.247	62	0.197	1575	0.199	1638	0.96	0.978	99.9389	0.194
3.375-3.644	0.25	68	0.185	1455	0.187	1525	0.965	0.981	99.8689	0.187
3.644-3.99	0.212	75	0.167	1353	0.169	1428	0.977	0.985	100	0.175
3.99-4.457	0.207	63	0.147	1207	0.15	1274	0.978	0.987	99.686	0.162
4.457-5.138	0.162	63	0.139	1071	0.14	1135	0.985	0.99	99.9119	0.16
5.138-6.275	0.294	49	0.197	909	0.202	961	0.959	0.981	99.6878	0.223
6.275-8.799	0.186	36	0.184	705	0.184	748	0.974	0.983	99.0642	0.215
8.799-47.698	0.172	29	0.142	413	0.144	443	0.978	0.986	99.7743	0.166

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1694	0.1385	0.3981	0.6866	-0.0548	0.725	0.0527	0.0054	0.0402	-0.0167	0.0052	-0.0077	0.0053	-0.0423	-0.0579	0.013	-0.0196	-0.0077	0.0581	0.0156	0.0592	20.2057	6.5136	3.7836
2	0.6413	-0.0914	0.1711	0.9753	-0.106	1.1971	-0.0856	-0.1299	-0.0416	-0.0505	-0.0021	-0.0695	0.0462	-0.1117	0.0877	0.1054	0.0316	-0.036	0.0356	-0.0067	0.0469	31.6473	-18.5454	27.6655

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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