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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8c0s | ||||||
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タイトル | Crystal structure of S. aureus BlaR1 sensor domain in complex with an imidazole inhibitor | ||||||
![]() | Regulatory protein BlaR1 | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / Antibiotic resistance / b-lactam sensor / MRSA | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Miguel-Ruano, V. / Hermoso, J.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Restoring Susceptibility to b-Lactam Antibiotics in Methicillin-Sensitive and Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus 著者: Miguel-Ruano, V. / Hermoso, J.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 286.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 178.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8c0pC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 1 / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 333 - 582 / Label seq-ID: 2 - 251
NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29770.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Triple mutant K369A K370A K372A 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: blaR1 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | 分子量: 356.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H10F6N2OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.33 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: Sodium Cacodylate 0.085M pH 6.0 + PEG 8K 21% + Glycerol 15% |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→47.7 Å / Num. obs: 35815 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 15.4 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 1.758 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2645 / CC1/2: 0.589 / Rpim(I) all: 0.767 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.404 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→47.698 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Selection: ALL |