PDB-8c0p: Crystal structure of S. aureus BlaR1 sensor domain in complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8c0p

タイトル

Crystal structure of S. aureus BlaR1 sensor domain in complex with a boronate inhibitor

要素

Regulatory protein BlaR1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Antibiotic resistance / Beta-lactam sensor of Staphylococcus aureus / MRSA

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Miguel-Ruano, V. / Jimenez-Faraco, E. / Hermoso, J.A.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: Restoring susceptibility to beta-lactam antibiotics in methicillin-resistant Staphylococcus aureus.
著者: Nguyen, V.T. / Birhanu, B.T. / Miguel-Ruano, V. / Kim, C. / Batuecas, M. / Yang, J. / El-Araby, A.M. / Jimenez-Faraco, E. / Schroeder, V.A. / Alba, A. / Rana, N. / Sader, S. / Thomas, C.A. / ...

履歴

登録	2022年12月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8c0p.cif.gz	288.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8c0p.ent.gz	179.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8c0p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/8c0p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/8c0p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8c0sC 8cf3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Regulatory protein BlaR1

B: Regulatory protein BlaR1

ヘテロ分子

60.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Regulatory protein BlaR1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Regulatory protein BlaR1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.904, 106.780, 56.278
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.092, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Regulatory protein BlaR1 分子量: 29770.432 Da / 分子数: 2 / 変異: K369A K370A K372A / 由来タイプ: 組換発現詳細: Triple mutant K369A K370A K372A and acylated-serine 389 with the boronic inhibitor 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: blaR1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P18357
#2: 化合物	ChemComp-SZI / [1-[[2,4-bis(trifluoromethyl)phenyl]methyl]benzimidazol-2-yl]sulfanylmethyl-$l^{3}-oxidanyl-bis(oxidanyl)boron 分子量: 451.171 Da / 分子数: 2 / 変異: K369A K370A K372A / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₇H₁₄BF₆N₂O₃S 詳細: Triple mutant K369A K370A K372A and acylated-serine 389 with the boronic inhibitor 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: blaR1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.97 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.25 詳細: Sodium Cacodylate 0.085M pH 5.25 + PEG 8K 21% + Glycerol 15%

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.97→47.83 Å / Num. obs: 36626 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.3 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 1.97→2.02 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 1.578 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2573 / CC_1/2: 0.534 / R_pim(I) all: 0.747 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0349	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.97→47.829 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / WR_factor R_free: 0.242 / WR_factor R_work: 0.196 / SU B: 11.918 / SU ML: 0.149 / Average fsc free: 0.9503 / Average fsc work: 0.9631 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.169 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2367	1814	4.956 %
R_work	0.195	34785	-
all	0.197	-	-
obs	-	36599	98.398 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.161 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.031 Å²	-0 Å²	-0.183 Å²
2-	-	0.021 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.107 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.97→47.829 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4214	0	0	84	4298

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	4380
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.016	3795
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.073	1.663	5921
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.438	1.575	8899
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.679	5	513
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.588	10	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.011	10	789
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.014	10	223
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	582
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4897
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	899
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	772
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	3424
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	2125
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	2098
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	122
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.205	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.215	3.959	2040
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.213	3.959	2040
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.435	5.921	2557
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.434	5.923	2558
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.48	4.305	2340
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.478	4.303	2339
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.928	6.349	3364
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.927	6.35	3365
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.886	52.58	5021
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.882	52.589	5016

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.97-2.021	0.353	128	0.342	2588	0.343	2744	0.902	0.906	98.9796	0.319
2.021-2.076	0.302	118	0.314	2491	0.313	2640	0.939	0.93	98.8258	0.277
2.076-2.136	0.332	124	0.295	2442	0.297	2599	0.928	0.94	98.7303	0.256
2.136-2.202	0.343	127	0.267	2368	0.271	2528	0.921	0.953	98.6946	0.233
2.202-2.274	0.299	124	0.245	2288	0.248	2441	0.944	0.962	98.812	0.214
2.274-2.354	0.288	108	0.233	2249	0.236	2392	0.955	0.966	98.5368	0.201
2.354-2.442	0.284	111	0.219	2152	0.222	2279	0.951	0.971	99.2979	0.192
2.442-2.542	0.265	103	0.212	2063	0.215	2185	0.957	0.974	99.1304	0.189
2.542-2.655	0.299	96	0.212	1979	0.216	2101	0.953	0.974	98.7625	0.192
2.655-2.784	0.245	100	0.197	1909	0.199	2031	0.963	0.977	98.9168	0.184
2.784-2.934	0.242	94	0.189	1811	0.191	1925	0.966	0.979	98.961	0.178
2.934-3.111	0.296	84	0.198	1690	0.202	1804	0.952	0.976	98.337	0.195
3.111-3.325	0.242	86	0.211	1614	0.213	1723	0.962	0.974	98.6651	0.213
3.325-3.59	0.266	86	0.198	1477	0.202	1589	0.951	0.978	98.3638	0.206
3.59-3.93	0.192	74	0.174	1362	0.175	1462	0.975	0.982	98.2216	0.187
3.93-4.39	0.18	72	0.144	1232	0.146	1338	0.983	0.987	97.4589	0.166
4.39-5.062	0.172	58	0.138	1079	0.14	1180	0.984	0.99	96.3559	0.17
5.062-6.183	0.229	56	0.183	903	0.186	1000	0.974	0.984	95.9	0.211
6.183-8.671	0.181	38	0.166	693	0.166	773	0.982	0.986	94.5666	0.196
8.671-47.829	0.178	27	0.164	395	0.165	459	0.978	0.983	91.939	0.189

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2311	0.0245	0.4069	0.5398	0.1843	0.693	0.0858	0.0026	0.1055	0.005	-0.016	-0.0424	0.0269	-0.0275	-0.0698	0.0203	-0.0167	-0.0063	0.0308	0.0201	0.0428	20.0422	5.2198	3.873
2	0.5983	0.0982	0.3339	0.7217	0.3742	2.1155	-0.0877	-0.0919	0.0001	-0.0167	-0.141	0.0009	0.2328	-0.1678	0.2287	0.0853	0.0093	0.0153	0.0389	-0.0118	0.0451	32.2245	-19.3642	28.0255

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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