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Yorodumi- PDB-8cf3: Crystal structure of S. aureus BlaR1 sensor domain in complex wit... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8cf3 | ||||||
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Title | Crystal structure of S. aureus BlaR1 sensor domain in complex with cefepime | ||||||
Components | Regulatory protein BlaR1 | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / Antibiotic resistance / Beta-lactam sensor of Staphylococcus aureus / MRSA | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.52 Å | ||||||
Authors | Miguel-Ruano, V. / Hermoso, J.A. | ||||||
Funding support | Spain, 1items
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Citation | Journal: Nat.Chem.Biol. / Year: 2024 Title: Restoring susceptibility to beta-lactam antibiotics in methicillin-resistant Staphylococcus aureus. Authors: Nguyen, V.T. / Birhanu, B.T. / Miguel-Ruano, V. / Kim, C. / Batuecas, M. / Yang, J. / El-Araby, A.M. / Jimenez-Faraco, E. / Schroeder, V.A. / Alba, A. / Rana, N. / Sader, S. / Thomas, C.A. / ...Authors: Nguyen, V.T. / Birhanu, B.T. / Miguel-Ruano, V. / Kim, C. / Batuecas, M. / Yang, J. / El-Araby, A.M. / Jimenez-Faraco, E. / Schroeder, V.A. / Alba, A. / Rana, N. / Sader, S. / Thomas, C.A. / Feltzer, R. / Lee, M. / Fisher, J.F. / Hermoso, J.A. / Chang, M. / Mobashery, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8cf3.cif.gz | 287.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8cf3.ent.gz | 180.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8cf3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8cf3_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8cf3_full_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | |
Data in XML | 8cf3_validation.xml.gz | 22.5 KB | Display | |
Data in CIF | 8cf3_validation.cif.gz | 28.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/8cf3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/8cf3 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8c0pC 8c0sC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Auth seq-ID: 333 - 583 / Label seq-ID: 1 - 251
NCS ensembles : (Details: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-Components
#1: Protein | Mass: 29457.121 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: Triple mutant K369A K370A K372A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) / Gene: blaR1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P18357 #2: Chemical | Mass: 485.601 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Formula: C19H29N6O5S2 / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.25 Details: Soidum Cacodylate 0.085M pH 5.5 + PEG 8K 27% + Glycerol 15% |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALBA / Beamline: XALOC / Wavelength: 1.0064 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 3, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0064 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.153→45.537 Å / Num. obs: 17584 / % possible obs: 82.55 % / Redundancy: 6.05 % / CC1/2: 0.9969 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 9.186 |
Reflection shell | Resolution: 2.153→2.345 Å / Rmerge(I) obs: 1.772 / Num. unique obs: 880 / CC1/2: 0.3028 / Rpim(I) all: 0.865 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.52→45.537 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 35.026 / SU ML: 0.356 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.391 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 54.16 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.52→45.537 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Selection: ALL |