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- PDB-8byu: Crystal Structure of HexaBody-CD38 Fab in complex with CD38 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8byu
タイトルCrystal Structure of HexaBody-CD38 Fab in complex with CD38
要素
  • ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
  • Fab Heavy Chain
  • Fab Light Chain
キーワードANTITUMOR PROTEIN / CD38 / Antibody / CDC / HexaBody / Anti-Tumor
機能・相同性
機能・相同性情報


2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / Nicotinate metabolism / artery smooth muscle contraction / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ metabolic process / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / long-term synaptic depression / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide ...2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / Nicotinate metabolism / artery smooth muscle contraction / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ metabolic process / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / long-term synaptic depression / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / positive regulation of vasoconstriction / B cell proliferation / response to retinoic acid / positive regulation of B cell proliferation / response to interleukin-1 / response to progesterone / B cell receptor signaling pathway / apoptotic signaling pathway / female pregnancy / positive regulation of insulin secretion / response to estradiol / negative regulation of neuron projection development / transferase activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / positive regulation of cell growth / nuclear membrane / basolateral plasma membrane / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ADP-ribosyl cyclase (CD38/157) / ADP-ribosyl cyclase / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Freier, R. / Krapp, S. / Hibbert, R.G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Ebiomedicine / 年: 2023
タイトル: Preclinical anti-tumour activity of HexaBody-CD38, a next-generation CD38 antibody with superior complement-dependent cytotoxic activity.
著者: Hiemstra, I.H. / Santegoets, K.C.M. / Janmaat, M.L. / De Goeij, B.E.C.G. / Ten Hagen, W. / van Dooremalen, S. / Boross, P. / van den Brakel, J. / Bosgra, S. / Andringa, G. / van Kessel- ...著者: Hiemstra, I.H. / Santegoets, K.C.M. / Janmaat, M.L. / De Goeij, B.E.C.G. / Ten Hagen, W. / van Dooremalen, S. / Boross, P. / van den Brakel, J. / Bosgra, S. / Andringa, G. / van Kessel-Welmers, B. / Verzijl, D. / Hibbert, R.G. / Frerichs, K.A. / Mutis, T. / van de Donk, N.W.C.J. / Ahmadi, T. / Satijn, D. / Sasser, A.K. / Breij, E.C.W.
履歴
登録2022年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab Heavy Chain
L: Fab Light Chain
A: ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,57110
ポリマ－78,9753
非ポリマー5977
水11,151619
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7000 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area31080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.240, 78.309, 98.162
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.94, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#3: タンパク質 ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase / 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose ...2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase / 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / 2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / ADP-ribosyl cyclase 1 / ADPRC 1 / Cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / cADPr hydrolase 1 / T10


分子量: 30478.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD38
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P28907, ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase, 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 Fab Heavy Chain


分子量: 25112.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Fab Light Chain


分子量: 23383.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

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非ポリマー , 4種, 626分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 619 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.99 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.15 M (NH4)2SO4; 0.1 M HEPES: pH:7.0; 20.0 %w/v PEG 4K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.848→61 Å / Num. obs: 63099 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rrim(I) all: 0.126 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 1.848→1.88 Å / Num. unique obs: 2880 / CC1/2: 0.589

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YH3

1yh3


解像度: 1.85→61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 4.036 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22976 3029 4.9 %RANDOM
Rwork0.1876 ---
obs0.1896 58751 97.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.405 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.61 Å2-0 Å20.52 Å2
2--1.18 Å2-0 Å2
3---0.4 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.85→61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5320 0 35 619 5974
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0135772
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0175226
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3431.6417912
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.211.57312105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9385763
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.1422.973259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.33715923
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0361526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2769
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026751
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021321
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2512.8152944
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2492.8142943
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0484.2153743
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0484.2173744
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.492.9852828
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.492.9862829
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.3784.44169
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.81833.4146255
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.49632.6376096
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.896 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 205 -
Rwork0.315 4152 -
obs--93.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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