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- PDB-8bya: Cryo-EM structure of SKP1-SKP2-CKS1-CDK2-CyclinA-p27KIP1 Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bya
タイトルCryo-EM structure of SKP1-SKP2-CKS1-CDK2-CyclinA-p27KIP1 Complex
要素
  • (Cyclin-dependent kinase ...) x 2
  • (S-phase kinase-associated protein ...) x 2
  • Cyclin-A2
  • Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1
  • p27 KIP1 C-terminus
キーワードCELL CYCLE / cyclin-dependent kinase / signalling / ubiquitination
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein polyubiquitination / F-box domain binding / cellular response to cell-matrix adhesion / : / cyclin A2-CDK1 complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / PcG protein complex / cell cycle G1/S phase transition / cellular response to luteinizing hormone stimulus / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity ...positive regulation of protein polyubiquitination / F-box domain binding / cellular response to cell-matrix adhesion / : / cyclin A2-CDK1 complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / PcG protein complex / cell cycle G1/S phase transition / cellular response to luteinizing hormone stimulus / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / cellular response to leptin stimulus / maintenance of protein location in nucleus / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / male pronucleus / female pronucleus / cellular response to cocaine / response to glucagon / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / positive regulation of DNA biosynthetic process / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / ubiquitin ligase complex scaffold activity / cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / cyclin-dependent protein kinase activity / G2 Phase / Y chromosome / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / Prolactin receptor signaling / positive regulation of heterochromatin formation / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / X chromosome / PTK6 Regulates Cell Cycle / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / microtubule organizing center / centriole replication / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / telomere maintenance in response to DNA damage / regulation of DNA replication / cullin family protein binding / centrosome duplication / G0 and Early G1 / cochlea development / Telomere Extension By Telomerase / protein K63-linked ubiquitination / animal organ regeneration / Activation of the pre-replicative complex / protein monoubiquitination / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Cajal body / protein K48-linked ubiquitination / Activation of ATR in response to replication stress / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / Regulation of BACH1 activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / condensed chromosome / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / cellular response to nitric oxide / post-translational protein modification / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / cyclin binding / regulation of mitotic cell cycle / Vpu mediated degradation of CD4 / molecular function activator activity / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / positive regulation of DNA replication / ubiquitin binding / Iron uptake and transport / Activation of NF-kappaB in B cells / Degradation of GLI1 by the proteasome / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / meiotic cell cycle / Negative regulation of NOTCH4 signaling / male germ cell nucleus / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome
類似検索 - 分子機能
Cyclin-dependent kinase inhibitor domain / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain superfamily / Cyclin-dependent kinase inhibitor / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit superfamily / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 1. / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 2. / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype ...Cyclin-dependent kinase inhibitor domain / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain superfamily / Cyclin-dependent kinase inhibitor / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit superfamily / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 1. / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 2. / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / Cyclin-A, N-terminal APC/C binding region / Cyclin-A N-terminal APC/C binding region / : / F-box domain / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B / Cyclin-A2 / Cyclin-dependent kinase 2 / Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 / S-phase kinase-associated protein 1 / S-phase kinase-associated protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.38 Å
データ登録者Rowland, R.J. / Salamina, M. / Endicott, J.A. / Noble, M.E.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N009738/1 and MR/V029142/1 英国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of SKP1-SKP2-CKS1 in complex with CDK2-cyclin A-p27KIP1.
著者: Rhianna J Rowland / Richard Heath / Daniel Maskell / Rebecca F Thompson / Neil A Ranson / James N Blaza / Jane A Endicott / Martin E M Noble / Marco Salamina /
要旨: p27KIP1 (cyclin-dependent kinase inhibitor 1B, p27) is a member of the CIP/KIP family of CDK (cyclin dependent kinase) regulators that inhibit cell cycle CDKs. p27 phosphorylation by CDK1/2, signals ...p27KIP1 (cyclin-dependent kinase inhibitor 1B, p27) is a member of the CIP/KIP family of CDK (cyclin dependent kinase) regulators that inhibit cell cycle CDKs. p27 phosphorylation by CDK1/2, signals its recruitment to the SCF (S-phase kinase associated protein 1 (SKP1)-cullin-SKP2) E3 ubiquitin ligase complex for proteasomal degradation. The nature of p27 binding to SKP2 and CKS1 was revealed by the SKP1-SKP2-CKS1-p27 phosphopeptide crystal structure. Subsequently, a model for the hexameric CDK2-cyclin A-CKS1-p27-SKP1-SKP2 complex was proposed by overlaying an independently determined CDK2-cyclin A-p27 structure. Here we describe the experimentally determined structure of the isolated CDK2-cyclin A-CKS1-p27-SKP1-SKP2 complex at 3.4 Å global resolution using cryogenic electron microscopy. This structure supports previous analysis in which p27 was found to be structurally dynamic, transitioning from disordered to nascent secondary structure on target binding. We employed 3D variability analysis to further explore the conformational space of the hexameric complex and uncovered a previously unidentified hinge motion centred on CKS1. This flexibility gives rise to open and closed conformations of the hexameric complex that we propose may contribute to p27 regulation by facilitating recognition with SCF. This 3D variability analysis further informed particle subtraction and local refinement approaches to enhance the local resolution of the complex.
履歴
登録2022年12月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 2
B: Cyclin-A2
C: Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B
D: S-phase kinase-associated protein 1
E: S-phase kinase-associated protein 2
F: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1
G: p27 KIP1 C-terminus


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,5867
ポリマ－177,5867
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, single peak
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Cyclin-dependent kinase ... , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 2 / Cell division protein kinase 2 / p33 protein kinase


分子量: 33994.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Thr160 phosphorylated CDK2 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK2, CDKN2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLySs / 参照: UniProt: P24941, cyclin-dependent kinase
#3: タンパク質 Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B / Cyclin-dependent kinase inhibitor p27 / p27Kip1


分子量: 17678.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: p27 kip1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLYSs / 参照: UniProt: O43806

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タンパク質 , 2種, 2分子 BF

#2: タンパク質 Cyclin-A2 / Cyclin-A / Cyclin A


分子量: 48609.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNA2, CCN1, CCNA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLYSs / 参照: UniProt: P20248
#6: タンパク質 Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 / CKS-1


分子量: 9679.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CKS1B, CKS1, PNAS-143, PNAS-16 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLYSs / 参照: UniProt: P61024

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S-phase kinase-associated protein ... , 2種, 2分子 DE

#4: タンパク質 S-phase kinase-associated protein 1 / Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of Corti ...Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of Corti protein II / OCP-II / RNA polymerase II elongation factor-like protein / SIII / Transcription elongation factor B polypeptide 1-like / p19skp1


分子量: 18679.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SKP1, EMC19, OCP2, SKP1A, TCEB1L / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLYSs / 参照: UniProt: P63208
#5: タンパク質 S-phase kinase-associated protein 2 / Cyclin-A/CDK2-associated protein p45 / F-box protein Skp2 / F-box/LRR-repeat protein 1 / p45skp2


分子量: 47817.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SKP2, FBXL1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLYSs / 参照: UniProt: Q13309

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 G

#7: タンパク質・ペプチド p27 KIP1 C-terminus


分子量: 1126.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminus of p27 KIP1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLYSs

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Hexameric complex of SKP1-SKP2-CKS1 with CDK2-CyclinA-p27(kip1)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.175 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: BL21(DE3)pLYSs
緩衝液pH: 7.8
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 278.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 65 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ詳細
1cryoSPARC粒子像選択blob picker
2EPU画像取得
4cryoSPARCCTF補正
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC初期オイラー角割当homogeneous refinement
11cryoSPARC最終オイラー角割当non-uniform refinement
12cryoSPARC分類heterogenous refinement
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1110356
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 136325 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 121 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
詳細: Initial fitting was performed in chimera followed by real space refinement in Phenix
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0058609
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.69811782
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.411210
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0421395
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061509

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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