PDB-8by3: FimH lectin domain in complex with oligomannose-6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8by3

タイトル

FimH lectin domain in complex with oligomannose-6

要素

Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin

キーワード

CELL ADHESION / Type-1 fimbriae / Escherichia coli / FimH / Adhesin / Lectin / Oligomannose / High-mannose

機能・相同性

機能・相同性情報

pilus tip / mechanosensory behavior / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell-substrate adhesion / D-mannose binding / host cell membrane / cell adhesion
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.186 Å

データ登録者

Bouckaert, J. / Bourenkov, G.P.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structural insights into a cooperative switch between one and two FimH bacterial adhesins binding pauci- and high-mannose type N-glycan receptors.
著者: Krammer, E.M. / Bridot, C. / Serna, S. / Echeverria, B. / Semwal, S. / Roubinet, B. / van Noort, K. / Wilbers, R.H.P. / Bourenkov, G. / de Ruyck, J. / Landemarre, L. / Reichardt, N. / Bouckaert, J.

履歴

登録	2022年12月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8by3.cif.gz	145.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8by3.ent.gz	111.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8by3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8by3_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8by3_full_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示
XML形式データ	8by3_validation.xml.gz	27.4 KB	表示
CIF形式データ	8by3_validation.cif.gz	38.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/8by3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/8by3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bhdC 8bxyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin

B: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin

C: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin

D: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin

ヘテロ分子

70.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin

C: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Sauer, M. M., Jakob, R. P., Luber, T., Canonica, F., Navarra, G., Ernst, B., Unverzagt, C., Maier, T., and Glockshuber, R. (2019) Binding of the Bacterial Adhesin FimH to Its ...根拠: gel filtration, Sauer, M. M., Jakob, R. P., Luber, T., Canonica, F., Navarra, G., Ernst, B., Unverzagt, C., Maier, T., and Glockshuber, R. (2019) Binding of the Bacterial Adhesin FimH to Its Natural, Multivalent High-Mannose Type Glycan Targets. J Am Chem Soc 141, 936-944
35.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin

D: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	153.110, 153.110, 230.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 158 / Label seq-ID: 1 - 158

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID
1	1	1
2	1	1
3	2	2
4	2	2
5	3	3
6	3	3
7	4	4
8	4	4
9	5	5
10	5	5
11	6	6
12	6	6

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質

Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin / Protein FimH

分子量: 16916.828 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: fimH, b4320, JW4283 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P08191

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1397.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1_f6-h1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-NI / NICKEL (II) ION

分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.54 Å³/Da / Density meas: 0.3 Mg/m³ / 溶媒含有率: 77.79 % / 解説: small lentil-like crystals grown on a large beam
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 1 M Lithium sulphate 100 mM Tris-HCl, pH 8.5 10 mM Nickel chloride 3% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月24日 / 詳細: MD3 diffractometer
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.186→114.925 Å / Num. obs: 24701 / % possible obs: 88.45 % / Observed criterion σ(I): 1.2 / 冗長度: 11.07 % / B_iso Wilson estimate: 69.74 Å² / CC_1/2: 0.9522 / R_merge(I) obs: 0.613 / R_pim(I) all: 0.188 / R_rim(I) all: 0.643 / Net I/σ(I): 4.977
反射シェル	解像度: 3.186→3.341 Å / 冗長度: 13.067 % / R_merge(I) obs: 1.767 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1209 / CC_1/2: 0.584 / R split: 0.502 / R_rim(I) all: 1.838 / % possible all: 34.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.186→114.925 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.878 / SU B: 17.795 / SU ML: 0.295 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.977 / ESU R Free: 0.378 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2381	1532	6.202 %
R_work	0.2045	23169	-
all	0.207	-	-
obs	-	24701	87.916 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.211 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.521 Å²	-0.261 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.521 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.691 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.186→114.925 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4784	0	204	165	5153

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	5141
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.032	0.017	4452
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.561	1.683	7066
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.5	1.575	10404
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.543	5	628
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.211	5	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.77	10	672
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	18.155	10	204
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	870
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	5652
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.015	0.02	980
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	792
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	1.042	0.2	13193
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	2480
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	2245
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.195	0.2	168
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.022	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.223	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.314	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.303	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.302	6.718	2524
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.299	6.718	2524
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.365	10.064	3148
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.365	10.066	3149
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.475	6.963	2617
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.473	6.963	2618
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.107	10.374	3918
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.106	10.374	3919
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.711	95.37	5226
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.711	95.37	5226
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.129	0.05	4555
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.118	0.05	4573
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.114	0.05	4570
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.128	0.05	4516
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.13	0.05	4484
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.096	0.05	4635

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12914	0.05007
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12914	0.05007
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11802	0.05008
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11802	0.05008
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11409	0.05007
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11409	0.05007
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12776	0.05007
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12776	0.05007
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12952	0.05007
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12952	0.05007
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09609	0.05008
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09609	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.186-3.239	0.282	27	0.271	489	X-RAY DIFFRACTION	25.3189
3.239-3.328	0.293	58	0.268	850	X-RAY DIFFRACTION	45.7431
3.328-3.425	0.303	71	0.266	1244	X-RAY DIFFRACTION	68.5968
3.425-3.53	0.286	107	0.274	1606	X-RAY DIFFRACTION	92.0473
3.53-3.646	0.306	114	0.255	1712	X-RAY DIFFRACTION	99.4012
3.646-3.773	0.24	109	0.245	1634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.773-3.916	0.228	107	0.23	1610	X-RAY DIFFRACTION	100
3.916-4.075	0.247	102	0.204	1534	X-RAY DIFFRACTION	100
4.075-4.256	0.246	100	0.189	1496	X-RAY DIFFRACTION	99.9374
4.256-4.464	0.213	94	0.184	1406	X-RAY DIFFRACTION	99.734
4.464-4.705	0.227	90	0.171	1360	X-RAY DIFFRACTION	100
4.705-4.99	0.189	86	0.163	1282	X-RAY DIFFRACTION	99.927
4.99-5.333	0.22	84	0.179	1224	X-RAY DIFFRACTION	100
5.333-5.76	0.243	78	0.188	1135	X-RAY DIFFRACTION	100
5.76-6.308	0.228	70	0.198	1059	X-RAY DIFFRACTION	100
6.308-7.05	0.227	65	0.194	964	X-RAY DIFFRACTION	99.9029
7.05-8.135	0.24	58	0.184	862	X-RAY DIFFRACTION	99.8914
8.135-9.951	0.165	46	0.164	731	X-RAY DIFFRACTION	98.6041
9.951-14.021	0.171	40	0.172	603	X-RAY DIFFRACTION	99.8447
14.021-114.925	0.407	26	0.311	368	X-RAY DIFFRACTION	98.2544

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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