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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bw0 | ||||||
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タイトル | Structure of CEACAM5 A3-B3 domain in Complex with Tusamitamab Fab | ||||||
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![]() | CELL ADHESION / CEACAM5 / Tusamitamab / Cancer / cryo-EM / small molecular weight / Fab / A3-B3 / human membrane protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() GPI anchor binding / homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of myotube differentiation / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / negative regulation of anoikis / side of membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / basolateral plasma membrane ...GPI anchor binding / homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of myotube differentiation / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / negative regulation of anoikis / side of membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å | ||||||
![]() | Kumar, A. / Bertrand, T. / Rapisarda, C. / Rak, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into epitope-paratope interactions of a monoclonal antibody targeting CEACAM5-expressing tumors. 著者: Anand Kumar / Francis Duffieux / Marie Gagnaire / Chiara Rapisarda / Thomas Bertrand / Alexey Rak / ![]() 要旨: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecules (CEACAMs) are overexpressed in some tumor types. The antibody-drug conjugate tusamitamab ravtansine specifically recognizes the A3-B3 domains ...Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecules (CEACAMs) are overexpressed in some tumor types. The antibody-drug conjugate tusamitamab ravtansine specifically recognizes the A3-B3 domains of human CEACAM5 (hCEACAM5). To understand this specificity, here we map the epitope-paratope interface between the A3-B3 domains of hCEACAM5 (hCEACAM5) and the antigen-binding fragment of tusamitamab (tusa Fab). We use hydrogen/deuterium exchange mass spectrometry to identify the tusa Fab paratope, which involves heavy chain (HC) residues 101-109 and light chain residues 48-54 and 88-104. Using surface plasmon resonance, we demonstrate that alanine variants of HC residues 96-108 abolish binding to hCEACAM5, suggesting that these residues are critical for tusa-Fab-antigen complex formation. The cryogenic electron microscopy structure of the hCEACAM5- tusa Fab complex (3.11 Å overall resolution) reveals a discontinuous epitope involving residues in the A3-B3 domains and an N-linked mannose at residue Asn612. Conformational constraints on the epitope-paratope interface enable tusamitamab to target hCEACAM5 and distinguish CEACAM5 from other CEACAMs. #1: ![]() タイトル: Structural insights into epitope-paratope interactions of monoclonal antibody targeting CEACAM5-expressing tumors 著者: Rak, A. / Kumar, A. / Duffi, F. / Gagnaire, M. / Rapisarda, C. / Bertrand, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 91.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 64 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 16279MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 C
#3: タンパク質 | 分子量: 20883.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: A3-B3 domain / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-抗体 , 2種, 2分子 HL
#1: 抗体 | 分子量: 24833.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 23497.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
-糖 , 3種, 6分子 
#4: 多糖 | #5: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #6: 糖 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: hCEACAM5-A3B3-Tusamitamab Fab complex / タイプ: COMPLEX 詳細: Human CEACAM5 a3-B3 domain in the comlex with the Tusamitamab Fab Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.07 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: Dulbeccos phosphate buffered saline |
緩衝液成分 | 濃度: 1 X / 名称: D-PBS |
試料 | 濃度: 0.87 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R0./1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: DARK FIELD / 倍率(公称値): 240000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 30 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 4.72 sec. / 電子線照射量: 62 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5072 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2614488 / 詳細: Picked using blob picker | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 213470 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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