PDB-8buy: Rac-binding domain of human MiniBAR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8buy

タイトル

Rac-binding domain of human MiniBAR

要素

Granule associated Rac and RHOG effector protein 1

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / Rac effector / Rab effector

機能・相同性

機能・相同性情報

CCR4-NOT complex binding / Rac protein signal transduction / RHOG GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / P-body / small GTPase binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Pylypenko, O. / Hammich, H. / Houdusse, A.

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: MiniBAR/KIAA0355 is a dual Rac and Rab effector that controls actin contractility and trafficking for successful ciliogenesis
著者: Shaughnessy, R. / Serres, M. / Escot, S. / Hammich, H. / Cuvelier, F. / Rocancourt, M. / Verdon, Q. / Gaffuri, A. / Sourigues, Y. / Malherbe, G. / Velikovsky, L. / Chardon, F. / Thinevez, J. ...

履歴

登録	2022年12月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8buy.cif.gz	198 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8buy.ent.gz	134 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8buy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8buy_validation.pdf.gz	456.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8buy_full_validation.pdf.gz	457.1 KB	表示
XML形式データ	8buy_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	8buy_validation.cif.gz	19.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/8buy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/8buy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8buxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (4) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Granule associated Rac and RHOG effector protein 1

B: Granule associated Rac and RHOG effector protein 1

ヘテロ分子

32 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.714, 65.945, 90.438
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.516, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Granule associated Rac and RHOG effector protein 1 / GARRE1 分子量: 15913.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GARRE1, KIAA0355 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15063
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.18 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98008 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98008 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.597→28.944 Å / Num. obs: 34818 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 24.16 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 1.597→1.625 Å / Num. unique obs: 1681 / CC_1/2: 0.796

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
Arcimboldo		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→28.33 Å / SU ML: 0.2176 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.2397
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2191	1749	5.03 %
R_work	0.1806	33053	-
obs	0.1825	34802	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→28.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2007	0	13	212	2232

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0063	2108
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7255	2872
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0414	348
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0053	364
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.0701	760

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.64	0.3218	131	0.2843	2738	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.64-1.7	0.3126	137	0.2678	2734	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.7-1.76	0.3287	138	0.251	2755	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.76-1.83	0.287	188	0.2174	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.83-1.91	0.2518	154	0.21	2765	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.91-2.01	0.2364	136	0.2067	2745	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.01-2.14	0.2594	144	0.1938	2751	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.14-2.3	0.2419	113	0.1833	2763	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.3-2.53	0.2284	134	0.1839	2804	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.53-2.9	0.2039	162	0.1758	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.9-3.65	0.1948	153	0.1654	2771	X-RAY DIFFRACTION	99.66

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.882471676593	-0.156976540186	-0.194176584673	0.405235829386	0.461370907137	0.538807595758	0.406817778952	-0.303795107169	-0.490817952638	0.388029754282	-0.0663858325598	-0.357618539431	0.397221104181	-0.00629766723913	-0.0698964049351	0.358705527727	-0.0968612501417	-0.10809000031	0.227178737839	0.0615857216277	0.28855166455	27.226232239	50.2022479294	24.5038647622
2	0.271255539284	-0.234430143197	-0.207026057061	1.04008193823	0.083331722356	0.196368539145	0.0732422095638	-0.0649234859003	-0.228656140472	0.234438116604	-0.176406894594	0.347979396821	0.0970621949032	0.262059287164	-0.296517129799	0.300824290196	-0.219105177628	0.00639147927466	0.380340825527	0.184236039264	0.0056784225914	17.7558718486	49.3030444362	29.556796376
3	0.474753748314	0.0730219028943	-0.319978321461	0.129587751458	-0.0442511747768	0.231331250127	0.0737281744789	-0.063100522378	0.00486807191831	0.15027990629	-0.197375469277	0.0965879596346	0.151116903161	0.0238012459746	-0.00718100110252	0.204605089664	-0.0284579933065	0.00474390297407	0.199949282737	-0.00249369782059	0.197006433011	8.34825302252	47.3062042377	12.3756561995
4	0.159861218061	0.078589679294	-0.00861830117237	0.0472161580985	-0.00599076239721	0.000291393428527	0.132574021376	-0.00340376568888	0.0755395087504	0.0214536656251	-0.0278179554939	-0.0157354590279	-0.230837594522	0.0109259716029	0.0589236423562	1.02613586429	0.288923910702	0.090561426747	0.642896977651	-0.0808339459343	0.378428273014	30.5169934585	69.6930680889	35.0394544152
5	0.548492151646	0.40029866509	-0.541499872164	0.742476594533	-0.122008724737	0.557038942267	-0.14410249887	0.536354639282	-0.0958823751221	0.00742660372631	0.20819780234	-0.187143603617	-0.0479859307421	0.239900725193	0.0947714953876	0.207508820919	-0.0297129861932	-0.00854147208052	0.188608402708	-0.0272423331422	0.23583570503	25.2204147246	52.3771781292	15.2738348933
6	0.295299058065	0.18479446576	-0.365053562455	0.169189054718	-0.0953184538693	0.509237961609	-0.0432891236815	0.101694862397	0.0550722318258	-0.0254137824227	0.137922645355	-0.0842723096882	0.00703540553036	0.00546521587664	0.0425574331449	0.194477890819	-0.0291567558384	0.00827636678449	0.214869207425	0.00490970625824	0.243556159118	29.2900761446	61.9476012794	14.4299400922
7	0.154726866885	-0.0398284782253	-0.325829696867	0.495284592827	0.238120431522	0.722531508961	0.22919412774	-0.189060358649	0.324884440097	0.126980127903	-0.187752247879	0.119502431533	0.0689138025627	0.0390174640636	0.0755242014784	0.203322455464	-0.073876918676	0.0104210336939	0.230106044969	-0.0232367312008	0.218384225808	25.9784120587	62.7523253546	24.7702242276

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 69 through 110 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 111 through 145 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 146 through 187 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 188 through 202 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 70 through 110 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 111 through 145 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 146 through 204 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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