PDB-8bt6: Crystal structure of Toxoplasma gondii glideosome-associated connector

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bt6

タイトル

Crystal structure of Toxoplasma gondii glideosome-associated connector

要素

Putative anonymous antigen-1

キーワード

PROTEIN BINDING / actin-binding protein / armadillo repeat / solenoid / pleckstrin-homology domain

機能・相同性

Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / ACETATE ION / : / Putative anonymous antigen-1

機能・相同性情報

生物種

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.33 Å

データ登録者

Hung, Y.F. / Kursula, I.

資金援助

フィンランド,

ノルウェー, 4件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Toxoplasma gondii glideosome-associated connector suggests a role as an elastic element to assist myosin A in generating force for gliding motility
著者: Hung, Y.F. / Chen, Q. / Pires, I. / Rosenthal, P.B. / Kursula, I.

履歴

登録	2022年11月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bt6.cif.gz	1.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bt6.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bt6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bt6_validation.pdf.gz	450.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bt6_full_validation.pdf.gz	490.2 KB	表示
XML形式データ	8bt6_validation.xml.gz	84 KB	表示
CIF形式データ	8bt6_validation.cif.gz	112.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/8bt6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/8bt6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	16257C 16258C 16259C 16260C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (3) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (2) #99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Putative anonymous antigen-1

ヘテロ分子

292 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.399, 146.661, 185.918
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Putative anonymous antigen-1 分子量: 291638.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 遺伝子: TGPRC2_312630 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A151HKA5
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.66 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Tris, pH 8.4, 1.4 M potassium sodium tartrate, 50 mM magnesium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.33→47.33 Å / Num. obs: 141753 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.5 % / B_iso Wilson estimate: 55.78 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 2.33→2.39 Å / Num. unique obs: 10315 / CC_1/2: 0.53

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20_4459	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
HKL2Map		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.33→47.33 Å / SU ML: 0.4152 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.3302
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2718	7086	5 %
R_work	0.2294	134609	-
obs	0.2315	141695	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 78.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.33→47.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19955	0	6	62	20023

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0023	20240
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5269	27430
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0336	3236
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0042	3589
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.764	7475

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.33-2.36	0.48	229	0.4252	4361	X-RAY DIFFRACTION	98.86
2.36-2.38	0.4586	236	0.4052	4484	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.38-2.41	0.4364	233	0.3871	4441	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.41-2.44	0.4116	235	0.381	4459	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.44-2.48	0.416	233	0.3669	4420	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.48-2.51	0.4246	233	0.3594	4416	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.51-2.55	0.3735	234	0.3467	4460	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.55-2.58	0.3507	236	0.3277	4475	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.58-2.62	0.3657	233	0.3244	4420	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.62-2.67	0.3986	234	0.3078	4457	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.67-2.71	0.3201	236	0.3039	4475	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.71-2.76	0.3706	234	0.3074	4446	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.76-2.82	0.4029	234	0.325	4456	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.82-2.87	0.3478	234	0.3169	4446	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.87-2.94	0.3789	234	0.3084	4447	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.94-3	0.3299	237	0.2947	4501	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3-3.08	0.3764	235	0.2876	4455	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.08-3.16	0.3636	235	0.2804	4476	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.16-3.26	0.3343	236	0.2798	4473	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.26-3.36	0.3252	236	0.2689	4493	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.36-3.48	0.2978	235	0.26	4465	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.48-3.62	0.291	237	0.2398	4496	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.62-3.78	0.2539	237	0.2155	4507	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.78-3.98	0.2373	237	0.2022	4496	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.98-4.23	0.2132	239	0.1915	4546	X-RAY DIFFRACTION	100
4.23-4.56	0.2214	238	0.174	4510	X-RAY DIFFRACTION	100
4.56-5.02	0.2217	240	0.1741	4563	X-RAY DIFFRACTION	100
5.02-5.74	0.2529	240	0.1908	4556	X-RAY DIFFRACTION	100
5.74-7.23	0.2232	243	0.1992	4626	X-RAY DIFFRACTION	99.98
7.23-47.33	0.1824	253	0.1593	4783	X-RAY DIFFRACTION	99.72

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6681035611	0.298035742748	-0.21468828577	0.612792014339	-0.0922541493231	0.594099802025	-0.0451000553487	0.209881296065	-0.18332482329	-0.0609866021821	0.0267732912519	-0.0210003931869	0.00468459656872	-0.137304079548	0.0210336776055	0.421659540343	0.0244502528617	-0.00657123281158	0.78857164853	0.026966147942	0.521552458787	25.3303427685	54.781047275	55.3200315853
2	1.33447787004	-0.165882696613	-0.202834797161	0.13683692583	-0.0818136905283	-0.0890196709383	0.161038362713	0.337385057704	-0.225587330905	-0.0916185916802	-0.106291331449	-0.0607293558558	-0.0309013401073	0.0298674679901	-0.0505415908753	0.604694092887	0.115110784672	-0.0269885087368	0.765347644473	0.0238191434246	0.51160412691	69.1891516506	73.8591880892	18.528855508
3	1.20270591669	0.262099779981	0.0135481065782	0.773162186795	-0.026721642902	0.889972623427	-0.0305617399194	-0.0270500222739	-0.138543480903	0.0344290878824	0.136203247802	-0.101760951335	0.0906328194394	0.228931728492	-0.0862232101878	0.386218726967	0.0690266494378	-0.0147265405407	0.751308177644	0.0487276210182	0.583682654398	75.131734361	50.6355422637	69.7378547833

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 7 through 1381 )	7 - 1381	1 - 1375
2	2	chain 'A' and (resid 1382 through 2064 )	1382 - 2064	1376 - 2058
3	3	chain 'A' and (resid 2065 through 2639 )	2065 - 2639	2059 - 2633

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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