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- PDB-8bry: Room-temperature structure of Pedobacter heparinus N-acetylglucos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bry
タイトルRoom-temperature structure of Pedobacter heparinus N-acetylglucosamine 2-epimerase at atmospheric pressure
要素N-acylglucosamine 2-epimerase
キーワードISOMERASE / HPMX / high-pressure macromolecular crystallography / sapphire capillary / room temperature / sialic acid synthesis / (alpha/alpha)6 barrel
機能・相同性N-acylglucosamine 2-epimerase / N-acylglucosamine 2-epimerase activity / N-acylglucosamine 2-epimerase/Cellobiose 2-epimerase / N-acylglucosamine 2-epimerase (GlcNAc 2-epimerase) / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / carbohydrate metabolic process / PHOSPHATE ION / N-acylglucosamine 2-epimerase
機能・相同性情報
生物種Pedobacter heparinus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Lieske, J. / Saouane, S. / Assmann, M. / Zaun, H. / Kuballa, J. / Meents, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and Research031B0405A ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: High-pressure macromolecular crystallography to explore the conformational space of proteins
著者: Lieske, J. / Saouane, S. / Guenther, S. / Reinke, P.Y.A. / Falke, S. / Ewert, W. / Meyer, J. / Pakendorf, T. / Reime, B. / Burkhardt, A. / Crosas, E. / Hakanpaeae, J. / Stachnik, K. / Sieg, J. ...著者: Lieske, J. / Saouane, S. / Guenther, S. / Reinke, P.Y.A. / Falke, S. / Ewert, W. / Meyer, J. / Pakendorf, T. / Reime, B. / Burkhardt, A. / Crosas, E. / Hakanpaeae, J. / Stachnik, K. / Sieg, J. / Rarey, M. / Assmann, M. / Zaun, H. / Kuballa, J. / Chapman, H.N. / Meents, A.
履歴
登録2022年11月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acylglucosamine 2-epimerase
B: N-acylglucosamine 2-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,9996
ポリマ－97,7382
非ポリマー2614
水8,503472
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3690 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area29500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.945, 94.626, 82.465
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.530, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 N-acylglucosamine 2-epimerase


分子量: 48868.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pedobacter heparinus (バクテリア)
遺伝子: Phep_3251 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C6Y403
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.57 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 12.6 mg/ml protein in 20 mM sodium phosphate buffer pH 7.5 were mixed (4+2 ul) with 0.1 M sodium cacodylate buffer pH 5.0, 0.35 M sodium acetate and 26% PEG 8000. Crystals grew at room temperature in 5-7 days.
圧: 101.325 kPa

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データ収集

回折Ambient environment: air / Ambient pressure: 101.325 kPa / 平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.477 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月15日
回折測定Specimen support: kapton loop
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.477 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→17.62 Å / Num. obs: 135935 / % possible obs: 99.67 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 20.38 Å2 / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.176 / Rpim(I) all: 0.07439 / Rrim(I) all: 0.1914 / Net I/σ(I): 5.83
反射 シェル解像度: 1.5→1.554 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.755 / Mean I/σ(I) obs: 0.89 / Num. unique obs: 13529 / CC1/2: 0.495 / CC star: 0.814 / Rpim(I) all: 0.7352 / Rrim(I) all: 1.905 / % possible all: 99.29
Cell measurement圧: 101.325 kPa

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18-3855_9999精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GZ6

2gz6


解像度: 1.5→17.62 Å / SU ML: 0.1743 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.4047
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1637 1306 0.96 %
Rwork0.1536 134539 -
obs0.1537 135845 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→17.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6417 0 12 472 6901
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00836907
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0439404
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0535929
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00691238
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.6921916
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.560.30811450.291814840X-RAY DIFFRACTION99.77
1.56-1.630.26871450.266514956X-RAY DIFFRACTION99.81
1.63-1.720.25241440.236614905X-RAY DIFFRACTION99.91
1.72-1.820.24921450.209814927X-RAY DIFFRACTION99.9
1.82-1.970.22871460.175314964X-RAY DIFFRACTION99.96
1.97-2.160.19811440.152414931X-RAY DIFFRACTION99.96
2.16-2.470.14781460.141514964X-RAY DIFFRACTION99.93
2.47-3.120.13761450.141714979X-RAY DIFFRACTION99.88
3.12-17.620.12291460.123415073X-RAY DIFFRACTION99.31
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.103253073050.784851638661-0.6422178188832.43398489904-0.6687152477752.79828863658-0.000284325091209-0.003430993312970.01475371016750.08932234448470.0482995637674-0.0146146944721-0.04694995119050.121855134014-0.06635168138920.05998873353230.0383558304362-0.01996810650130.141889348649-0.007980892483310.14742030817114.2844319931-15.9133295627.77815997492
25.89228899985-3.13136379845-0.6351417252472.76235063473-1.575965666914.734871240350.08629957455880.3159541247460.184825932006-0.0770862484447-0.09182279463890.0294066896531-0.2364699232920.07007382402370.006318043955390.157477860643-0.0321988985563-0.01758989306970.126371290883-0.04509454504780.2305846801749.66128106858-0.48210113743813.7212903159
30.7201087549610.0364404280491-0.0107293916340.5774265736310.2827802680170.812618979891-0.0217702245398-0.01677916540540.02043043994450.0684245068612-0.03837525646030.07018932716220.063306485651-0.09833232253130.0716313500120.144015778112-0.01350540135520.01843976813790.140140806980.002751703150510.15692630013-7.19710687757-16.969654286210.4494919252
44.401548195430.473505542298-0.5646189273774.68477647527-1.946704121556.477231858220.0014348937281-0.7013420697160.02762678649150.7005469722560.05268481621650.0309402578020.00985367032603-0.0158796621466-0.05391156229760.2132537148550.01501140492890.004038951185350.179663423711-0.003473795680770.1152011861094.22145595972-23.11689956724.3331474048
50.8473770101620.136269784997-0.607394868552.015846013350.1580887726741.544194816950.07159947309490.2574870559760.0930956642525-0.281371792375-0.02037748519920.154625326157-0.212078010392-0.387012580344-0.052565920460.1981213778280.0525077160496-0.05652322285520.3105816334130.04534197894570.199856459911-17.1353936319-9.66381645845-27.3931954578
60.847610766469-0.0681968204218-0.2750055108490.800056280115-0.2634494932261.84118777617-0.03169097991130.1346089278330.0188091773741-0.171973447994-0.0105532947571-0.01734505642850.0469807766993-0.0539731264990.04482081100870.171639923869-0.008795304437030.004965740585470.126708630704-0.005955184844360.118631610572-1.30955581923-21.7004199881-28.2642606056
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 3 through 120 )AA3 - 1201 - 123
22chain 'A' and (resid 121 through 159 )AA121 - 159124 - 165
33chain 'A' and (resid 160 through 377 )AA160 - 377166 - 386
44chain 'A' and (resid 378 through 398 )AA378 - 398387 - 410
55chain 'B' and (resid 4 through 158 )BB4 - 1581 - 158
66chain 'B' and (resid 159 through 397 )BB159 - 397159 - 395

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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