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- PDB-7q7f: Room temperature structure of the Rhodobacter Sphaeroides Photosy... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7q7f | ||||||
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Title | Room temperature structure of the Rhodobacter Sphaeroides Photosynthetic Reaction Center F(M197)H mutant at atmospheric pressure | ||||||
![]() | (Reaction center protein ...) x 3 | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / HPMX / high-pressure macromolecular crystallography / sapphire capillary / room temperature | ||||||
Function / homology | ![]() plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lieske, J. / Guenther, S. / Saouane, S. / Selikhanov, G.K. / Gabdulkhakov, A.G. / Meents, A. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Fixed-target high-pressure macromolecular crystallography Authors: Lieske, J. / Saouane, S. / Guenther, S. / Meyer, J. / Pakendorf, T. / Reime, B. / Burkhardt, A. / Crosas, E. / Hakanpaeae, J. / Stachnik, K. / Sieg, J. / Rarey, M. / Abdellatif, M.H. / ...Authors: Lieske, J. / Saouane, S. / Guenther, S. / Meyer, J. / Pakendorf, T. / Reime, B. / Burkhardt, A. / Crosas, E. / Hakanpaeae, J. / Stachnik, K. / Sieg, J. / Rarey, M. / Abdellatif, M.H. / Gabdulkhakov, A.G. / Selikhanov, G.K. / Chapman, H.N. / Meents, A. #1: ![]() Title: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. Authors: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 631.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 442.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 4.6 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 4.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 36.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 48.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7q75C ![]() 7q76C ![]() 7q77C ![]() 7q78C ![]() 7q79C ![]() 7q7aC ![]() 7q7bC ![]() 7q7dC ![]() 7q7eC ![]() 7q7gC ![]() 7q7hC ![]() 7q7jC ![]() 7q7mC ![]() 7q7nC ![]() 7q7oC ![]() 3v3yS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Reaction center protein ... , 3 types, 3 molecules HLM
#1: Protein | Mass: 26170.078 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 31360.416 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
#3: Protein | Mass: 33876.895 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: F197H, S8T Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
-Non-polymers , 11 types, 178 molecules ![](data/chem/img/LDA.gif)
![](data/chem/img/BPH.gif)
![](data/chem/img/BCL.gif)
![](data/chem/img/OLC.gif)
![](data/chem/img/UQ7.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/SPN.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/BPH.gif)
![](data/chem/img/BCL.gif)
![](data/chem/img/OLC.gif)
![](data/chem/img/UQ7.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/SPN.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-LDA / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-BCL / #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-UQ7 / | #9: Chemical | ChemComp-FE / | #10: Chemical | #11: Chemical | ChemComp-SPN / | #12: Chemical | ChemComp-CIT / | #13: Chemical | ChemComp-CL / | #14: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.42 Å3/Da / Density % sol: 64 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: batch mode Details: 20-25 mg/ml protein solution was mixed 1:1 with lipid sponge phase. The mixture was filled into a sealed plastic tip covered with an excess amount of 1 M trisodium citrate and incubated in ...Details: 20-25 mg/ml protein solution was mixed 1:1 with lipid sponge phase. The mixture was filled into a sealed plastic tip covered with an excess amount of 1 M trisodium citrate and incubated in the dark at 289 K for 1 week. Pressure: 101.325 kPa |
-Data collection
Diffraction | Ambient pressure: 101.325 kPa / Mean temperature: 295 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 2M / Detector: PIXEL / Date: Oct 6, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.477 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.75→47.07 Å / Num. obs: 33826 / % possible obs: 99.77 % / Redundancy: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 49.57 Å2 / CC1/2: 0.976 / CC star: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.414 / Rpim(I) all: 0.128 / Rrim(I) all: 0.435 / Net I/σ(I): 5.13 |
Reflection shell | Resolution: 2.75→2.848 Å / Redundancy: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 2.351 / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / Num. unique obs: 3326 / CC1/2: 0.355 / CC star: 0.724 / Rpim(I) all: 0.751 / Rrim(I) all: 2.475 / % possible all: 99.61 |
Cell measurement | Pressure: 101.325 kPa |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3V3Y Resolution: 2.75→47.07 Å / SU ML: 0.3284 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.1931 / Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 56.02 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.75→47.07 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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