PDB-7q78: Room temperature structure of RNase A at 72 MPa helium gas pressu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q78

タイトル

Room temperature structure of RNase A at 72 MPa helium gas pressure in a sapphire capillary

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

HYDROLASE / HPMX / high-pressure macromolecular crystallography / sapphire capillary

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Lieske, J. / Guenther, S. / Saouane, S. / Meents, A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fixed-target high-pressure macromolecular crystallography
著者: Lieske, J. / Saouane, S. / Guenther, S. / Meyer, J. / Pakendorf, T. / Reime, B. / Burkhardt, A. / Crosas, E. / Hakanpaeae, J. / Stachnik, K. / Sieg, J. / Rarey, M. / Abdellatif, M.H. / ...

履歴

登録	2021年11月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb7q78.ent.gz	69.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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XML形式データ	7q78_validation.xml.gz	7.9 KB	表示
CIF形式データ	7q78_validation.cif.gz	10.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/7q78 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/7q78	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7q75C 7q76C 7q77C 7q79C 7q7aC 7q7bC 7q7dC 7q7eC 7q7fC 7q7gC 7q7hC 7q7jC 7q7mC 7q7nC 7q7oC 2e3wS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.280, 64.280, 65.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3 #4: x-y,-y,-z+1/3 #5: -x,-x+y,-z+2/3 #6: y,x,-z

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: RNASE1, RNS1 / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, pancreatic ribonuclease
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.52 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 10-20 mg/ml protein dissolved in 0.1 M sodium acetate pH 4.5 was mixed in a 1:1 ratio with precipitant containing 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 1.2-1.5 M ammonium sulphate and 2-2.5 M sodium ...詳細: 10-20 mg/ml protein dissolved in 0.1 M sodium acetate pH 4.5 was mixed in a 1:1 ratio with precipitant containing 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 1.2-1.5 M ammonium sulphate and 2-2.5 M sodium chloride and equilibrated for one to two days at room-temperature. 圧: 101.325 kPa

結晶

マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.52 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 10-20 mg/ml protein dissolved in 0.1 M sodium acetate pH 4.5 was mixed in a 1:1 ratio with precipitant containing 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 1.2-1.5 M ammonium sulphate and 2-2.5 M sodium ...
圧: 101.325 kPa

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データ収集

回折	Ambient environment: gaseous He / Ambient pressure: 72000 kPa / 平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.477 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月26日
回折測定	Specimen support: sapphire capillary
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.477 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.52→27.83 Å / Num. obs: 24342 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 8.8 % / B_iso Wilson estimate: 19.94 Å² / CC_1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.1495 / R_pim(I) all: 0.0519 / Net I/σ(I): 8.24
反射シェル	解像度: 1.52→1.574 Å / R_merge(I) obs: 2.602 / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / Num. unique obs: 2416 / CC_1/2: 0.327 / CC star: 0.702 / R_pim(I) all: 0.917 / % possible all: 99.92
Cell measurement	圧: 72000 kPa

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13-2998_9999	精密化
Coot		モデル構築
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2E3W

2e3w

解像度: 1.52→27.83 Å / SU ML: 0.2019 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.6066 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1826	1916	7.87 %
R_work	0.1533	22423	-
obs	0.1556	24339	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.52→27.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	951	0	14	80	1045

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0151	1072
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2933	1470
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0662	162
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0087	192
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.7054	702

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.52-1.56	0.3645	135	0.3151	1569	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.56-1.6	0.2992	139	0.2832	1588	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.6-1.65	0.2722	137	0.2654	1570	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.7	0.2719	136	0.2351	1578	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.76	0.223	133	0.2081	1584	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.83	0.2285	137	0.1884	1588	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.92	0.213	132	0.1695	1585	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-2.02	0.1709	138	0.1368	1600	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.14	0.1623	133	0.1263	1608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.31	0.1527	134	0.1342	1592	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.31-2.54	0.1799	134	0.1413	1607	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.54-2.91	0.1955	138	0.1503	1613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.66	0.1504	145	0.1407	1626	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.66-27.83	0.1606	145	0.1308	1715	X-RAY DIFFRACTION	99.89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.120815207854	-0.134541778852	-0.128695171808	0.692716894624	-0.102516091661	0.715532962036	-0.00618700662881	0.00511314039518	0.154724858651	-0.147115810113	0.0329927566263	0.345014569588	-0.0354594662391	-0.410890311189	-0.00014394677747	0.184214000133	-0.0320507982481	-0.00888706388298	0.177323125732	0.000536796470612	0.204480389882	19.467268454	-15.7319867293	2.74653736
2	0.368958764087	-0.267088049031	0.239244166505	0.518647526549	0.132548192878	0.329148032888	-0.0434661702696	0.228189629766	0.0206173256399	-0.276344967771	-0.0430922437756	-0.535132852827	-0.266277265496	0.569860306794	0.000772307083435	0.288589202712	-0.0532855367169	0.0426418900625	0.334283114231	0.00043863439813	0.246843615972	35.550154231	-9.5872478947	-2.97467313276
3	0.201533727245	0.0458976361329	0.0444168875771	0.677924309951	-0.0832562193884	0.131846412935	-0.122788561693	0.42303011414	-0.077923550667	-0.721679072926	0.257674088587	-0.234393893838	0.204408286387	0.113641623625	-0.000468893956693	0.312034030598	-0.0638635965788	-0.014769946154	0.207007980898	-0.00766125900538	0.173092797824	28.1652509669	-7.05437254465	-7.45841240548
4	1.28314648173	1.29727336346	-0.962399871543	2.85785200983	0.230024809166	1.57780700767	-0.234544016614	0.191036937971	0.0882960515414	-0.328084470916	0.16973385702	0.488098200588	-0.0524438162926	-0.344526704474	0.0113943664926	0.210150679356	-0.0438601257038	-0.05840105562	0.196427648635	0.000251360124641	0.23665081465	22.6542563554	-7.75731547101	-2.42243353222
5	1.19089856327	1.25186958135	0.172005670235	1.4639168506	0.0461635829845	1.37947959779	-0.0549836462616	-0.11860253226	0.0923351788371	0.0728984122247	-0.0844668113684	0.194340441722	0.0147453716758	-0.308683233293	-8.09804260694E-5	0.211563639513	0.0282221821421	-0.0309279660377	0.208553343099	-0.0186267348552	0.195451495324	25.1863022865	-12.0126130266	17.0203274934
6	0.632090462793	0.404193080763	-0.228959639304	0.282447868495	0.0201626298317	0.7681861309	-0.139206694292	-0.0728858802262	0.044950564991	0.0484297915009	0.0319452778208	-0.0896820459786	-0.0779345201044	-0.0625263981834	8.92239293505E-5	0.20069508312	-0.00123960254656	-0.0202258026428	0.150059641312	-0.00700820002184	0.186935192568	30.4875010951	-5.85194089868	8.96577046404
7	2.18288005187	-0.341355980725	-0.162854025983	0.440152188495	1.06054659284	2.78375709053	-0.247926820739	1.26094907481	1.08146348153	-1.35887318188	0.395531108036	1.24024891588	-0.640366649085	-0.293458550171	0.6900369459	0.552628309749	-0.0453062088631	-0.239768521519	0.407652969873	0.137419260857	0.423980537997	20.1005528963	3.1152141754	-10.4918428618
8	0.0855016414137	0.131981186327	-0.10623157536	0.281877394747	-0.341072469281	0.443127562309	-0.0385984051499	0.00394792853923	0.0124435563935	0.031495521482	-0.0252610810911	-0.1062656464	-0.168866439704	0.0823345733174	0.00014240555821	0.233811428914	-0.0246697644069	-0.0294297140918	0.174660258968	0.00103937342046	0.191869484392	31.5642903679	-3.95073446699	6.02103164016
9	0.138499855233	-0.0913754094079	0.0157865025787	0.223412952487	0.195110810367	0.367033711688	0.0510723443245	-0.125110011751	-0.2201662771	0.104189759821	-0.239296491877	0.372331096343	0.691634587	-0.518119186535	-0.0043247541647	0.299856434701	-0.0403330626123	0.0116111171598	0.259919034504	-0.0041071347146	0.246576516683	20.4597576573	-19.3621870508	14.2428852201
10	0.483275523799	0.0537347740914	-0.0103452295397	0.103701663961	0.0283176296174	0.270425185272	-0.167239699714	-0.429499786605	0.829198409748	-0.179183956757	-0.213552399545	0.268641544533	-0.499943196481	-0.0240500338999	-1.13463153398E-5	0.254117355146	0.050112113349	-0.0429316102446	0.248778847621	-0.00542535049466	0.266582199427	24.6159505459	-6.2071373169	11.2686108828

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 12 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 13 through 24 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 25 through 32 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 33 through 50 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 51 through 71 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 72 through 86 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 87 through 96 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 97 through 109 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 110 through 118 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 119 through 124 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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