PDB-8bre: 1,6-anhydro-n-actetylmuramic acid kinase (AnmK)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bre

タイトル

1,6-anhydro-n-actetylmuramic acid kinase (AnmK)

要素

Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase

キーワード

TRANSFERASE / Anhydro-sugar kinase Phosphotransferase ATP binding

機能・相同性

機能・相同性情報

anhydro-N-acetylmuramic acid kinase / 1,6-anhydro-N-acetyl-beta-muramic acid catabolic process / amino sugar metabolic process / phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor / peptidoglycan turnover / kinase activity / phosphorylation / response to antibiotic / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Jimenez-Faraco, E. / Hermoso, J.A.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Catalytic process of anhydro-N-acetylmuramic acid kinase from Pseudomonas aeruginosa.
著者: El-Araby, A.M. / Jimenez-Faraco, E. / Feltzer, R. / Martin-Garcia, J.M. / Karri, B.R. / Ramachandran, B. / Kim, C. / Fisher, J.F. / Hermoso, J.A. / Mobashery, S.

履歴

登録	2022年11月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bre.cif.gz	361 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bre.ent.gz	224.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bre.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bre_validation.pdf.gz	439.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bre_full_validation.pdf.gz	446.5 KB	表示
XML形式データ	8bre_validation.xml.gz	27.5 KB	表示
CIF形式データ	8bre_validation.cif.gz	38.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/8bre ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/8bre	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8c0uC 8cp9C 8cpbC 3qbxS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase

B: Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase

ヘテロ分子

79 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation, sedimentation velocity analytical ultracentrifugation (SV-AUC)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.093, 90.093, 178.378
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase / AnhMurNAc kinase 分子量: 39473.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: GAGAG tag in N-terminal (unobserved, disordered). These five residues should be renumbered from -4 to 0. 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: anmK, PA0666 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9I5Q5, anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 8% PEG 8000, 0.2M litium chloride, 0.05M magnesium sulfate.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALBA

/ ビームライン: XALOC / 波長: 0.979264 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979264 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.5749
pseudo-merohedral	2	2	-K, -H, -L	2	0.4251

反射

解像度: 2→47.292 Å / Num. obs: 55214 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.1 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 22.5

反射シェル

解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 20.5 % / R_merge(I) obs: 1.688 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4056 / CC_1/2: 0.667 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3QBX

3qbx

解像度: 2→47.292 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / WR_factor R_free: 0.2 / WR_factor R_work: 0.166 / SU B: 5.139 / SU ML: 0.085 / Average fsc free: 0.9678 / Average fsc work: 0.9789 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.03 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2121	2667	4.834 %	RANDOM
R_work	0.1776	52500	-	-
all	0.179	-	-	-
obs	-	55167	99.978 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.715 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.319 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.319 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.638 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→47.292 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5413	0	2	173	5588

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	5541
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.016	5033
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.04	1.64	7542
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.473	1.557	11705
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.299	5	711
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.367	5	49
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.426	10	849
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.452	10	250
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	829
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6509
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1091
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	4678
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	2700
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	2908
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	230
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.141	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.126	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.437	4.66	2853
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.437	4.659	2853
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.525	6.984	3561
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.524	6.983	3562
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.409	4.952	2688
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.408	4.951	2689
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.522	7.323	3981
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.522	7.322	3982
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.524	60.694	6068
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.487	60.512	6043

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.471	188	0.397	3862	X-RAY DIFFRACTION	99.8521
2.052-2.108	0.452	192	0.313	3775	X-RAY DIFFRACTION	100
2.108-2.169	0.37	155	0.263	3695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.169-2.236	0.309	165	0.245	3592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.236-2.309	0.218	174	0.191	3460	X-RAY DIFFRACTION	100
2.309-2.39	0.212	170	0.195	3351	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.48	0.257	155	0.193	3230	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.582	0.223	132	0.176	3125	X-RAY DIFFRACTION	100
2.582-2.696	0.214	139	0.18	3008	X-RAY DIFFRACTION	100
2.696-2.828	0.246	158	0.184	2833	X-RAY DIFFRACTION	100
2.828-2.98	0.208	149	0.187	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.161	0.241	167	0.189	2506	X-RAY DIFFRACTION	100
3.161-3.379	0.201	128	0.194	2430	X-RAY DIFFRACTION	100
3.379-3.649	0.211	135	0.183	2212	X-RAY DIFFRACTION	100
3.649-3.997	0.164	79	0.164	2102	X-RAY DIFFRACTION	100
3.997-4.468	0.183	112	0.141	1867	X-RAY DIFFRACTION	100
4.468-5.157	0.184	99	0.139	1640	X-RAY DIFFRACTION	100
5.157-6.31	0.21	78	0.16	1393	X-RAY DIFFRACTION	99.9321
6.31-8.902	0.14	53	0.131	1090	X-RAY DIFFRACTION	100
8.902-47.292	0.173	39	0.143	614	X-RAY DIFFRACTION	99.2401

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1895	0.0931	-0.1572	0.4254	-0.0733	0.1432	-0.0055	-0.058	-0.0051	0.1275	-0.0252	-0.0136	-0.0067	0.0476	0.0307	0.0579	0.0054	-0.033	0.0342	-0.0236	0.0898	13.3127	18.4269	0.8601
2	0.6763	0.21	-0.1972	0.1562	-0.1296	0.1116	-0.0546	0.2103	-0.0075	-0.0543	0.0426	0.0079	0.0381	-0.0464	0.0119	0.0422	0.0004	-0.0442	0.0813	-0.0276	0.0852	22.8975	24.2113	-39.3492

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|1-363 }	A	1 - 363
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|1-363 }	B	1 - 363

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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