PDB-8bqo: Structure of E.coli Class 2 L-asparaginase EcAIII, mutant M200I

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bqo

タイトル

Structure of E.coli Class 2 L-asparaginase EcAIII, mutant M200I

要素

(Isoaspartyl peptidase subunit ...) x 2

キーワード

HYDROLASE / L-asparaginase / isoaspartylpeptidase / mutation / Ntn-hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-aspartyl-peptidase / asparaginase activity / beta-aspartyl-peptidase activity / protein autoprocessing / hydrolase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Sciuk, A. / Ruszkowski, M. / Jaskolski, M. / Loch, J.I.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: The effects of nature-inspired amino acid substitutions on structural and biochemical properties of the E. coli L-asparaginase EcAIII.
著者: Janicki, M. / Sciuk, A. / Zielezinski, A. / Ruszkowski, M. / Ludwikow, A. / Karlowski, W.M. / Jaskolski, M. / Loch, J.I.

履歴

登録	2022年11月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bqo.cif.gz	130.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bqo.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bqo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bqo_validation.pdf.gz	459.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bqo_full_validation.pdf.gz	461.4 KB	表示
XML形式データ	8bqo_validation.xml.gz	24.3 KB	表示
CIF形式データ	8bqo_validation.cif.gz	34.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/8bqo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/8bqo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bi3C 8bkfC 8bp9C 8c0iC 8c23C 2zalS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Isoaspartyl peptidase subunit alpha

BBB: Isoaspartyl peptidase subunit beta

CCC: Isoaspartyl peptidase subunit alpha

DDD: Isoaspartyl peptidase subunit beta

ヘテロ分子

67.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.923, 77.671, 148.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
Isoaspartyl peptidase subunit ... , 2種, 4分子 AAACCCBBBDDD

#1: タンパク質	Isoaspartyl peptidase subunit alpha 分子量: 19013.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: iaaA, spt, ybiK, b0828, JW0812 / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold / 参照: UniProt: P37595
#2: タンパク質	Isoaspartyl peptidase subunit beta 分子量: 14410.107 Da / 分子数: 2 / Mutation: M200I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: iaaA, spt, ybiK, b0828, JW0812 / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold / 参照: UniProt: P37595

-
非ポリマー , 4種, 239分子

#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20-30% PEG4000,10-15% PEG400, 0.2M MgCl2 in 100mM Tris-HCl pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: Agilent SuperNova / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年7月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→17.21 Å / Num. obs: 35616 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 2.9 % / CC_1/2: 0.983 / R_merge(I) obs: 0.142 / R_rim(I) all: 0.169 / Net I/σ(I): 5.2
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.663 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 2887 / CC_1/2: 0.514 / R_rim(I) all: 0.838 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ZAL

2zal

解像度: 2.1→17.209 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 5.328 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.179

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2315	1064	2.991 %
R_work	0.1823	34515	-
all	0.184	-	-
obs	-	35579	97.453 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.123 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.273 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→17.209 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4244	0	15	234	4493

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	4341
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	4176
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.523	1.63	5885
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.354	1.571	9582
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.896	5	590
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.494	21.94	201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.569	15	692
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.831	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	580
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5036
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	948
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	906
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	4200
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.156	0.2	2141
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	2131
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	238
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.058	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.071	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.139	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.225	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.254	1.811	2345
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.253	1.81	2344
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.984	2.708	2928
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.984	2.709	2929
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.811	2.122	1996
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.81	2.123	1997
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.896	3.078	2953
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.895	3.079	2954
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.172	22.512	4781
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.144	22.47	4761

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.155	0.232	75	0.227	2537	X-RAY DIFFRACTION	98.6032
2.155-2.214	0.299	65	0.228	2499	X-RAY DIFFRACTION	99.0726
2.214-2.278	0.309	71	0.205	2438	X-RAY DIFFRACTION	99.6426
2.278-2.348	0.282	80	0.213	2358	X-RAY DIFFRACTION	99.6322
2.348-2.425	0.23	73	0.199	2304	X-RAY DIFFRACTION	99.6646
2.425-2.51	0.259	69	0.19	2228	X-RAY DIFFRACTION	99.6097
2.51-2.604	0.174	69	0.188	2131	X-RAY DIFFRACTION	99.8185
2.604-2.71	0.276	74	0.192	2052	X-RAY DIFFRACTION	99.5318
2.71-2.831	0.225	77	0.193	1976	X-RAY DIFFRACTION	99.2747
2.831-2.969	0.249	61	0.178	1925	X-RAY DIFFRACTION	99.3497
2.969-3.129	0.292	53	0.178	1805	X-RAY DIFFRACTION	98.935
3.129-3.318	0.178	46	0.171	1699	X-RAY DIFFRACTION	97.8139
3.318-3.547	0.248	35	0.181	1569	X-RAY DIFFRACTION	95.0237
3.547-3.83	0.189	40	0.16	1438	X-RAY DIFFRACTION	94.0204
3.83-4.195	0.229	38	0.145	1278	X-RAY DIFFRACTION	90.2606
4.195-4.688	0.204	45	0.143	1138	X-RAY DIFFRACTION	88.9474
4.688-5.41	0.219	32	0.164	1048	X-RAY DIFFRACTION	91.9149
5.41-6.617	0.26	23	0.196	958	X-RAY DIFFRACTION	95.614
6.617-9.321	0.145	26	0.151	768	X-RAY DIFFRACTION	98.2673
9.321-17.209	0.139	12	0.193	366	X-RAY DIFFRACTION	77.1429

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関連情報:EMDBヘッダ

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