[日本語] English
万見
- PDB-8bpa: Cryo-EM structure of the human SIN3B histone deacetylase complex ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bpa
タイトルCryo-EM structure of the human SIN3B histone deacetylase complex at 3.7 Angstrom
要素
  • Histone deacetylase 2
  • Isoform 2 of Paired amphipathic helix protein Sin3b
  • Mortality factor 4-like protein 1
  • PHD finger protein 12
キーワードGENE REGULATION / HDAC / Chromatin / Cell cycle / transcription
機能・相同性
機能・相同性情報


autosome / positive regulation of male mating behavior / protein de-2-hydroxyisobutyrylase activity / protein lysine delactylase activity / negative regulation of dendritic spine development / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / epidermal cell differentiation / histone decrotonylase activity / fungiform papilla formation / NuRD complex ...autosome / positive regulation of male mating behavior / protein de-2-hydroxyisobutyrylase activity / protein lysine delactylase activity / negative regulation of dendritic spine development / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / epidermal cell differentiation / histone decrotonylase activity / fungiform papilla formation / NuRD complex / positive regulation of interleukin-1 production / regulation of cell fate specification / : / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / negative regulation of stem cell population maintenance / histone deacetylase activity, hydrolytic mechanism / ESC/E(Z) complex / histone deacetylase / regulation of stem cell differentiation / behavioral response to ethanol / cellular response to dopamine / cardiac muscle hypertrophy / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / XY body / regulation of double-strand break repair / histone deacetylase activity / protein lysine deacetylase activity / response to caffeine / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / embryonic digit morphogenesis / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / Notch-HLH transcription pathway / Y chromosome / X chromosome / odontogenesis of dentin-containing tooth / Sin3-type complex / eyelid development in camera-type eye / histone deacetylase complex / positive regulation of stem cell population maintenance / NuA4 histone acetyltransferase complex / response to amyloid-beta / dendrite development / positive regulation of proteolysis / progesterone receptor signaling pathway / RNA Polymerase I Transcription Initiation / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / Regulation of MECP2 expression and activity / hair follicle placode formation / response to hyperoxia / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / NF-kappaB binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / cellular response to retinoic acid / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / heat shock protein binding / transcription repressor complex / phosphatidylinositol binding / negative regulation of cell migration / SUMOylation of chromatin organization proteins / Regulation of PTEN gene transcription / transcription corepressor binding / transcription coregulator binding / response to amphetamine / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / response to nicotine / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / response to cocaine / circadian regulation of gene expression / HDACs deacetylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / promoter-specific chromatin binding / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Cytoprotection by HMOX1 / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Negative Regulation of CDH1 Gene Transcription / NoRC negatively regulates rRNA expression / double-strand break repair via homologous recombination / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / histone deacetylase binding / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of tumor necrosis factor production / transcription corepressor activity / nucleosome / heterochromatin formation / negative regulation of neuron projection development / cellular response to heat / HATs acetylate histones / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / chromatin organization / fibroblast proliferation / histone binding / regulation of apoptotic process / response to lipopolysaccharide
類似検索 - 分子機能
PHD finger protein 12, MRG binding domain / PHD finger protein 12, MRG binding domain superfamily / PHD finger protein 12 / PHD finger protein 12 MRG binding domain / Histone deacetylase interacting domain / Sin3, C-terminal / Transcriptional regulatory protein Sin3-like / Sin3 family co-repressor / C-terminal domain of Sin3a protein / Histone deacetylase (HDAC) interacting ...PHD finger protein 12, MRG binding domain / PHD finger protein 12, MRG binding domain superfamily / PHD finger protein 12 / PHD finger protein 12 MRG binding domain / Histone deacetylase interacting domain / Sin3, C-terminal / Transcriptional regulatory protein Sin3-like / Sin3 family co-repressor / C-terminal domain of Sin3a protein / Histone deacetylase (HDAC) interacting / Paired amphipathic helix / Paired amphipathic helix superfamily / Paired amphipathic helix repeat / PAH domain profile. / MRG / MRG domain / MRG, C-terminal domain superfamily / MRG / MRG domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / Histone deacetylase / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / Forkhead-associated (FHA) domain / Chromo-like domain superfamily / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / SMAD/FHA domain superfamily / Ureohydrolase domain superfamily / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Paired amphipathic helix protein Sin3b / Histone deacetylase 2 / PHD finger protein 12 / Mortality factor 4-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Wan, M.S.M. / Muhammad, R. / Koliopolous, M.G. / Alfieri, C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust215458/Z/19/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Mechanism of assembly, activation and lysine selection by the SIN3B histone deacetylase complex.
著者: Mandy S M Wan / Reyhan Muhammad / Marios G Koliopoulos / Theodoros I Roumeliotis / Jyoti S Choudhary / Claudio Alfieri /
要旨: Lysine acetylation in histone tails is a key post-translational modification that controls transcription activation. Histone deacetylase complexes remove histone acetylation, thereby repressing ...Lysine acetylation in histone tails is a key post-translational modification that controls transcription activation. Histone deacetylase complexes remove histone acetylation, thereby repressing transcription and regulating the transcriptional output of each gene. Although these complexes are drug targets and crucial regulators of organismal physiology, their structure and mechanisms of action are largely unclear. Here, we present the structure of a complete human SIN3B histone deacetylase holo-complex with and without a substrate mimic. Remarkably, SIN3B encircles the deacetylase and contacts its allosteric basic patch thereby stimulating catalysis. A SIN3B loop inserts into the catalytic tunnel, rearranges to accommodate the acetyl-lysine moiety, and stabilises the substrate for specific deacetylation, which is guided by a substrate receptor subunit. Our findings provide a model of specificity for a main transcriptional regulator conserved from yeast to human and a resource of protein-protein interactions for future drug designs.
履歴
登録2022年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月10日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月10日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月10日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月10日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月10日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月10日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月10日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月10日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月10日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22025年7月9日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年7月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Isoform 2 of Paired amphipathic helix protein Sin3b
B: Histone deacetylase 2
C: PHD finger protein 12
D: Mortality factor 4-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)336,78011
ポリマ－336,3724
非ポリマー4077
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Isoform 2 of Paired amphipathic helix protein Sin3b / Histone deacetylase complex subunit Sin3b / Transcriptional corepressor Sin3b


分子量: 129547.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIN3B, KIAA0700 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O75182
#2: タンパク質 Histone deacetylase 2 / HD2 / Protein deacylase HDAC2


分子量: 55443.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDAC2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q92769, histone deacetylase, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#3: タンパク質 PHD finger protein 12 / PHD factor 1 / Pf1


分子量: 109841.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHF12, KIAA1523 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96QT6
#4: タンパク質 Mortality factor 4-like protein 1 / MORF-related gene 15 protein / Protein MSL3-1 / Transcription factor-like protein MRG15


分子量: 41540.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MORF4L1, MRG15, FWP006, HSPC008, HSPC061, PP368 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UBU8

-
非ポリマー , 2種, 7分子

#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: SIN3B core complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.15 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 49835 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00510627
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.8214352
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.8741408
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0461534
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061862

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る