PDB-8bp9: Structure of E. coli Class 2 L-asparaginase EcAIII, mutant M200W ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bp9

タイトル

Structure of E. coli Class 2 L-asparaginase EcAIII, mutant M200W (crystal M200W#2)

要素

Isoaspartyl peptidase subunit alpha
Isoaspartyl peptidase subunit beta

キーワード

HYDROLASE / L-asparaginase / isoaspartylpeptidase / mutation / Ntn-hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-aspartyl-peptidase / asparaginase activity / beta-aspartyl-peptidase activity / protein autoprocessing / hydrolase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Sciuk, A. / Jaskolski, M. / Loch, J.I.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: The effects of nature-inspired amino acid substitutions on structural and biochemical properties of the E. coli L-asparaginase EcAIII.
著者: Janicki, M. / Sciuk, A. / Zielezinski, A. / Ruszkowski, M. / Ludwikow, A. / Karlowski, W.M. / Jaskolski, M. / Loch, J.I.

履歴

登録	2022年11月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bp9.cif.gz	204.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bp9.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bp9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bp9_validation.pdf.gz	450.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bp9_full_validation.pdf.gz	451.9 KB	表示
XML形式データ	8bp9_validation.xml.gz	24.1 KB	表示
CIF形式データ	8bp9_validation.cif.gz	34.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/8bp9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/8bp9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bi3C 8bkfC 8bqoC 8c0iC 8c23C 2zalS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Isoaspartyl peptidase subunit alpha

BBB: Isoaspartyl peptidase subunit beta

CCC: Isoaspartyl peptidase subunit alpha

DDD: Isoaspartyl peptidase subunit beta

ヘテロ分子

67.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.974, 74.475, 146.787
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Isoaspartyl peptidase subunit alpha 分子量: 19013.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: iaaA, spt, ybiK, b0828, JW0812 / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold / 参照: UniProt: P37595
#2: タンパク質	Isoaspartyl peptidase subunit beta 分子量: 14483.160 Da / 分子数: 2 / Mutation: M200W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: iaaA, spt, ybiK, b0828, JW0812 / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold / 参照: UniProt: P37595
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20-30% PEG4000, 10-15%PEG400,0.2M MgCl2 in 100 mM Tris-HCl pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: Agilent SuperNova / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2022年10月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→73.4 Å / Num. obs: 61686 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.082 / R_rim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.378 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 3153 / CC_1/2: 0.749 / R_rim(I) all: 0.455 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ZAL

2zal

解像度: 1.7→73.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 5.195 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.108 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2284	1056	1.715 %
R_work	0.1933	60525	-
all	0.194	-	-
obs	-	61581	98.781 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.731 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.327 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.46 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.133 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→73.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4253	0	6	266	4525

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	4432
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.015	4205
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.598	1.631	6031
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.531	1.573	9661
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.953	5	607
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.424	22.153	209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.783	15	698
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.481	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	588
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5227
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	981
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	955
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	4225
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	2217
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	2080
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	244
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.258	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.198	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.277	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.737	0.94	2398
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.737	0.94	2397
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.303	1.407	3012
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.303	1.408	3013
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.946	1.134	2034
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.946	1.135	2035
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.561	1.637	3018
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.561	1.638	3019
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.083	11.902	4973
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.954	11.756	4917

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.7-1.744	0.311	80	0.305	4338	0.305	4515	0.824	0.823	97.8516	0.287
1.744-1.792	0.324	87	0.265	4301	0.267	4431	0.838	0.865	99.0296	0.246
1.792-1.844	0.277	71	0.237	4222	0.238	4318	0.871	0.895	99.421	0.215
1.844-1.901	0.255	64	0.23	4104	0.231	4188	0.897	0.9	99.5224	0.21
1.901-1.963	0.264	94	0.223	3999	0.224	4105	0.893	0.905	99.7077	0.207
1.963-2.032	0.283	64	0.215	3847	0.216	3921	0.878	0.917	99.745	0.201
2.032-2.108	0.267	59	0.212	3723	0.213	3789	0.908	0.928	99.8153	0.199
2.108-2.194	0.246	65	0.207	3604	0.208	3679	0.919	0.936	99.7282	0.198
2.194-2.292	0.26	54	0.185	3458	0.186	3524	0.914	0.943	99.6595	0.176
2.292-2.404	0.225	59	0.181	3292	0.182	3368	0.925	0.941	99.4952	0.173
2.404-2.533	0.176	53	0.189	3160	0.188	3227	0.952	0.938	99.5662	0.179
2.533-2.687	0.205	44	0.178	2992	0.178	3055	0.937	0.947	99.3781	0.172
2.687-2.872	0.223	52	0.179	2805	0.18	2876	0.927	0.945	99.3394	0.173
2.872-3.102	0.217	42	0.182	2606	0.183	2683	0.941	0.946	98.6955	0.179
3.102-3.397	0.175	39	0.175	2415	0.175	2499	0.966	0.957	98.1993	0.177
3.397-3.797	0.155	41	0.157	2131	0.157	2244	0.967	0.969	96.7914	0.162
3.797-4.383	0.186	25	0.137	1915	0.138	2019	0.967	0.977	96.0872	0.144
4.383-5.363	0.222	31	0.153	1630	0.154	1717	0.959	0.976	96.7385	0.163
5.363-7.564	0.142	19	0.191	1301	0.19	1367	0.964	0.958	96.5618	0.193
7.564-73.393	0.274	13	0.181	682	0.183	815	0.93	0.961	85.2761	0.19

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2147	-0.0676	0.0228	0.127	0.0126	0.2096	-0.0272	0.0377	-0.0293	-0.009	-0.0066	-0.0159	0.002	0.0157	0.0338	0.0082	-0.0081	0.0083	0.0133	-0.0016	0.0195	-3.3494	-4.322	12.6772
2	0.2218	0.0144	-0.1576	0.1226	-0.0444	0.1946	0.0153	0.0271	0.0059	0.0024	-0.0251	0.0081	-0.0051	-0.0407	0.0098	0.0017	-0.0009	0.0016	0.0205	-0.0084	0.0222	-17.8812	-0.3328	16.9421
3	0.0762	0.0257	-0.046	0.3055	0.0779	0.0938	-0.0056	0.0109	0.0238	0.0489	0.0076	-0.0526	0.0189	-0.0116	-0.002	0.009	0	-0.0121	0.0027	-0.003	0.0475	-2.933	4.6046	46.0986
4	0.0099	-0.0098	-0.0184	0.2627	-0.0389	0.2707	-0.01	-0.0012	0.013	0.023	-0.006	0.0165	0.0647	-0.0386	0.016	0.0195	-0.0101	0.007	0.0079	-0.0113	0.032	-16.7864	-1.2658	42.8901

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	4 - 158
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	179 - 313
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CCC	2 - 160
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DDD	179 - 312

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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