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- PDB-8bp6: Structure of MHC-class I related molecule MR1 with bound M3Ade -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bp6
タイトルStructure of MHC-class I related molecule MR1 with bound M3Ade
要素Beta-2-microglobulin,Major histocompatibility complex class I-related gene protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Major histocompatibility complex class I-related gene protein / antigen / immnun system
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen ...positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / protein refolding / defense response to Gram-negative bacterium / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-R8F / Beta-2-microglobulin / Major histocompatibility complex class I-related gene protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Berloffa, G. / Jakob, R.P. / Maier, T.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The carbonyl nucleoside adduct M3Ade stabilizes MR1 and activates MR1-restricted self- and tumor-reactive T cells
著者: Chancellor, A. / Berloffa, G. / Jakob, R.P. / Maier, T. / de Libero, G.
履歴
登録2022年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-2-microglobulin,Major histocompatibility complex class I-related gene protein
B: Beta-2-microglobulin,Major histocompatibility complex class I-related gene protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,2044
ポリマ－88,6092
非ポリマー5952
水1448
1
A: Beta-2-microglobulin,Major histocompatibility complex class I-related gene protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6022
ポリマ－44,3041
非ポリマー2971
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-2-microglobulin,Major histocompatibility complex class I-related gene protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6022
ポリマ－44,3041
非ポリマー2971
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.352, 143.534, 77.029
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Beta-2-microglobulin,Major histocompatibility complex class I-related gene protein / MHC class I-related gene protein / Class I histocompatibility antigen-like protein


分子量: 44304.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, MR1 / プラスミド: pET23d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769, UniProt: Q95460
#2: 化合物 ChemComp-R8F / (1R,5S)-8-(9H-purin-6-yl)-2-oxa-8-azabicyclo[3.3.1]nona-3,6-diene-4,6-dicarbaldehyde / (1~{R},5~{S})-8-(7~{H}-purin-6-yl)-2-oxa-8-azabicyclo[3.3.1]nona-3,6-diene-4,6-dicarbaldehyde


分子量: 297.269 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H11N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Morpheus-F9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99988 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99988 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→49.284 Å / Num. obs: 29076 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 79.1 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 1.365 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2916 / CC1/2: 0.519 / Rpim(I) all: 0.56

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GUP

4gup


解像度: 2.8→49.284 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 38.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2467 1239 4.77 %
Rwork0.2369 --
obs0.2361 26017 98.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→49.284 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6148 0 0 8 6156
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066342
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7788622
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7273718
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047886
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041106
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.90840.42911450.40932720X-RAY DIFFRACTION98
2.9084-3.04080.4641260.41042688X-RAY DIFFRACTION96
3.0408-3.20110.34311360.33382790X-RAY DIFFRACTION99
3.2011-3.40160.30681430.27722756X-RAY DIFFRACTION100
3.4016-3.66420.25121540.24342781X-RAY DIFFRACTION100
3.6642-4.03270.24171470.22552761X-RAY DIFFRACTION100
4.0327-4.61590.20051570.19012765X-RAY DIFFRACTION98
4.6159-5.81410.22061370.19762788X-RAY DIFFRACTION100
5.8141-49.2840.251440.2282787X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.61070.3111-0.50060.2223-0.4321.0340.05610.0713-0.0981-0.38760.06980.08230.22810.103600.814-0.0776-0.01290.8567-0.06010.7943-5.8033-2.857113.6183
20.448-0.11080.51580.03620.00611.5037-0.05770.015-0.0168-0.00670.0490.1059-0.20.065300.8529-0.03760.05660.78580.01810.7998-16.63247.191-1.0692
30.07130.0078-0.08190.7761-0.70230.6961-0.0947-0.0297-0.07410.16370.08880.1132-0.407-0.195501.0430.06360.03630.86840.05410.9894-23.7554-12.547320.2454
40.7985-0.1948-0.56880.08970.0030.7734-0.1493-0.0972-0.0029-0.08680.0497-0.2227-0.68830.1191-01.069-0.10360.06780.8577-0.05550.7891-6.5328-42.973212.8593
50.7918-0.4733-0.27041.1681-1.23072.24550.0214-0.0571-0.09510.04520.1444-0.0313-0.1171-0.070700.6909-0.0304-0.04410.858-0.01250.8606-2.3931-53.960634.0416
61.7266-0.14180.06181.2277-0.80870.44970.03520.17970.23070.09930.24910.15860.1867-0.19260.00011.0226-0.0862-0.01580.89470.12750.9484-22.9793-33.088123.5248
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 71 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 72 through 273 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 274 through 384 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 83 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 84 through 273 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 274 through 384 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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