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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bna | ||||||||||||||||||
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タイトル | BINDING OF HOECHST 33258 TO THE MINOR GROOVE OF B-DNA | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG | 機能・相同性 | Chem-HT / DNA / DNA (> 10) | ![]() 手法 | ![]() ![]() Pjura, P.E. / Grzeskowiak, K. / Dickerson, R.E. | ![]() ![]() タイトル: Binding of Hoechst 33258 to the minor groove of B-DNA. 著者: Pjura, P.E. / Grzeskowiak, K. / Dickerson, R.E. #1: ![]() タイトル: Isohelical Analysis of DNA Groove-Binding Drugs 著者: Goodsell, D. / Dickerson, R.E. #2: ![]() タイトル: Binding of an Antitumor Drug to DNA. Netropsin and C-G-C-G-A-A-T-T-BrC-G-C-G 著者: Kopka, M.L. / Yoon, C. / Goodsell, D.S. / Pjura, P. / Dickerson, R.E. #3: ![]() タイトル: Drugs and Minor Groove Binding in B-DNA Netropsin and Hoechst 33258 著者: Kopka, M.L. / Pjura, P.E. / Goodsell, D.S. / Dickerson, R.E. #4: ![]() タイトル: The Molecular Origin of DNA-Drug Specificity in Netropsin and Distamycin 著者: Kopka, M.L. / Yoon, C. / Goodsell, D.S. / Pjura, P. / Dickerson, R.E. #5: ![]() タイトル: Crystal Structure Analysis of a Complete Turn of B-DNA 著者: Wing, R. / Drew, H.R. / Takano, T. / Broka, C. / Tanaka, S. / Itakura, K. / Dickerson, R.E. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 29.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 19.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-HT / | #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.79 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, temperature 277.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
検出器 | タイプ: SYNTEX P1 / 検出器: DIFFRACTOMETER |
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放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 3487 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / Observed criterion σ(I): 0.28 |
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解析
ソフトウェア | 名称: JACK-LEVITT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.2→8 Å / σ(F): 0 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / Rfactor all: 0.191 / Rfactor obs: 0.14 | ||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |