PDB-8bmz: Bacteroides thetaiotaomicron surface lipoprotein BT1954 bound to ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bmz

タイトル

Bacteroides thetaiotaomicron surface lipoprotein BT1954 bound to adenosylcobalamin

要素

Putative surface layer protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Beta propeller Vitamin B12 binding Surface protein

機能・相同性

Protein of unknown function DUF5074 / Domain of unknown function (DUF5074) / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Adenosylcobalamin / Surface layer protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Abellon-Ruiz, J. / Jana, K. / Silale, A. / Basle, A. / Kleinekathofer, U. / van den Berg, B.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: BtuB TonB-dependent transporters and BtuG surface lipoproteins form stable complexes for vitamin B uptake in gut Bacteroides.
著者: Javier Abellon-Ruiz / Kalyanashis Jana / Augustinas Silale / Andrew M Frey / Arnaud Baslé / Matthias Trost / Ulrich Kleinekathöfer / Bert van den Berg /

要旨: Vitamin B (cobalamin) is required for most human gut microbes, many of which are dependent on scavenging to obtain this vitamin. Since bacterial densities in the gut are extremely high, competition ...

履歴

登録	2022年11月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _pdbx_initial_refinement_model.accession_code / _pdbx_initial_refinement_model.source_name / _pdbx_initial_refinement_model.type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bmz.cif.gz	680.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bmz.ent.gz	433.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bmz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bmz_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bmz_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8bmz_validation.xml.gz	28.5 KB	表示
CIF形式データ	8bmz_validation.cif.gz	40.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/8bmz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/8bmz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	16114C 17574C 17575C 8blwC 8bmxC 8bmyC 8bn0C 8okvC 8p97C 8p98C 3dsmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative surface layer protein

B: Putative surface layer protein

ヘテロ分子

83.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative surface layer protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
41.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative surface layer protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.723, 58.709, 101.894
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.132, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: 1 / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 40 - 369 / Label seq-ID: 9 - 338

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Putative surface layer protein 分子量: 39951.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 遺伝子: BT_1954 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A6D0
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-B1Z / Adenosylcobalamin / Cobamamide 分子量: 1580.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇₂H₁₀₁CoN₁₈O₁₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M Lithium sulphate, 0.1M Tris pH 8.5, 1.26 M ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.89843 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.89843 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→70.28 Å / Num. obs: 41492 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.984 / R_merge(I) obs: 0.231 / R_pim(I) all: 0.144 / R_rim(I) all: 0.273 / Net I/σ(I): 5.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.91-70.28	6.8	0.082	41473	0.994	0.049	0.096
2.3-2.38	6.5	0.957	4043	0.696	0.617	1.142

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
REFMAC	5.8.0352	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3DSM

3dsm

解像度: 2.3→70.276 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.896 / WR_factor R_free: 0.254 / WR_factor R_work: 0.212 / SU B: 18.261 / SU ML: 0.231 / Average fsc free: 0.94 / Average fsc work: 0.9573 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.32 / ESU R Free: 0.243 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.268	2001	4.828 %
R_work	0.2228	39441	-
all	0.225	-	-
obs	-	41442	99.906 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.532 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.812 Å²	0 Å²	2.426 Å²
2-	-	-3.16 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.111 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→70.276 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5440	0	246	223	5909

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	5877
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.016	5058
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.79	1.656	8087
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.669	1.55	11771
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.379	5	676
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.848	7.321	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	4.236	5	54
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.595	10	899
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.639	10	292
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	809
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	6613
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	1251
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.187	0.2	950
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	5119
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	2723
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	2898
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	272
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.026	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.094	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.154	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.066	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.961	2.185	2660
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.92	2.186	2660
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.961	3.264	3323
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.968	3.267	3324
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.312	2.446	3217
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.312	2.446	3217
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.459	3.595	4761
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.459	3.595	4762
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.915	25.728	6469
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.915	25.729	6470
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.059	0.05	11467

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05862	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05862	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.3-2.36	0.351	128	0.312	2908	0.314	3041	0.912	0.92	99.8356	0.297
2.36-2.424	0.341	142	0.289	2803	0.292	2947	0.916	0.932	99.9321	0.274
2.424-2.494	0.332	149	0.288	2738	0.29	2892	0.913	0.937	99.8271	0.269
2.494-2.571	0.332	144	0.283	2646	0.286	2794	0.921	0.94	99.8568	0.264
2.571-2.655	0.312	148	0.267	2562	0.269	2714	0.921	0.949	99.8526	0.245
2.655-2.748	0.286	151	0.237	2465	0.24	2620	0.935	0.959	99.8473	0.218
2.748-2.852	0.302	116	0.243	2444	0.246	2564	0.932	0.96	99.844	0.223
2.852-2.968	0.258	96	0.229	2351	0.23	2448	0.95	0.965	99.9592	0.211
2.968-3.1	0.333	115	0.242	2248	0.246	2365	0.925	0.963	99.9154	0.226
3.1-3.251	0.345	100	0.25	2140	0.255	2240	0.919	0.959	100	0.236
3.251-3.426	0.275	87	0.231	2044	0.233	2133	0.958	0.968	99.9062	0.219
3.426-3.634	0.254	91	0.219	1937	0.221	2029	0.965	0.971	99.9507	0.211
3.634-3.884	0.227	98	0.198	1820	0.199	1920	0.963	0.971	99.8958	0.191
3.884-4.194	0.208	92	0.166	1693	0.168	1786	0.977	0.984	99.944	0.166
4.194-4.593	0.164	88	0.14	1538	0.141	1626	0.984	0.988	100	0.148
4.593-5.132	0.181	70	0.149	1423	0.15	1493	0.981	0.987	100	0.159
5.132-5.921	0.33	64	0.188	1267	0.193	1331	0.961	0.979	100	0.195
5.921-7.238	0.212	46	0.215	1081	0.215	1127	0.974	0.97	100	0.222
7.238-10.183	0.209	45	0.221	848	0.22	893	0.973	0.97	100	0.235
10.183-70.276	0.27	31	0.262	486	0.262	517	0.955	0.95	100	0.296

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4357	-0.1721	0.3824	1.5096	0.1605	1.3703	0.0524	0.2673	0.0459	-0.0868	0.0209	0.033	0.0273	0.106	-0.0733	0.0354	0.0099	0.0292	0.034	0.0077	0.043	3.1701	7.7578	45.2936
2	1.2411	-0.2663	0.3381	1.4108	-0.1461	2.4651	-0.0378	-0.0696	-0.0154	-0.0321	0.0362	0.0712	-0.0557	-0.2399	0.0016	0.0928	-0.002	0.0384	0.0253	-0.0025	0.0216	34.9613	-1.1985	15.1668

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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