PDB-8bmy: Bacteroides thetaiotaomicron surface lipoprotein bound to cyanoco...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bmy

タイトル

Bacteroides thetaiotaomicron surface lipoprotein bound to cyanocobalamin

要素

Putative surface layer protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / beta propeller surface protein B12 binding protein

機能・相同性

Protein of unknown function DUF5074 / Domain of unknown function (DUF5074) / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily /

シアノコバラミン /

Surface layer protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Abellon-Ruiz, J. / Jana, K. / Silale, A. / Basle, A. / Kleinekathofer, U. / van den Berg, B.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: BtuB TonB-dependent transporters and BtuG surface lipoproteins form stable complexes for vitamin B uptake in gut Bacteroides.
著者: Javier Abellon-Ruiz / Kalyanashis Jana / Augustinas Silale / Andrew M Frey / Arnaud Baslé / Matthias Trost / Ulrich Kleinekathöfer / Bert van den Berg /

要旨: Vitamin B (cobalamin) is required for most human gut microbes, many of which are dependent on scavenging to obtain this vitamin. Since bacterial densities in the gut are extremely high, competition ...

履歴

登録	2022年11月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _pdbx_initial_refinement_model.accession_code / _pdbx_initial_refinement_model.source_name / _pdbx_initial_refinement_model.type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bmy.cif.gz	528.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bmy.ent.gz	424.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bmy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/8bmy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/8bmy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	16114C 17574C 17575C 8blwC 8bmxC 8bmzC 8bn0C 8okvC 8p97C 8p98C 3dsmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative surface layer protein

B: Putative surface layer protein

ヘテロ分子

83.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative surface layer protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
41.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative surface layer protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.315, 59.078, 101.544
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.865, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Auth seq-ID: 40 - 373 / Label seq-ID: 9 - 342

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Putative surface layer protein / 分子量: 39951.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 株: ATCC 29148 / DSM 2079 / JCM 5827 / CCUG 10774 / NCTC 10582 / VPI-5482 / E50 遺伝子: BT_1954 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A6D0
#2: 化合物	ChemComp-CNC / CYANOCOBALAMIN / シアノコバラミン分子量: 1356.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₃H₈₉CoN₁₄O₁₄P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 825 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M Lithium sulphate, 0.1M Tris pH 8.5, 1.26 M ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.96858 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.96858 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.72→59.08 Å / Num. obs: 97918 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.108 / R_pim(I) all: 0.099 / R_rim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9.42-59.08	3.3	0.062	97918	0.992	0.054	0.083
1.72-1.75	3.6	0.736	4753	0.557	0.672	0.999

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
DIALS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3DSM

3dsm

解像度: 1.72→55.072 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / WR_factor R_free: 0.224 / WR_factor R_work: 0.178 / SU B: 5.915 / SU ML: 0.083 / Average fsc free: 0.9091 / Average fsc work: 0.9235 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.103 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2227	4849	4.955 %
R_work	0.1787	93007	-
all	0.181	-	-
obs	-	97856	99.455 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.783 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.363 Å²	0 Å²	0.455 Å²
2-	-	0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.604 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.72→55.072 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5480	0	208	825	6513

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	5871
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	5230
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.694	1.703	8057
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.274	1.621	12019
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.815	5	670
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.543	23.168	322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.472	15	901
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.191	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	751
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6692
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1460
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.177	0.2	948
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	5327
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	2798
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	2635
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	645
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.258	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.212	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.896	1.854	2674
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.891	1.853	2673
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.384	2.785	3340
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.384	2.786	3341
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.429	2.108	3197
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.417	2.102	3181
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.961	3.056	4715
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.936	3.046	4692
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.094	22.703	6836
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.622	21.817	6586
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.356	3	11101
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.067	0.05	11760

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0674	0.0501
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0674	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.72-1.765	0.323	367	0.259	6766	0.262	7188	0.79	0.818	99.2348	0.246
1.765-1.813	0.298	336	0.245	6674	0.247	7060	0.831	0.845	99.2918	0.231
1.813-1.865	0.277	312	0.21	6460	0.213	6848	0.865	0.888	98.8902	0.192
1.865-1.923	0.245	323	0.184	6327	0.187	6684	0.899	0.916	99.4913	0.166
1.923-1.986	0.239	302	0.176	6062	0.179	6427	0.907	0.923	99.0198	0.156
1.986-2.055	0.229	277	0.167	5943	0.17	6268	0.919	0.935	99.2342	0.151
2.055-2.133	0.214	301	0.159	5688	0.161	6020	0.927	0.945	99.4851	0.143
2.133-2.22	0.228	279	0.159	5535	0.162	5834	0.922	0.94	99.6572	0.146
2.22-2.318	0.221	291	0.152	5226	0.156	5565	0.926	0.947	99.1375	0.142
2.318-2.431	0.207	274	0.142	5049	0.145	5342	0.94	0.956	99.6443	0.133
2.431-2.562	0.212	242	0.144	4800	0.147	5066	0.939	0.954	99.5263	0.136
2.562-2.718	0.196	246	0.155	4546	0.157	4797	0.943	0.952	99.8958	0.15
2.718-2.905	0.224	248	0.171	4284	0.174	4537	0.937	0.95	99.8898	0.169
2.905-3.137	0.214	201	0.189	3993	0.19	4202	0.936	0.941	99.8096	0.19
3.137-3.435	0.213	215	0.19	3675	0.191	3905	0.944	0.948	99.6159	0.199
3.435-3.839	0.185	169	0.172	3359	0.173	3529	0.95	0.956	99.9717	0.186
3.839-4.429	0.19	166	0.161	2969	0.163	3136	0.959	0.963	99.9681	0.186
4.429-5.415	0.186	123	0.167	2530	0.168	2653	0.968	0.972	100	0.194
5.415-7.622	0.287	109	0.249	1964	0.251	2079	0.935	0.939	99.7114	0.277
7.622-55.072	0.299	68	0.29	1143	0.29	1214	0.929	0.934	99.7529	0.349

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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