PDB-8bmx: Bacteroides thetaiotaomicron B12 TonB dependent transporter in co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bmx

タイトル

Bacteroides thetaiotaomicron B12 TonB dependent transporter in complex with a surface lipoprotein

要素

Putative TonB-linked outer membrane receptor
YncE family protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Vitamin B12 Transport Complex Outer membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.72 Å

データ登録者

Abellon-Ruiz, J. / Jana, K. / Silale, A. / Basle, A. / Kleinekathofer, U. / van den Berg, B.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: BtuB TonB-dependent transporters and BtuG surface lipoproteins form stable complexes for vitamin B uptake in gut Bacteroides.
著者: Javier Abellon-Ruiz / Kalyanashis Jana / Augustinas Silale / Andrew M Frey / Arnaud Baslé / Matthias Trost / Ulrich Kleinekathöfer / Bert van den Berg /

要旨: Vitamin B (cobalamin) is required for most human gut microbes, many of which are dependent on scavenging to obtain this vitamin. Since bacterial densities in the gut are extremely high, competition ...

履歴

登録	2022年11月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bmx.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bmx.ent.gz	994.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bmx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8bmx_validation.pdf.gz	497.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bmx_full_validation.pdf.gz	564.7 KB	表示
XML形式データ	8bmx_validation.xml.gz	102.3 KB	表示
CIF形式データ	8bmx_validation.cif.gz	135.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/8bmx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/8bmx	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	16114C 17574C 17575C 8blwC 8bmyC 8bmzC 8bn0C 8okvC 8p97C 8p98C 1nqeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
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類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

C: Putative TonB-linked outer membrane receptor

A: Putative TonB-linked outer membrane receptor

B: Putative TonB-linked outer membrane receptor

D: YncE family protein

E: YncE family protein

F: YncE family protein

366 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: Putative TonB-linked outer membrane receptor

D: YncE family protein

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
122 kDa, 2 ポリマー
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2

A: Putative TonB-linked outer membrane receptor

E: YncE family protein

登録者が定義した集合体
122 kDa, 2 ポリマー
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3

B: Putative TonB-linked outer membrane receptor

F: YncE family protein

登録者が定義した集合体
122 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	280.250, 154.300, 107.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.960, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 45 through 185 or resid 188 through 442 or resid 445 through 682))
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 45 through 442 or resid 445 through 682))
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 45 through 185 or resid 188...
d_1	ens_2	chain "D"
d_2	ens_2	chain "E"
d_3	ens_2	chain "F"

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	PRO	PRO	THR	THR	C	A	45 - 185	45 - 185
d_1	2	ens_1	ASP	ASP	LYS	LYS	C	A	188 - 442	188 - 442
d_1	3	ens_1	ASN	ASN	PRO	PRO	C	A	445 - 682	445 - 682
d_2	1	ens_1	PRO	PRO	LYS	LYS	A	B	45 - 442	45 - 442
d_2	2	ens_1	ASN	ASN	PRO	PRO	A	B	445 - 682	445 - 682
d_3	1	ens_1	PRO	PRO	THR	THR	B	C	45 - 185	45 - 185
d_3	2	ens_1	ASP	ASP	ASP	ASP	B	C	188 - 326	188 - 326
d_3	3	ens_1	GLU	GLU	LYS	LYS	B	C	331 - 442	331 - 442
d_3	4	ens_1	ASN	ASN	GLY	GLY	B	C	445 - 491	445 - 491
d_3	5	ens_1	ALA	ALA	PRO	PRO	B	C	497 - 682	497 - 682
d_1	1	ens_2	CYS	CYS	LYS	LYS	D	D	32 - 366	32 - 366
d_2	1	ens_2	CYS	CYS	LYS	LYS	E	E	32 - 366	32 - 366
d_3	1	ens_2	CYS	CYS	LYS	LYS	F	F	32 - 366	32 - 366

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.363243966507, -0.83603075165, -0.411225489351), (0.852172628046, -0.476552586302, 0.216100542569), (-0.376637269539, -0.271937887732, 0.885547374458)	160.789356746, -9.50469092475, 67.4543313747
2	given	(0.355323196033, -0.881301087139, 0.311534621139), (-0.844146536532, -0.445675891671, -0.297975878963), (0.401449936134, -0.157103129791, -0.902306242574)	44.0579452967, 73.9160135686, -2.6924388555
3	given	(0.356118302968, -0.845856276102, 0.397123298825), (-0.877407671908, -0.44888314879, -0.169291748202), (0.321458444543, -0.288151139006, -0.902016291162)	48.0053553058, 71.4471470552, 4.92994758866
4	given	(0.470528838162, 0.801688428283, 0.368643834093), (0.790138847288, -0.568779841617, 0.228407735807), (0.392789020295, 0.183807387574, -0.901072488654)	81.5958796825, -1.6860150138, 33.8635541178

#1: タンパク質	Putative TonB-linked outer membrane receptor 分子量: 79382.328 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 株: ATCC 29148 / DSM 2079 / JCM 5827 / CCUG 10774 / NCTC 10582 / VPI-5482 / E50 遺伝子: BT_1953 発現宿主: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 参照: UniProt: Q8A6D1
#2: タンパク質	YncE family protein 分子量: 42607.184 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 参照: UniProt: D0TRB6

#1: タンパク質

Putative TonB-linked outer membrane receptor

分子量: 79382.328 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / JCM 5827 / CCUG 10774 / NCTC 10582 / VPI-5482 / E50
遺伝子: BT_1953
発現宿主:

Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8A6D1

#2: タンパク質

YncE family protein

分子量: 42607.184 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然)

Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
参照: UniProt: D0TRB6

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.08M magnesium acetate tetrahydrate, 0.1M sodium citrate pH 6.0, 14% PEG 5000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.7→76.3 Å / Num. obs: 45671 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 110.85 Å² / CC_1/2: 0.9 / Net I/σ(I): 4.2
反射シェル	解像度: 3.7→3.8 Å / Num. unique obs: 4561 / CC_1/2: 0.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1NQE

1nqe

解像度: 3.72→72.06 Å / SU ML: 0.632 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.0739
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.318	2231	4.89 %
R_work	0.2529	43405	-
obs	0.2561	45636	99.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 124.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.72→72.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23367	0	0	0	23367

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0038	24013
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9508	32583
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0584	3391
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0061	4188
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.785	3200

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.884382757783
ens_1	d_3	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.918203493468
ens_2	d_2	D	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.329012844846
ens_2	d_3	D	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.352146402669

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.72-3.8	0.4214	122	0.3394	2717	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.8-3.89	0.3677	156	0.3335	2720	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.89-3.99	0.3818	152	0.341	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.55
3.99-4.09	0.3318	140	0.3154	2711	X-RAY DIFFRACTION	99.27
4.09-4.21	0.3463	142	0.297	2692	X-RAY DIFFRACTION	99.44
4.21-4.35	0.3401	142	0.2786	2691	X-RAY DIFFRACTION	98.99
4.35-4.51	0.3102	130	0.258	2698	X-RAY DIFFRACTION	98.67
4.51-4.69	0.3194	129	0.249	2721	X-RAY DIFFRACTION	98.58
4.69-4.9	0.2971	139	0.2419	2669	X-RAY DIFFRACTION	98.53
4.9-5.16	0.3136	142	0.2298	2717	X-RAY DIFFRACTION	99.31
5.16-5.48	0.3012	136	0.245	2714	X-RAY DIFFRACTION	99.58
5.48-5.9	0.3426	125	0.2528	2745	X-RAY DIFFRACTION	99.58
5.9-6.5	0.3009	150	0.244	2736	X-RAY DIFFRACTION	99.72
6.5-7.44	0.2921	141	0.2341	2727	X-RAY DIFFRACTION	99.69
7.44-9.36	0.3138	160	0.2165	2743	X-RAY DIFFRACTION	99.52
9.37-72.06	0.2829	125	0.2151	2698	X-RAY DIFFRACTION	95.69

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.352753941457	-0.508793256386	-0.0329601885162	-0.209185805301	-0.169850905988	-0.347839927361	0.662977639118	-0.278325193426	0.726162896457	-0.842569934186	-0.285927131799	-0.959425100539	-0.0636600244516	-0.306308869939	0.00184018003072	1.13971014724	-0.138746157564	0.125447417445	1.01851898325	-0.0906696239327	0.834325541711	58.7938865469	19.4830670197	36.6476532429
2	-0.234843626797	-0.114467638888	-0.349559938952	0.0615484794939	-0.249243544756	0.548842850301	-0.174737224567	0.0106968776478	0.152874505856	-0.073500243601	0.106908078545	-0.0819178518043	0.0787821811058	-0.124787217915	-2.39299542334E-5	1.04246114313	-0.0372508681811	-0.0413022411833	0.759556652019	0.0750935247707	0.91776140673	63.7191012562	14.9212099849	29.1918505427
3	0.114570317273	-0.0782124419538	-0.291872892028	-0.576678325223	-0.457576229033	0.387072724385	-1.18798970626	-0.418966209088	-0.173745851454	-0.113965181701	0.494305905178	0.0604902537232	-0.368290425686	-0.108687157005	-0.00960445240742	0.83721811203	-0.00287923426267	0.0632197795663	0.695248584787	-0.0560522276588	0.97086488351	72.2880017941	11.8626602502	26.0843995091
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6	6	chain 'C' and (resid 431 through 535 )	C	A	431 - 535	384 - 486
7	7	chain 'C' and (resid 536 through 682 )	C	A	536 - 682	487 - 633
8	8	chain 'A' and (resid 45 through 90 )	A	B	45 - 90	1 - 46
9	9	chain 'A' and (resid 91 through 176 )	A	B	91 - 176	47 - 132
10	10	chain 'A' and (resid 177 through 255 )	A	B	177 - 255	133 - 210
11	11	chain 'A' and (resid 256 through 309 )	A	B	256 - 309	211 - 264
12	12	chain 'A' and (resid 310 through 393 )	A	B	310 - 393	265 - 344
13	13	chain 'A' and (resid 394 through 445 )	A	B	394 - 445	345 - 396
14	14	chain 'A' and (resid 446 through 511 )	A	B	446 - 511	397 - 457
15	15	chain 'A' and (resid 512 through 682 )	A	B	512 - 682	458 - 628
16	16	chain 'B' and (resid 45 through 90 )	B	C	45 - 90	1 - 46
17	17	chain 'B' and (resid 91 through 176 )	B	C	91 - 176	47 - 132
18	18	chain 'B' and (resid 177 through 222 )	B	C	177 - 222	133 - 176
19	19	chain 'B' and (resid 223 through 332 )	B	C	223 - 332	177 - 282
20	20	chain 'B' and (resid 333 through 373 )	B	C	333 - 373	283 - 323
21	21	chain 'B' and (resid 374 through 430 )	B	C	374 - 430	324 - 380
22	22	chain 'B' and (resid 431 through 535 )	B	C	431 - 535	381 - 480
23	23	chain 'B' and (resid 536 through 682 )	B	C	536 - 682	481 - 627
24	24	chain 'D' and (resid 32 through 100 )	D	D	32 - 100	1 - 69
25	25	chain 'D' and (resid 101 through 161 )	D	D	101 - 161	70 - 130
26	26	chain 'D' and (resid 162 through 198 )	D	D	162 - 198	131 - 167
27	27	chain 'D' and (resid 199 through 276 )	D	D	199 - 276	168 - 245
28	28	chain 'D' and (resid 277 through 306 )	D	D	277 - 306	246 - 275
29	29	chain 'D' and (resid 307 through 331 )	D	D	307 - 331	276 - 300
30	30	chain 'D' and (resid 332 through 366 )	D	D	332 - 366	301 - 335
31	31	chain 'E' and (resid 32 through 63 )	E	E	32 - 63	1 - 32
32	32	chain 'E' and (resid 64 through 100 )	E	E	64 - 100	33 - 69
33	33	chain 'E' and (resid 101 through 181 )	E	E	101 - 181	70 - 150
34	34	chain 'E' and (resid 182 through 229 )	E	E	182 - 229	151 - 198
35	35	chain 'E' and (resid 230 through 276 )	E	E	230 - 276	199 - 245
36	36	chain 'E' and (resid 277 through 306 )	E	E	277 - 306	246 - 275
37	37	chain 'E' and (resid 307 through 339 )	E	E	307 - 339	276 - 308
38	38	chain 'E' and (resid 340 through 366 )	E	E	340 - 366	309 - 335
39	39	chain 'F' and (resid 32 through 100 )	F	F	32 - 100	1 - 69
40	40	chain 'F' and (resid 101 through 161 )	F	F	101 - 161	70 - 130
41	41	chain 'F' and (resid 162 through 229 )	F	F	162 - 229	131 - 198
42	42	chain 'F' and (resid 230 through 276 )	F	F	230 - 276	199 - 245
43	43	chain 'F' and (resid 277 through 331 )	F	F	277 - 331	246 - 300
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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