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- PDB-8blp: Human Urea Transporter UT-B/UT1 in Complex with Inhibitor UTBinh-14 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8blp
タイトルHuman Urea Transporter UT-B/UT1 in Complex with Inhibitor UTBinh-14
要素Urea transporter 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SLC14A1 / UT1 / UT-B / Urea Transporter / Inhibitor / Solute Carrier
機能・相同性
機能・相同性情報


urea channel activity / water transmembrane transporter activity / urea transport / Transport of bile salts and organic acids, metal ions and amine compounds / urea transmembrane transporter activity / urea transmembrane transport / establishment of localization in cell / transmembrane transport / basolateral plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Urea transporter / Urea transporter / Ammonium/urea transporter
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5D3 / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Urea transporter 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Chi, G. / Dietz, L. / Pike, A.C.W. / Maclean, E.M. / Mukhopadhyay, S.M.M. / Bohstedt, T. / Wang, D. / Scacioc, A. / McKinley, G. / Arrowsmith, C.H. ...Chi, G. / Dietz, L. / Pike, A.C.W. / Maclean, E.M. / Mukhopadhyay, S.M.M. / Bohstedt, T. / Wang, D. / Scacioc, A. / McKinley, G. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Fernandez-Cid, A. / Burgess-Brown, N.A. / Duerr, K.L.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust106169/Z//14/Z 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Structural characterization of human urea transporters UT-A and UT-B and their inhibition.
著者: Gamma Chi / Larissa Dietz / Haiping Tang / Matthew Snee / Andreea Scacioc / Dong Wang / Gavin Mckinley / Shubhashish M M Mukhopadhyay / Ashley C W Pike / Rod Chalk / Nicola A Burgess-Brown / ...著者: Gamma Chi / Larissa Dietz / Haiping Tang / Matthew Snee / Andreea Scacioc / Dong Wang / Gavin Mckinley / Shubhashish M M Mukhopadhyay / Ashley C W Pike / Rod Chalk / Nicola A Burgess-Brown / Jean-Pierre Timmermans / Wouter van Putte / Carol V Robinson / Katharina L Dürr /
要旨: In this study, we present the structures of human urea transporters UT-A and UT-B to characterize them at molecular level and to detail the mechanism of UT-B inhibition by its selective inhibitor, ...In this study, we present the structures of human urea transporters UT-A and UT-B to characterize them at molecular level and to detail the mechanism of UT-B inhibition by its selective inhibitor, UTB-14. High-resolution structures of both transporters establish the structural basis for the inhibitor's selectivity to UT-B, and the identification of multiple binding sites for the inhibitor will aid with the development of drug lead molecules targeting both transporters. Our study also discovers phospholipids associating with the urea transporters by combining structural observations, native MS, and lipidomics analysis. These insights improve our understanding of urea transporter function at a molecular level and provide a blueprint for a structure-guided design of therapeutics targeting these transporters.
履歴
登録2022年11月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_entity_assembly_naturalsource / em_entity_assembly_recombinant / entity_src_gen
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_entity_assembly_naturalsource.id / _em_entity_assembly_recombinant.id / _entity_src_gen.host_org_common_name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Urea transporter 1
B: Urea transporter 1
C: Urea transporter 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,17169
ポリマ－120,5323
非ポリマー34,63966
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area35680 Å2
ΔGint135 kcal/mol
Surface area36900 Å2

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 54分子 ABC

#1: タンパク質 Urea transporter 1 / Solute carrier family 14 member 1 / Urea transporter / erythrocyte


分子量: 40177.410 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N211A is an engineered mutation. The rest are natural variants.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC14A1, HUT11, JK, RACH1, UT1, UTE / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13336
#3: 糖...
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 4種, 81分子

#2: 化合物
ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物
ChemComp-5D3 / 10-(4-ethylphenyl)sulfonyl-~{N}-(thiophen-2-ylmethyl)-5-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[7.3.0.0^{2,6}]dodeca-2(6),3,7,9,11-pentaen-7-amine


分子量: 455.576 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H17N5O2S3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Homotrimeric complex of Human Urea Transporter UT-B / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPES1
2150 mMSodium ChlorideNaCl1
30.02 %DDM1
40.002 %CHS1
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 39.58 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 8221

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
12cryoSPARC３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
14Cootモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2288882
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 258739 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
精密化交差検証法: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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