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万見
- PDB-8bl4: Cryo-EM structure of a contractile injection system in Streptomyc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bl4
タイトルCryo-EM structure of a contractile injection system in Streptomyces coelicolor, the sheath-tube module in extended state.
要素
  • Phage tail protein
  • Phage tail sheath family protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Contractile injection system
機能・相同性
機能・相同性情報


structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Phage tail sheath protein, beta-sandwich domain / Phage tail sheath protein beta-sandwich domain / Conserved hypothetical protein CHP02241 / Bacteriophage T4, Gp19, tail tube / T4-like virus tail tube protein gp19 / Tail sheath protein, subtilisin-like domain / Phage tail sheath protein subtilisin-like domain / : / Tail sheath protein, C-terminal domain / Phage tail sheath C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Phage tail sheath family protein / Phage tail protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor A3
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Casu, B. / Sallmen, J.W. / Schlimpert, S. / Pilhofer, M.
資金援助 スイス, European Union, 英国, 3件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation679209 スイス
European Research Council (ERC)679209European Union
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T015349/1 英国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2023
タイトル: Cytoplasmic contractile injection systems mediate cell death in Streptomyces.
著者: Bastien Casu / Joseph W Sallmen / Susan Schlimpert / Martin Pilhofer /
要旨: Contractile injection systems (CIS) are bacteriophage tail-like structures that mediate bacterial cell-cell interactions. While CIS are highly abundant across diverse bacterial phyla, representative ...Contractile injection systems (CIS) are bacteriophage tail-like structures that mediate bacterial cell-cell interactions. While CIS are highly abundant across diverse bacterial phyla, representative gene clusters in Gram-positive organisms remain poorly studied. Here we characterize a CIS in the Gram-positive multicellular model organism Streptomyces coelicolor and show that, in contrast to most other CIS, S. coelicolor CIS (CIS) mediate cell death in response to stress and impact cellular development. CIS are expressed in the cytoplasm of vegetative hyphae and are not released into the medium. Our cryo-electron microscopy structure enabled the engineering of non-contractile and fluorescently tagged CIS assemblies. Cryo-electron tomography showed that CIS contraction is linked to reduced cellular integrity. Fluorescence light microscopy furthermore revealed that functional CIS mediate cell death upon encountering different types of stress. The absence of functional CIS had an impact on hyphal differentiation and secondary metabolite production. Finally, we identified three putative effector proteins, which when absent, phenocopied other CIS mutants. Our results provide new functional insights into CIS in Gram-positive organisms and a framework for studying novel intracellular roles, including regulated cell death and life-cycle progression in multicellular bacteria.
履歴
登録2022年11月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年4月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
V: Phage tail sheath family protein
v: Phage tail protein
P: Phage tail sheath family protein
p: Phage tail protein
J: Phage tail sheath family protein
j: Phage tail protein
D: Phage tail sheath family protein
d: Phage tail protein
W: Phage tail sheath family protein
w: Phage tail protein
Q: Phage tail sheath family protein
q: Phage tail protein
K: Phage tail sheath family protein
k: Phage tail protein
E: Phage tail sheath family protein
e: Phage tail protein
X: Phage tail sheath family protein
x: Phage tail protein
R: Phage tail sheath family protein
r: Phage tail protein
L: Phage tail sheath family protein
l: Phage tail protein
F: Phage tail sheath family protein
f: Phage tail protein
S: Phage tail sheath family protein
s: Phage tail protein
M: Phage tail sheath family protein
m: Phage tail protein
G: Phage tail sheath family protein
g: Phage tail protein
A: Phage tail sheath family protein
a: Phage tail protein
T: Phage tail sheath family protein
t: Phage tail protein
N: Phage tail sheath family protein
n: Phage tail protein
H: Phage tail sheath family protein
h: Phage tail protein
B: Phage tail sheath family protein
b: Phage tail protein
U: Phage tail sheath family protein
u: Phage tail protein
O: Phage tail sheath family protein
o: Phage tail protein
I: Phage tail sheath family protein
i: Phage tail protein
C: Phage tail sheath family protein
c: Phage tail protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,775,01148
ポリマ－1,775,01148
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
Phage tail sheath family protein


分子量: 57465.113 Da / 分子数: 24 / 変異: Insertion 26-IEGVG / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
参照: UniProt: Q9L0N8
#2: タンパク質 ...
Phage tail protein


分子量: 16493.668 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
参照: UniProt: Q9L0N9

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: The sheath-tube module of a contractile injection system in Streptomyces coelicolor
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 23.1 ° / 軸方向距離/サブユニット: 38.5 Å / らせん対称軸の対称性: C6
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 18822 / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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