PDB-8bkf: Structure of E. coli Class 2 L-asparaginase EcAIII, mutant M200T ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bkf

タイトル

Structure of E. coli Class 2 L-asparaginase EcAIII, mutant M200T (crystal M200T#o)

要素

(Isoaspartyl peptidase subunit ...) x 2

キーワード

HYDROLASE / L-asparaginase / isoaspartylpeptidase / mutation / Ntn-hydrolase

機能・相同性

beta-aspartyl-peptidase / Peptidase T2, asparaginase 2 / Asparaginase / asparaginase activity / beta-aspartyl-peptidase activity / protein autoprocessing / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / hydrolase activity / Isoaspartyl peptidase

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.221 Å

データ登録者

Sciuk, A. / Ruszkowski, M. / Jaskolski, M. / Loch, J.I.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: The effects of nature-inspired amino acid substitutions on structural and biochemical properties of the E. coli L-asparaginase EcAIII.
著者: Janicki, M. / Sciuk, A. / Zielezinski, A. / Ruszkowski, M. / Ludwikow, A. / Karlowski, W.M. / Jaskolski, M. / Loch, J.I.

履歴

登録	2022年11月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bkf.cif.gz	241.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bkf.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bkf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bkf_validation.pdf.gz	446.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bkf_full_validation.pdf.gz	448.5 KB	表示
XML形式データ	8bkf_validation.xml.gz	28.5 KB	表示
CIF形式データ	8bkf_validation.cif.gz	42.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/8bkf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/8bkf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bi3C 8bp9C 8bqoC 8c0iC 8c23C 2zalS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Isoaspartyl peptidase subunit alpha

BBB: Isoaspartyl peptidase subunit beta

CCC: Isoaspartyl peptidase subunit alpha

DDD: Isoaspartyl peptidase subunit beta

ヘテロ分子

67 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.852, 75.886, 147.762
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
Isoaspartyl peptidase subunit ... , 2種, 4分子 AAACCCBBBDDD

#1: タンパク質	Isoaspartyl peptidase subunit alpha 分子量: 19013.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: iaaA, spt, ybiK, b0828, JW0812 / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 GOLD / 参照: UniProt: P37595
#2: タンパク質	Isoaspartyl peptidase subunit beta 分子量: 14398.055 Da / 分子数: 2 / Mutation: M200T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: iaaA, spt, ybiK, b0828, JW0812 / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 GOLD / 参照: UniProt: P37595

#1: タンパク質

Isoaspartyl peptidase subunit alpha

分子量: 19013.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: iaaA, spt, ybiK, b0828, JW0812 / プラスミド: pET11d / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 GOLD / 参照: UniProt: P37595

#2: タンパク質

Isoaspartyl peptidase subunit beta

分子量: 14398.055 Da / 分子数: 2 / Mutation: M200T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: iaaA, spt, ybiK, b0828, JW0812 / プラスミド: pET11d / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 GOLD / 参照: UniProt: P37595

-
非ポリマー , 4種, 601分子

#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 594 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20-30% PEG4000,10-15% PEG400, 0,2 M magnesium chloride in 100mM Tris-HCl pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.22→73.89 Å / Num. obs: 166404 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.072 / R_rim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 16.4
反射シェル	解像度: 1.22→1.24 Å / 冗長度: 12.1 % / R_merge(I) obs: 1.696 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 8052 / CC_1/2: 0.596 / R_rim(I) all: 1.771 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ZAL

2zal

解像度: 1.221→73.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.983 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.978 / SU B: 1.142 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.032 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1502	1018	0.612 %
R_work	0.1284	165275	-
all	0.129	-	-
obs	-	166293	99.88 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.927 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.664 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.012 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.676 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.221→73.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4257	0	7	594	4858

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	4570
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	4343
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.295	1.632	6246
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.47	1.57	10001
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.298	5	640
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.539	22.105	209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.726	15	726
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.415	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	608
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5437
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1007
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	900
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.168	0.2	4252
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.155	0.2	2227
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1984
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	369
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.103	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.2	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.21	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.886	1.524	2473
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.871	1.523	2472
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.194	2.292	3130
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.194	2.293	3131
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.226	1.845	2097
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.224	1.84	2095
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.531	2.661	3112
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.531	2.661	3112
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.585	20.388	5144
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.51	20.124	5109
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.725	3	8913

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.221-1.253	0.268	79	0.237	11973	0.237	12177	0.865	0.879	98.9735	0.219
1.253-1.287	0.213	78	0.203	11806	0.203	11884	0.925	0.914	100	0.183
1.287-1.325	0.2	78	0.184	11439	0.184	11517	0.919	0.931	100	0.162
1.325-1.366	0.179	85	0.163	11169	0.163	11254	0.952	0.946	100	0.139
1.366-1.41	0.154	55	0.145	10837	0.145	10892	0.959	0.959	100	0.121
1.41-1.46	0.173	58	0.123	10538	0.123	10596	0.967	0.969	100	0.102
1.46-1.515	0.158	46	0.108	10137	0.108	10183	0.969	0.977	100	0.089
1.515-1.577	0.11	50	0.096	9738	0.096	9788	0.982	0.983	100	0.079
1.577-1.647	0.122	65	0.091	9370	0.091	9435	0.98	0.985	100	0.078
1.647-1.727	0.126	55	0.098	8963	0.098	9018	0.982	0.985	100	0.085
1.727-1.82	0.137	49	0.099	8515	0.099	8566	0.978	0.985	99.9767	0.088
1.82-1.931	0.134	49	0.101	8120	0.101	8170	0.977	0.983	99.9878	0.092
1.931-2.064	0.148	50	0.105	7608	0.105	7658	0.976	0.984	100	0.099
2.064-2.229	0.142	37	0.112	7125	0.112	7162	0.981	0.982	100	0.109
2.229-2.442	0.13	38	0.113	6567	0.113	6606	0.983	0.98	99.9849	0.113
2.442-2.73	0.105	42	0.125	5964	0.124	6008	0.98	0.977	99.9667	0.128
2.73-3.151	0.179	38	0.135	5296	0.135	5334	0.966	0.974	100	0.143
3.151-3.858	0.171	35	0.136	4498	0.136	4534	0.969	0.978	99.9779	0.151
3.858-5.448	0.129	21	0.131	3568	0.131	3589	0.984	0.982	100	0.152
5.448-73.881	0.178	10	0.199	2045	0.199	2085	0.954	0.965	98.5611	0.222

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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