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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8biy | ||||||
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タイトル | Citrate-free extracytoplasmic PAS domain mutant R93A of sensor histidine kinase CitA from Geobacillus thermodenitrificans | ||||||
要素 | Histidine kinase | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / signal transduction (シグナル伝達) / Geobacillus thermodenitrificans / sensor histidine kinase / CitA / sensor domain (センサ) / extracytoplasmic PAS domain / R93A mutation / two-component signaling system | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Geobacillus thermodenitrificans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å | ||||||
データ登録者 | Becker, S. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Citrate-free extracytoplasmic PAS domain mutant R93A of sensor histidine kinase CitA from Geobacillus thermodenitrificans 著者: Becker, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8biy.cif.gz | 143.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8biy.ent.gz | 92.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8biy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/8biy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/8biy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8bgbS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14040.037 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: R93A mutant 由来: (組換発現) Geobacillus thermodenitrificans (バクテリア) 遺伝子: dctS_2, GTHT12_01458 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1W6VSR4, histidine kinase #2: 化合物 | ChemComp-CXS / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.25 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.6 詳細: 0.2M lithium sulfate, 0.9M sodium di-hydrogen phosphate, 0.6M di-potassium hydrogen phosphate, 0.1M N-cyclohexyl-3-aminopropanesulfonic acid |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.61→47.12 Å / Num. obs: 70580 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 12.94 % / Biso Wilson estimate: 27.74 Å2 / Rrim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 16.33 |
反射 シェル | 解像度: 1.61→1.64 Å / Num. unique obs: 2137 / Rrim(I) all: 0.63 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 8BGB 解像度: 1.61→47.12 Å / SU ML: 0.1865 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.4588 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.36 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.61→47.12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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