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- PDB-8bik: Crystal structure of human AMPK heterotrimer in complex with allo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bik
タイトルCrystal structure of human AMPK heterotrimer in complex with allosteric activator C455
要素
  • (5'-AMP-activated protein kinase subunit ...) x 2
  • 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2
キーワードSIGNALING PROTEIN / AMPK activator / allosteric activator / ADaM site / structure-based drug design / selectivity
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of peptidyl-lysine acetylation / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase / nail development / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase activity / regulation of stress granule assembly / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / lipid droplet disassembly / Lipophagy / regulation of carbon utilization ...positive regulation of peptidyl-lysine acetylation / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase / nail development / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase activity / regulation of stress granule assembly / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / lipid droplet disassembly / Lipophagy / regulation of carbon utilization / import into nucleus / nucleotide-activated protein kinase complex / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Carnitine shuttle / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / protein kinase regulator activity / negative regulation of TOR signaling / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / regulation of glycolytic process / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / lipid biosynthetic process / negative regulation of tubulin deacetylation / Macroautophagy / response to muscle activity / cholesterol biosynthetic process / AMP binding / positive regulation of macroautophagy / positive regulation of protein kinase activity / regulation of macroautophagy / fatty acid homeostasis / cellular response to nutrient levels / cellular response to glucose starvation / Activation of AMPK downstream of NMDARs / energy homeostasis / positive regulation of protein localization / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of autophagy / positive regulation of gluconeogenesis / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / regulation of microtubule cytoskeleton organization / cellular response to calcium ion / positive regulation of glycolytic process / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / cellular response to glucose stimulus / regulation of circadian rhythm / ADP binding / autophagy / Wnt signaling pathway / cytoplasmic stress granule / fatty acid biosynthetic process / rhythmic process / cellular response to prostaglandin E stimulus / glucose homeostasis / cellular response to xenobiotic stimulus / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to oxidative stress / spermatogenesis / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / regulation of cell cycle / nuclear speck / ciliary basal body / protein phosphorylation / axon / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / neuronal cell body / dendrite / chromatin binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / Golgi apparatus / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding
類似検索 - 分子機能
PRKAA2, UBA-like autoinhibitory domain / 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2, C-terminal / : / AMP-activated protein kinase, alpha subunit, autoinhibitory domain / : / Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / : / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interation domain ...PRKAA2, UBA-like autoinhibitory domain / 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2, C-terminal / : / AMP-activated protein kinase, alpha subunit, autoinhibitory domain / : / Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / : / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interation domain / AMPK, C-terminal adenylate sensor domain / Adenylate sensor of SNF1-like protein kinase / AMP-activated protein kinase, glycogen-binding domain / Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Immunoglobulin E-set / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / : / STAUROSPORINE / 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 / 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2 / 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Schimpl, M. / Mather, K.M. / Boland, M.L. / Rivers, E.L. / Srivastava, A. / Hemsley, P. / Robinson, J. / Wan, P.T. / Hansen, J. / Read, J.A. ...Schimpl, M. / Mather, K.M. / Boland, M.L. / Rivers, E.L. / Srivastava, A. / Hemsley, P. / Robinson, J. / Wan, P.T. / Hansen, J. / Read, J.A. / Trevaskis, J.L. / Smith, D.M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Direct beta 1/ beta 2 AMPK activation reduces liver steatosis but not fibrosis in a mouse model of non-alcoholic steatohepatitis
著者: Mather, K.M. / Boland, M.L. / Rivers, E.L. / Srivastava, A. / Schimpl, M. / Hemsley, P. / Robinson, J. / Wan, P. / Hansen, J. / Read, J.A. / Trevaskis, J.L. / Smith, D.M.
履歴
登録2022年11月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2
B: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1
C: 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1
D: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2
E: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1
F: 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,75415
ポリマ－262,9996
非ポリマー3,7559
水8,683482
1
A: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2
B: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1
C: 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,2037
ポリマ－131,4993
非ポリマー1,7044
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16020 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area41640 Å2
手法PISA
2
D: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2
E: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1
F: 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,5518
ポリマ－131,4993
非ポリマー2,0515
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16450 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area40380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.313, 127.975, 139.215
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.910, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2 / AMPK subunit alpha-2 / Acetyl-CoA carboxylase kinase / ACACA kinase / Hydroxymethylglutaryl-CoA ...AMPK subunit alpha-2 / Acetyl-CoA carboxylase kinase / ACACA kinase / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase kinase / HMGCR kinase


分子量: 63368.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKAA2, AMPK, AMPK2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P54646, non-specific serine/threonine protein kinase, EC: 2.7.11.27, [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase

-
5'-AMP-activated protein kinase subunit ... , 2種, 4分子 BECF

#2: タンパク質 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1 / AMPK subunit beta-1 / AMPKb


分子量: 30504.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKAB1, AMPK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y478
#3: タンパク質 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 / AMPK gamma1 / AMPK subunit gamma-1 / AMPKg


分子量: 37626.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKAG1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P54619

-
非ポリマー , 4種, 491分子

#4: 化合物 ChemComp-STU / STAUROSPORINE / スタウロスポリン


分子量: 466.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H26N4O3
コメント: 抗がん剤, 抗真菌剤, 抗生剤, alkaloid*YM
#5: 化合物 ChemComp-QTN / (3~{R},3~{a}~{R},6~{R},6~{a}~{R})-6-[[6-chloranyl-5-[4-[4-[[dimethyl(oxidanyl)-$l^{4}-sulfanyl]amino]phenyl]phenyl]-3~{H}-imidazo[4,5-b]pyridin-2-yl]oxy]-2,3,3~{a},5,6,6~{a}-hexahydrofuro[3,2-b]furan-3-ol


分子量: 543.034 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H27ClN4O5S
#6: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 482 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.2
詳細: AMPK a2b1g1 (5 mg/ml: 38 uM) was combined with AMP (4-fold excess), staurosporine (1.2-fold excess) and activator 455 (3-fold excess): and crystallised at 20 C by mixing 2 ul of the protein ...詳細: AMPK a2b1g1 (5 mg/ml: 38 uM) was combined with AMP (4-fold excess), staurosporine (1.2-fold excess) and activator 455 (3-fold excess): and crystallised at 20 C by mixing 2 ul of the protein solution with 1 ul of 8 % PEG3350, 0.3 M guanidine hydrochloride, 0.1 M PIPES buffer pH 7.2.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→75.22 Å / Num. obs: 91016 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 69.44 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 300129 / Scaling rejects: 73
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.5-2.563.40.8632243866890.5460.5521.0271.499.9
11.18-75.223.10.04329510710.9380.0290.052699.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.23データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 4CFF

4cff


解像度: 2.5→69.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU R Cruickshank DPI: 0.336 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.32 / SU Rfree Blow DPI: 0.217 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.223
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 4335 4.81 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.183 90076 98.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 238.29 Å2 / Biso mean: 67.72 Å2 / Biso min: 22.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.5921 Å20 Å2-0.3767 Å2
2---0.0511 Å20 Å2
3---2.6433 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→69.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14741 0 259 482 15482
Biso mean--58.42 57.97 -
残基数----1846
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5284SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2566HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it15380HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2004SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact16818SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d15380HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg20916HARMONIC21.13
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.04
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.1
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.52 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3008 83 4.61 %
Rwork0.2375 1719 -
all0.2404 1802 -
obs--95.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6543-0.43130.05560.8766-0.27380.7545-0.1299-0.15790.25090.32550.1458-0.0826-0.5608-0.1982-0.01590.28630.1479-0.0243-0.1258-0.071-0.0449-2.57828.539521.427
20.2551-0.62430.13211.1068-0.6580.3783-0.1503-0.10290.16710.54920.1159-0.2872-0.3714-0.0540.03440.28760.0445-0.1199-0.0802-0.0372-0.0359-0.033246.530318.7924
30.9165-0.2730.05661.04240.18881.5727-0.0835-0.08340.19140.0970.0472-0.3856-0.44340.32610.03630.2857-0.1077-0.12360.1813-0.01950.13831.72816.582335.2288
40.67070.7425-0.40290.9835-0.18710.65930.11350.23210.3810.0090.08060.3378-0.1005-0.1888-0.19420.03630.05520.03120.23470.11240.379834.01470.922845.2556
50.6006-0.1188-0.708100.66650.926-0.13710.16060.0101-0.35450.1092-0.18620.3342-0.08990.0279-0.06470.0475-0.08950.32110.13230.173336.534454.294751.5562
60.56430.7933-0.30472.88960.13890.69570.2538-0.27980.39210.08960.00930.2854-0.50340.1894-0.26310.1603-0.08180.27480.0165-0.1580.124568.836495.646335.0758
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A8 - 551
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B77 - 270
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C25 - 324
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D9 - 551
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E78 - 270
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F26 - 324

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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