PDB-8bi3: Structure of E. coli Class 2 L-asparaginase EcAIII, mutant M200W ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bi3

タイトル

Structure of E. coli Class 2 L-asparaginase EcAIII, mutant M200W (crystal M200W#1)

要素

(Isoaspartyl peptidase subunit ...) x 2

キーワード

HYDROLASE / L-asparaginase / isoaspartylpeptidase / mutation / Ntn-hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-aspartyl-peptidase / asparaginase activity / beta-aspartyl-peptidase activity / protein autoprocessing / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.452 Å

データ登録者

Sciuk, A. / Ruszkowski, M. / Jaskolski, M. / Loch, J.I.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: The effects of nature-inspired amino acid substitutions on structural and biochemical properties of the E. coli L-asparaginase EcAIII.
著者: Janicki, M. / Sciuk, A. / Zielezinski, A. / Ruszkowski, M. / Ludwikow, A. / Karlowski, W.M. / Jaskolski, M. / Loch, J.I.

履歴

登録	2022年11月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bi3.cif.gz	246.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bi3.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bi3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/8bi3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/8bi3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bkfC 8bp9C 8bqoC 8c0iC 8c23C 2zalS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Isoaspartyl peptidase subunit alpha

BBB: Isoaspartyl peptidase subunit beta

CCC: Isoaspartyl peptidase subunit alpha

DDD: Isoaspartyl peptidase subunit beta

ヘテロ分子

68 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.692, 70.844, 149.581
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
Isoaspartyl peptidase subunit ... , 2種, 4分子 AAACCCBBBDDD

#1: タンパク質	Isoaspartyl peptidase subunit alpha 分子量: 19013.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: iaaA, spt, ybiK, b0828, JW0812 / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold / 参照: UniProt: P37595
#2: タンパク質	Isoaspartyl peptidase subunit beta 分子量: 14483.160 Da / 分子数: 2 / Mutation: M200W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: iaaA, spt, ybiK, b0828, JW0812 / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold / 参照: UniProt: P37595

#1: タンパク質

Isoaspartyl peptidase subunit alpha

分子量: 19013.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: iaaA, spt, ybiK, b0828, JW0812 / プラスミド: pET11d / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold / 参照: UniProt: P37595

#2: タンパク質

Isoaspartyl peptidase subunit beta

分子量: 14483.160 Da / 分子数: 2 / Mutation: M200W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: iaaA, spt, ybiK, b0828, JW0812 / プラスミド: pET11d / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold / 参照: UniProt: P37595

-
非ポリマー , 7種, 670分子

#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 656 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20-30% PEG4000, 10-15% PEG400, 0.2 M CaCl2 in 100 mM Tris-HCl pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→74.79 Å / Num. obs: 117826 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.085 / R_rim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 16.1
反射シェル	解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 12.4 % / R_merge(I) obs: 1.828 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 5374 / CC_1/2: 0.797 / R_rim(I) all: 1.907

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ZAL

2zal

解像度: 1.452→74.79 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.982 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.973 / WR_factor R_free: 0.153 / WR_factor R_work: 0.117 / SU B: 2.701 / SU ML: 0.043 / Average fsc free: 0.9413 / Average fsc work: 0.9492 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.049 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1621	1068	0.907 %
R_work	0.1268	116641	-
all	0.127	-	-
obs	-	117709	99.644 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.445 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.023 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.528 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.551 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.452→74.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4267	0	56	656	4979

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	4430
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	4269
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.495	1.631	5993
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.509	1.571	9802
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.273	5	595
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.392	21.762	210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.744	15	704
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.896	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	582
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5095
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	977
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	834
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.17	0.2	4092
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.159	0.2	2154
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	2043
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	414
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.114	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.262	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.222	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.171	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.181	2.156	2348
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.165	2.155	2347
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.765	3.244	2931
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.774	3.245	2932
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.493	2.706	2082
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.493	2.707	2083
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.206	3.857	3054
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.205	3.858	3055
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.879	29.173	4984
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.54	27.976	4808
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.253	3	8699

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.452-1.49	0.271	84	0.255	8146	0.256	8618	0.861	0.847	95.4978	0.228
1.49-1.53	0.245	65	0.217	8354	0.217	8420	0.863	0.884	99.9881	0.181
1.53-1.575	0.229	69	0.19	8136	0.19	8205	0.859	0.907	100	0.154
1.575-1.623	0.197	71	0.169	7880	0.169	7953	0.94	0.925	99.9749	0.134
1.623-1.676	0.179	74	0.145	7639	0.145	7713	0.951	0.948	100	0.114
1.676-1.735	0.213	62	0.135	7425	0.135	7489	0.936	0.953	99.9733	0.105
1.735-1.801	0.148	61	0.121	7171	0.121	7232	0.957	0.963	100	0.094
1.801-1.874	0.201	69	0.113	6882	0.114	6951	0.96	0.968	100	0.09
1.874-1.957	0.189	63	0.11	6635	0.11	6698	0.95	0.972	100	0.091
1.957-2.053	0.121	59	0.091	6340	0.091	6399	0.976	0.982	100	0.078
2.053-2.164	0.133	58	0.086	6057	0.087	6115	0.978	0.986	100	0.075
2.164-2.295	0.148	56	0.09	5712	0.09	5770	0.98	0.985	99.9653	0.081
2.295-2.453	0.145	45	0.102	5401	0.103	5446	0.968	0.98	100	0.095
2.453-2.65	0.142	41	0.109	5025	0.11	5067	0.975	0.978	99.9803	0.103
2.65-2.902	0.145	42	0.108	4649	0.109	4691	0.975	0.981	100	0.105
2.902-3.244	0.12	29	0.12	4259	0.12	4289	0.98	0.981	99.9767	0.12
3.244-3.745	0.194	37	0.137	3744	0.137	3782	0.96	0.977	99.9736	0.141
3.745-4.583	0.12	46	0.12	3178	0.12	3232	0.976	0.981	99.7525	0.13
4.583-6.47	0.157	26	0.145	2523	0.145	2555	0.968	0.974	99.7652	0.16
6.47-74.79	0.298	11	0.179	1485	0.179	1504	0.936	0.962	99.4681	0.186

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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