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万見
- PDB-8bfz: Amyloid-beta 42 filaments extracted from the human brain with Arc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bfz
タイトルAmyloid-beta 42 filaments extracted from the human brain with Arctic mutation (E22G) of Alzheimer's disease | ABeta42
要素Amyloid-beta precursor protein
キーワードPROTEIN FIBRIL / Amyloid / filaments / amyloid-beta / Arctic mutation / APP / E22G / E693G
機能・相同性
機能・相同性情報


amyloid-beta complex / growth cone lamellipodium / cellular response to norepinephrine stimulus / growth cone filopodium / microglia development / collateral sprouting in absence of injury / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / regulation of synapse structure or activity / axo-dendritic transport / regulation of Wnt signaling pathway ...amyloid-beta complex / growth cone lamellipodium / cellular response to norepinephrine stimulus / growth cone filopodium / microglia development / collateral sprouting in absence of injury / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / regulation of synapse structure or activity / axo-dendritic transport / regulation of Wnt signaling pathway / axon midline choice point recognition / astrocyte activation involved in immune response / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / regulation of spontaneous synaptic transmission / mating behavior / growth factor receptor binding / peptidase activator activity / Golgi-associated vesicle / PTB domain binding / Lysosome Vesicle Biogenesis / positive regulation of amyloid fibril formation / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / astrocyte projection / neuron remodeling / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / nuclear envelope lumen / positive regulation of protein metabolic process / dendrite development / TRAF6 mediated NF-kB activation / modulation of excitatory postsynaptic potential / signaling receptor activator activity / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / The NLRP3 inflammasome / negative regulation of long-term synaptic potentiation / transition metal ion binding / main axon / regulation of multicellular organism growth / intracellular copper ion homeostasis / regulation of presynapse assembly / ECM proteoglycans / positive regulation of T cell migration / neuronal dense core vesicle / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of chemokine production / cellular response to manganese ion / clathrin-coated pit / Notch signaling pathway / extracellular matrix organization / neuron projection maintenance / Mitochondrial protein degradation / astrocyte activation / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / axonogenesis / response to interleukin-1 / positive regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of calcium-mediated signaling / protein serine/threonine kinase binding / cellular response to copper ion / platelet alpha granule lumen / positive regulation of glycolytic process / cellular response to cAMP / adult locomotory behavior / central nervous system development / positive regulation of long-term synaptic potentiation / positive regulation of interleukin-1 beta production / trans-Golgi network membrane / endosome lumen / dendritic shaft / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / learning / positive regulation of JNK cascade / Post-translational protein phosphorylation / locomotory behavior / microglial cell activation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / synapse organization / visual learning / cellular response to nerve growth factor stimulus / recycling endosome / positive regulation of interleukin-6 production / response to lead ion / Golgi lumen / cognition / endocytosis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of inflammatory response / cellular response to amyloid-beta / neuron projection development / positive regulation of tumor necrosis factor production / Platelet degranulation / heparin binding / regulation of gene expression / regulation of translation / early endosome membrane / G alpha (i) signalling events / perikaryon / G alpha (q) signalling events / dendritic spine
類似検索 - 分子機能
Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site ...Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta precursor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Yang, Y. / Zhang, W.J. / Murzin, A.G. / Schweighauser, M. / Huang, M. / Lovestam, S.K.A. / Peak-Chew, S.Y. / Macdonald, J. / Lavenir, I. / Ghetti, B. ...Yang, Y. / Zhang, W.J. / Murzin, A.G. / Schweighauser, M. / Huang, M. / Lovestam, S.K.A. / Peak-Chew, S.Y. / Macdonald, J. / Lavenir, I. / Ghetti, B. / Graff, C. / Kumar, A. / Nordberg, A. / Goedert, M. / Scheres, S.H.W.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_A025-1013 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_U105184291 英国
引用ジャーナル: Acta Neuropathol / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structures of amyloid-β filaments with the Arctic mutation (E22G) from human and mouse brains.
著者: Yang Yang / Wenjuan Zhang / Alexey G Murzin / Manuel Schweighauser / Melissa Huang / Sofia Lövestam / Sew Y Peak-Chew / Takashi Saito / Takaomi C Saido / Jennifer Macdonald / Isabelle ...著者: Yang Yang / Wenjuan Zhang / Alexey G Murzin / Manuel Schweighauser / Melissa Huang / Sofia Lövestam / Sew Y Peak-Chew / Takashi Saito / Takaomi C Saido / Jennifer Macdonald / Isabelle Lavenir / Bernardino Ghetti / Caroline Graff / Amit Kumar / Agneta Nordberg / Michel Goedert / Sjors H W Scheres /
要旨: The Arctic mutation, encoding E693G in the amyloid precursor protein (APP) gene [E22G in amyloid-β (Aβ)], causes dominantly inherited Alzheimer's disease. Here, we report the high-resolution cryo- ...The Arctic mutation, encoding E693G in the amyloid precursor protein (APP) gene [E22G in amyloid-β (Aβ)], causes dominantly inherited Alzheimer's disease. Here, we report the high-resolution cryo-EM structures of Aβ filaments from the frontal cortex of a previously described case (AβPParc1) with the Arctic mutation. Most filaments consist of two pairs of non-identical protofilaments that comprise residues V12-V40 (human Arctic fold A) and E11-G37 (human Arctic fold B). They have a substructure (residues F20-G37) in common with the folds of type I and type II Aβ42. When compared to the structures of wild-type Aβ42 filaments, there are subtle conformational changes in the human Arctic folds, because of the lack of a side chain at G22, which may strengthen hydrogen bonding between mutant Aβ molecules and promote filament formation. A minority of Aβ42 filaments of type II was also present, as were tau paired helical filaments. In addition, we report the cryo-EM structures of Aβ filaments with the Arctic mutation from mouse knock-in line App. Most filaments are made of two identical mutant protofilaments that extend from D1 to G37 (App murine Arctic fold). In a minority of filaments, two dimeric folds pack against each other in an anti-parallel fashion. The App murine Arctic fold differs from the human Arctic folds, but shares some substructure.
履歴
登録2022年10月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年1月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年1月18日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年1月18日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02023年1月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年1月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年1月18日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年1月18日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年1月18日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年1月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年1月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / refine
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low
改定 2.02025年3月5日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / em_admin ...atom_site / em_admin / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entry_details / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_torsion / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _em_admin.last_update / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id
改定 1.12025年3月5日Data content type: EM metadata
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Group: Database references / Experimental summary ...Database references / Experimental summary / Other / Structure summary
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
カテゴリ: em_admin / entity ...em_admin / entity / entity_poly / struct_ref_seq_dif
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _em_admin.last_update / _entity.formula_weight ..._em_admin.last_update / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amyloid-beta precursor protein
B: Amyloid-beta precursor protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8962
ポリマ－8,8962
非ポリマー00
水00
1
A: Amyloid-beta precursor protein
B: Amyloid-beta precursor protein

A: Amyloid-beta precursor protein
B: Amyloid-beta precursor protein

A: Amyloid-beta precursor protein
B: Amyloid-beta precursor protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6886
ポリマ－26,6886
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
point symmetry operation2
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.998728, 0.050428), (-0.050428, 0.998728), (1)-4.81482, 5.06407, 4.79398
3generate(0.998728, -0.050428), (0.050428, 0.998728), (1)5.06407, -4.81482, -4.79398

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Amyloid-beta precursor protein / APP / ABPP / APPI / Alzheimer disease amyloid protein / Amyloid precursor protein / Amyloid-beta A4 ...APP / ABPP / APPI / Alzheimer disease amyloid protein / Amyloid precursor protein / Amyloid-beta A4 protein / Cerebral vascular amyloid peptide / CVAP / PreA4 / Protease nexin-II / PN-II


分子量: 4448.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05067
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Amyloid-beta 42 dimeric filaments extracted from the human brain with Arctic mutation (E22G) of Alzheimer's disease
タイプ: TISSUE / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0352 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ詳細
1RELION粒子像選択
2EPU画像取得
4RELIONCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9RELION初期オイラー角割当
10RELION最終オイラー角割当
11RELION分類
12RELION３次元再構成
13REFMACモデル精密化servalcat
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -2.92 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.8 Å / らせん対称軸の対称性: C2
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 34191 / 対称性のタイプ: HELICAL
精密化解像度: 2.8→2.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.863 / SU B: 9.169 / SU ML: 0.171 / ESU R: 0.172
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.38205 --
obs0.38205 18779 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 65.302 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 442
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0060.012448
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d00.016454
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.2571.598602
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.5091.5811040
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg7.197560
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg15.2711072
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0720.272
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0060.02504
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0020.0288
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it7.4555.962246
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other7.4495.954246
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it11.6848.908304
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other11.7118.925305
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it8.7817.432202
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other8.7637.434203
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other15.05710.717299
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined20.24671.652423
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other20.2671.823424
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.79→2.863 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork1.516 1376 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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